Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DNAJC6_0004800

Sequence Length

834 nt

GC Content

0.3034

GGGUUUUCACCAAUUUUUAUUAUAAAAGGUUAAAAAAGAAUUAAAGAUUACAGAAAGGAAUAAAAUGAGAAAAGUUAAGUAUUCUCUCCCCUCCCUGAUCAUUUAGGUCCUUGCCUCAGAGAUAACUUCUACUAAAAGUUUCUGGAAGGACUUUCAACGUACAACAUGAGUGUGUGUAAAUAUAUAUGCUUUACACAUAUAUGUAUAUGUAUGUGUAUACCAUUAGAAUUAUAAUAAAAUACAAAUUCAAAGUUUAACCAUGUUCAUAUAUGUACAUUGUUCAAUAAUGCUUAAUGACAAAAAUAGCUACAAUUUAAUUAUUAUAAUUCAGGGAUUAUGCUAAACACUGCAUAUGGUGUCACAUUUAACCCUCAUAAGAAUCCUAUAAGGUAAAUGAUAGUAACGGUCAUCUUAUAGUUGAAUAAACUAAGGCACAGAGAGGUUAAGUUGCGUGAGGUUACACAGGCUCUACUUAUUCUAUAUUGAGUAAAAUGCCAUAGAGAAAUGCCCAUACGAUUGCAAAUGAAGAAUUUAGUGGUGAAUUUUUUUAUUUGCUUCUUUCUCUGAGGCAAGGAAAAAUAGGAGUGAUUGAGAGAACCAAAAUGAGUUCAGUUGUUUUUUAAUCCCAUGAAAGUACAAAUAUGUUUUCUUUACUUAAAUAUAAAGAAUUUAAAAACACUGGAAAUGAAAACAGCAAAAACAGCAUUGAAUAAAGCUGAUUAAGACUUGAUACGGCACUGAGAGAACAAUACAAUUGAUGAAGCAUUAUAUAUUUUUGGAAAAAUAUAUUGCAAAUGAAAAUGGAUCCCCACUGCUCUUAGGAUAAAAUCCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-166.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -186.33

Frequency: 0.0000

Diversity: 230.24

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((...((((((((......................))))))))...))))......................((((((((((..(((...((((((((...(((((((((((((((...((((((...........))))))........(((((..((((..(((((((((((.........))))))))))))))).)))))(((((.((((((...((((((((((((..............(((.(((.((((.((....)).)))).))).)))...(((.............)))..........))))))))))))......(((((........)))))))))))))))).((((((((........(((...)))...(((((.......)))))....(((((.....))))).......))).)))))(((((.(((.(((......(((..((((((........))))))....)))..........)))))).)))))((((((((((((((((....)))).)))))))))))).....))))))))))))))).......))))))))))).((((((...)).)))).(((((((((...(((..((.....(((....))).(((((((........)))))))........))..)))...)))))))))...................(((((((((...))))).))))...))))))...))))..........(((..(((((((((....)))))))))))).........(((....)))..))))((.((((...)))).))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((({(({,,,{{((((({,,.......,,,,,........},,,}}}}...,,..,.........{{,,....,,..,|,|||||{{,,{{{,{{(((((({{,..(((((((((((((((.,,((((({...,,,{||..}}}}})||}}}}..{((((,,{{{{{,(((((((((({.....,,,.})}|||||||||}}}..})))}}|||,{(((({...((((((((((((.....,{{{,...,(({.,,,.{(((.({,.,,}|.,|||{||,..}},,}||,,,,}}}},.....))),..,}}},..))))))))))))......{((((........)))))})))))}}}|{(((((((((........,({{{{|||,..{((((.......)))))}}}}|||{(.....}}}},,,.....))).)))))}||{|,|||.{||,.,.,.(((..{{{(((,,,.....})))))....)))...,......}}}},}.,||,.((((((((((((((((....))))))))))))))))).,,..))))))))))))))).......)))))))}}}}.(((({,...,}.)))).(((((((((...(((..,{...,,,,,....|||.(((((((........)))))))........,},,)))...))))))))).....{{{{.,,.......||||((((,...})))).}))}...}})))},,,,},,..}},.,...(((..(((((((({....)))))))))))).........{((....))}..})))({.((({...)))).))