Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DSCAM_0004400

Sequence Length

1808 nt

GC Content

0.5171

AUGGAACUCCCAAAAUUAUUUCUGCCUUUAGUGAAAAGGUGGUGAGUCCAGCAGAGCCGGUUUCCCUUAUGUGCAACGUGAAGGGAACACCUUUGCCCACGAUCACGUGGACCCUGGACGAUGACCCGAUUCUCAAGGGUGGCAGUCACCGCAUCAGCCAGAUGAUCACGUCGGAGGGGAACGUGGUCAGCUACCUGAACAUCUCCAGCUCCCAGGUCCGGGACGGGGGAGUCUACCGCUGCACUGCCAACAACUCGGCGGGAGUCGUCCUGUACCAGGCUCGAAUAAACGUAAGAGGGCCUGCAAGCAUUCGACCAAUGAAAAACAUCACAGCAAUAGCAGGACGGGACACAUACAUUCACUGUCGUGUGAUUGGCUAUCCGUAUUACUCCAUUAAAUGGUACAAGAACUCUAACCUGCUUCCUUUCAACCACCGCCAAGUGGCAUUUGAGAACAAUGGAACUCUUAAACUUUCAGAUGUGCAAAAGGAAGUGGACGAGGGGGAGUACACGUGCAACGUGUUGGUUCAACCACAACUCUCCACCAGCCAGAGCGUCCACGUGACCGUGAAAGUUCCGCCUUUCAUACAACCCUUUGAGUUUCCAAGAUUCUCCAUUGGGCAGCGGGUCUUCAUCCCCUGUGUUGUGGUCUCAGGGGACUUACCCAUCACGAUCACCUGGCAGAAGGAUGGCCGGCCAAUCCCUGGGAGCCUUGGGGUGACCAUUGACAAUAUUGACUUCACGAGCUCCUUGAGGAUUUCCAAUCUCUCGCUCAUGCACAAUGGGAAUUACACCUGCAUAGCCCGGAAUGAGGCCGCCGCUGUGGAGCACCAAAGCCAGUUGAUUGUCAGAGUUCCUCCCAAGUUUGUGGUUCAGCCACGGGACCAGGACGGGAUUUAUGGCAAAGCAGUCAUCCUCAAUUGUUCUGCUGAGGGUUACCCUGUACCUACCAUCGUGUGGAAAUUCUCUAAAGGUGCUGGGGUUCCCCAGUUCCAGCCAAUUGCCCUAAAUGGCCGAAUCCAAGUUCUCAGCAAUGGGUCGUUGCUGAUCAAGCAUGUCGUGGAGGAAGACAGUGGCUACUACCUCUGCAAGGUCAGCAACGAUGUGGGCGCAGACGUCAGCAAGUCCAUGUACCUCACGGUUAAAAUUCCUGCGAUGAUAACAUCCUAUCCAAAUACUACCCUGGCCACGCAGGGGCAGAAAAAGGAGAUGAGCUGCACGGCGCAUGGUGAGAAGCCCAUUAUAGUCCGCUGGGAGAAGGAGGACCGAAUCAUUAACCCUGAGAUGGCCCGUUAUCUUGUGUCCACCAAGGAGGUGGGAGAAGAGGUGAUUUCUACUCUGCAGAUUUUGCCAACUGUGAGAGAAGAUUCUGGUUUCUUUUCCUGCCAUGCUAUUAAUUCUUAUGGGGAGGACCGUGGAAUAAUUCAGCUCACAGUGCAAGAGCCCCCAGACCCUCCCGAAAUUGAGAUCAAAGAUGUCAAAGCACGCACAAUUACGCUCAGGUGGACCAUGGGGUUUGAUGGAAACAGUCCCAUCACAGGCUACGAUAUUGAAUGCAAAAAUAAAUCAGACUCCUGGGAUUCUGCUCAGAGAACCAAAGAUGUUUCCCCUCAGCUGAACUCGGCCACCAUCAUUGAUAUCCACCCUUCCUCCACCUACAGCAUCCGCAUGUACGCCAAGAACCGGAUUGGCAAGAGCGAGCCCAGCAACGAGCUCACCAUCACGGCGGACGAGGCAGCUCCUGAUGGUCCACCUCAGGAAGUUCACCUGGAGCCUAUAUCAUCUCAGAGCAUCAGGGUCACAUGGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-587.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -619.44

Frequency: 0.0000

Diversity: 558.11

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.((((((.......(((((((....((((...((((((((((((.((((((...((((((.((((((...)))))).))))))..))))))(((((....)))))..(((((((.(((((((.........))((((......)))).((((..((.((((((((((......).))))))))).))..))))............(((......)))((((((((.....(((((((...(((((..((.((((((((((((((((((..(((((((..............)))))))....((((.....))))..................))))))))..........)))).)))))).))..))))).....((((((..........))))))..((((((.....(((((((((((..((((..((...((((((((((((.....((....)).....)))))))))).))...))..))))..)))))))))))((((((..((((.((((((..................)))))).)))).))))))...(((((((......)))))))..........))))))((((.........))))))))))).......))))))))))))).))).))))))))))).)))))....))))..)))))))((((((....)).)))).)))))).(((((((((((((...............(((.((((((((((((((((...)))).)))((....))..((((((..((.(((((((...(((........))).((((((.(((....))).))).......((((((((((((((((....((((((((...))))))))....))).))))))).)))))).(((((((((.((.....((((((...((((........))))..(((((((.((((..........((.((((((....)))))).)).(((.(((((......(((......)))........))))).)))(((((((((((..(((.(..((((((...........)).))))..))))..)))))))))))((((((((((........))..))))))))(((....))).....)))))))))))......................(((((......)))))))))))....))))))).))))..)))))).)))).))..))))))...(((((((((((((((((..((((((((.........(((((.(((.....((((.(.((((((.....))))))).))))))).)))))..((((((((..........)))).))))..))))).))))))))))))(((..((((...........(.((((((....(((.........((((.........))))..)))...)))))).)..((((.(((...))).)))))))).))).......(((((((((((....(((((.((((((........))))))((((....((((((.........))))..)).....))))((.((((......))))))...((((((........((((....))))..........)))))).)))))...)))))))(((((....)).)))..(((((........)))))..))))((((.(......).)))).......)))))))))))).))))).))))))).))))))))).......(((((.((((..........)).)).))))).)).))).....

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((((..........,{,((((((((.....))))))||,||,|,,.((((((..,(((((((((((((...)))))),)))))}.,)))))),((((.{{{|||||(({(((({{{{{.,(((,........||||(({{{{{{,|{{.((((..((.((((((((((......),})))))))).))..)))).,.|{{{{.{,((((..,...}})}|{|||||},...,{|{||,}|||||,....,..||}|||,|{{({{{(((..(((((((..............)))))))....,,,,,,.....|||......,,..,{{,,..|||}||||({{.........||.})))).})),}})}}}}..,,{{,,,,..,,,....,)))}}}..,..,,,.....{((((((((((..((((..((...{{((((((((((.....((....)).....)))))))))).}}...))..))))..))))))))))|(((((,..||||}|((((...,}},..,,,,.,,..,,})))}.),))}))))))}.}}||,,||}}}}}.|||||||...{(((,.,(({,{{(..{{{{.,,,,..{||||,||||{{...{,|||}||||,,,((((({...{((,.....))),,,..}}))))..|))))..||}}||}},|}}..||||,||||{((((((((((((((,,........,....|||.(((((((({(((((({...}))).)))((....))..((((((..{{.{{{(({(,,,(({{{,...,.))),|{{(((,{{{,,,.}}}.,}},.,....{(((((((((((((((...,((((((((...)))))))),,..))).))))))).)))))}.((((((((,,((..,,.((((((...((({..{,,,,,||||..((({{{|.{({{..........((.((((((....)))))).)).((({.((,.....},)))).||||{,,.|||,.,,}}..)))|((((((((((((..(((.(..(((({(,..,....,..)).))))..))))..))))))))))))}(((((,((,{{{....,,..))),,))).||.}}}||,.....,})),}}||||....,,,,..............(((((......)))))))))))....))))))},))))..)))))).)))).}}..)))))}...((((((((((((((((,{({{{({{((........,((({(|({{..,,,((((,{,((((((.....|||||||,||||||},}}}||{.((((((((.,.......,)))),)))),}))}}}.}}))))))))))|||}.{{{{...........{.((((((..{.{((.....,,..(({{.....,,..))}}..)))}..)))))).,..((((.(((...))).))))}}},.||........|||{.||||||,,,.|||||.((((((........)))))}{{{{....{{{,{{,..........,...}|,|...}}}|((.((({.,...,))}}}}...{{{|,|,,.....,||{|,...))))...,..,..}))},)),,})))},.)))}}}|(((((....)).)))}.(((((........)))))..||||((((.{......}.)))).......)))))))))))).))))).})))))),,))))))))..}}}}.|||||.}|||,....}}}}.,)})}.)))))))...)))))))