Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DSCAM_0002500

Sequence Length

749 nt

GC Content

0.5394

CUCCUGAUGGUCCACCUCAGGAAGUUCACCUGGAGCCUAUAUCAUCUCAGAGCAUCAGGGUCACAUGGAAGGCUCCCAAGAAACAUUUGCAAAAUGGGAUUAUCCGUGGCUACCAAAUAGGUUACCGAGAGUACAGCACUGGGGGUAACUUCCAAUUCAACAUUAUCAGUGUCGACACCAGCGGGGACAGUGAGGUUUACACCCUGGACAACCUGAAUAAGUUCACUCAGUACGGCCUGGUGGUGCAGGCCUGUAACCGGGCCGGCACGGGGCCUUCUUCUCAGGAAAUCAUCACCACCACUCUCGAGGAUGUGCCCAGUUACCCCCCCGAAAAUGUCCAAGCCAUAGCAACAUCACCAGAAAGCAUAUCAAUAUCCUGGUCCACACUUUCCAAGGAAGCCUUGAAUGGAAUUCUCCAGGGGUUCAGAGUCAUUUACUGGGCCAACCUCAUGGACGGAGAGCUGGGUGAGAUUAAAAACAUCACCACCACACAGCCUUCACUGGAGCUGGACGGGCUGGAAAAGUACACCAACUACAGCAUCCAGGUGCUGGCCUUCACCCGCGCAGGAGACGGGGUCAGGAGUGAGCAGAUCUUCACCCGGACCAAAGAGGAUGUUCCAGGUCCUCCCGCGGGUGUGAAGGCAGCGGCGGCCUCAGCCUCCAUGGUCUUUGUGUCCUGGCUUCCCCCUCUCAAGCUGAACGGCAUCAUCCGAAAGUACACUGUAUUCUGCUCCCACCCCUAUCCCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-236.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -251.39

Frequency: 0.0000

Diversity: 199.88

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((.((....)))))))).(((.....(((((((...((((....((.(.....).))..)))).))))))).....)))..........((((((.....((((..(((.....))).....(((((((((...((((((...))))))..((.(((((...))))).))...(((((((((.(((.(((...((((...((((....((((....))))..(((((((((.((((((((..((((((....))))))(((.....)))((((....))))((((.(((((.(..(((((((((.((.(((((((.(((((...((((.(((....((....))......(((((................)))))..))).))))(((((...)))))..((((....)))))))))............))))))))).)))).......)))))..))))))))))........))))))))....)))....(((((((((....((.((........)))).....)))).)))))))))))((((((((((.(((.((......((((.((.(((((......))))))).))))...((((((.......))))))))))))).))))))))...((.(((....))).))...))))..))))))).)))))))).......))))..(((......)))........)))))))))....))))....))))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

,((((((.((....)))))))).|(,....,(((((((...({{{,,,.{{.|.,,.})},,..}))}.))))))),..,...,..........{(((({.....{(((..(((.....))).....(((((((((.,,{((((((((({......{(.((((,...})))).}}({{((((,(,,{,((({((,{{.,,,,,..((....}|{|,..,,.}}}}}),,},.}.}|})))))((((.((((((....)))))).)))).(((({.{{(((,,.({{...............}}}.))))).}.))))})))))))))..,,...,,,..,,(({,..||......(((((...............,||||}......,{{,(((((...)))))..||||....}))}||(({,,,({{.......)))))))|.||,|.,||,.((((.(((((((({,.,........))))),,,...)))))))).(((((((((....((.((........)))).....)))).)))))..((({{(((((((((,(((.(({{{{..((((.((.(((({......})))))).))))...,,(((,..,}}..)))))))}))))).)))))))))))((,(((....))),)),}))}...}))))}})))))),}}}.......|||}..{||,.....}})..)))...)))))))))....}}}}....)))))}.,