Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DSCAM_0006200

Sequence Length

1793 nt

GC Content

0.5237

GAUCUAGAUUUCUCAUCACAUCCACGGGAGCCUUGUAUAUUAAAGAUGUACAGAAUGAAGAUGGAUUGUAUAACUACCGCUGCAUCACGCGGCAUCGAUACACCGGAGAGACGAGGCAGAGCAACAGCGCCAGACUUUUUGUAUCAGACCCAGCGAACUCAGCCCCAUCCAUACUGGAUGGGUUUGACCAUCGCAAAGCCAUGGCUGGGCAGCGUGUGGAGCUGCCUUGCAAAGCGCUCGGGCACCCUGAGCCAGAUUACCGCUGGCUGAAGGACAACAUGCCCCUGGAACUUUCAGGGAGGUUCCAGAAGACCGUGACGGGGCUGCUCAUUGAGAACAUUCGCCCCUCGGACUCAGGCAGCUAUGUUUGUGAAGUGUCCAACAGAUACGGAACUGCUAAGGUGAUAGGCCGCCUGUACGUGAAACAGCCACUGAAAGCCACCAUCAGUCCCAGGAAGGUUAAAAGCAGCGUGGGUAGCCAAGUUUCCUUGUCCUGCAGCGUGACAGGAACUGAGGACCAGGAACUCUCCUGGUACCGCAAUGGUGAAAUCCUCAACCCUGGAAAAAAUGUGAGGAUCACAGGGAUCAACCACGAAAACCUUAUAAUGGAUCACAUGGUCAAAAGUGACGGGGGCGCAUACCAGUGCUUUGUGCGCAAGGACAAGCUGUCCGCUCAAGACUAUGUGCAGGUGGUCCUUGAAGAUGGAACUCCCAAAAUUAUUUCUGCCUUUAGUGAAAAGGUGGUGAGUCCAGCAGAGCCGGUUUCCCUUAUGUGCAACGUGAAGGGAACACCUUUGCCCACGAUCACGUGGACCCUGGACGAUGACCCGAUUCUCAAGGGUGGCAGUCACCGCAUCAGCCAGAUGAUCACGUCGGAGGGGAACGUGGUCAGCUACCUGAACAUCUCCAGCUCCCAGGUCCGGGACGGGGGAGUCUACCGCUGCACUGCCAACAACUCGGCGGGAGUCGUCCUGUACCAGGCUCGAAUAAACGUAAGAGGGCCUGCAAGCAUUCGACCAAUGAAAAACAUCACAGCAAUAGCAGGACGGGACACAUACAUUCACUGUCGUGUGAUUGGCUAUCCGUAUUACUCCAUUAAAUGGUACAAGAACUCUAACCUGCUUCCUUUCAACCACCGCCAAGUGGCAUUUGAGAACAAUGGAACUCUUAAACUUUCAGAUGUGCAAAAGGAAGUGGACGAGGGGGAGUACACGUGCAACGUGUUGGUUCAACCACAACUCUCCACCAGCCAGAGCGUCCACGUGACCGUGAAAGUUCCGCCUUUCAUACAACCCUUUGAGUUUCCAAGAUUCUCCAUUGGGCAGCGGGUCUUCAUCCCCUGUGUUGUGGUCUCAGGGGACUUACCCAUCACGAUCACCUGGCAGAAGGAUGGCCGGCCAAUCCCUGGGAGCCUUGGGGUGACCAUUGACAAUAUUGACUUCACGAGCUCCUUGAGGAUUUCCAAUCUCUCGCUCAUGCACAAUGGGAAUUACACCUGCAUAGCCCGGAAUGAGGCCGCCGCUGUGGAGCACCAAAGCCAGUUGAUUGUCAGAGUUCCUCCCAAGUUUGUGGUUCAGCCACGGGACCAGGACGGGAUUUAUGGCAAAGCAGUCAUCCUCAAUUGUUCUGCUGAGGGUUACCCUGUACCUACCAUCGUGUGGAAAUUCUCUAAAGGUGCUGGGGUUCCCCAGUUCCAGCCAAUUGCCCUAAAUGGCCGAAUCCAAGUUCUCAGCAAUGGGUCGUUGCUGAUCAAGCAUGUCGUGGAGGAAGACAGUGGCUACUACCUCUGCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-611.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -643.01

Frequency: 0.0000

Diversity: 453.26

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(...(((.....((.((.(.(((((((.(((.(((((((((...)))))))))...(((..((((((...........(((((.....)))))...((((((...(((((.(..(((...((....))))).).)))))))))))((((((.((((..((((.((((((((...)))))))).))))...))))..((((...((.(((((((.......))))))).))...).))).(((((((.(.((((((.......)))))).).))......)))))((((((((((....))))))))))....(((...))).((((((((.((((((.((((.(((((((..(.((((((....)))))).)..(((((.....)))))((.((((....(((((((((...)))))..(((.......))).......))))..)))).)).((((((....((((((.((((((((((((((.((((.(((((((.(((((((((...))).(((((((((....))))))).))(((.(((((...(((((...((((((.....((.(((.....(((((((((.((.......((.......))..(((((((((...((((((((.(((((......)))))((((.(....).)))).)))).))))...)))))))))..)))))))))))....((((.(((((............((((((.....)))))))).)))))))((((((...((((((.((((((...)))))).))))))..))))))(((((....)))))...(((((.((((((((.........))))((......))...((((..((.((((((((((......).))))))))).))..)))).)))))))))))).))..))))))...)))))...))))).))).(((((........)))))..((((...(((..(((((((..............)))))))...)))..))))............)))).))....))))))))))).))......((((......))))))))))))))((((((..........))))))..........))))))))))))))..((((..((...((((((((((((.....((....)).....)))))))))).))...))..)))).))))))))))).((((((..((((.((((((..................)))))).)))).))))))...(((((((......))))))).......((((......)))).)))).)).))))))))))))))...(((((((.(.......).))))))).....(((.((((((((.(((((....((..(((.((((((((((.(((((((.((((((.................)))))).).)))))).).)))))..((.(((...(((.(((((....((........))))))))))..))).)).)))))))(((....))).))...))))).)).((((((((((((((((....((((((((...))))))))....))).))))))).))))))(((((.((........))..)))))..((((........))))...)))))))))............((.((((((....)))))).)).((((.((......))))))..))))))..)))(((((((((...)))))))))....)).).)))))))))).))......)))...)((.....))

Thermodynamic Ensemble Prediction

({....,...}|(,.{{.{.(((((((.(((.(((((((((...)))))))))...(((..(((((({{,....,.,.(((((.....)))))...((((((...(((((.(..(((...((....))))).}.)))))))))))((((((.((((..((((.((((((({...}))))))).))))...))))..((({...((.(((((((.......))))))).))...).))).(((((((.(.((((((.......)))))).).))......)))))((((((((((....))))))))))....(({...,})|((((((((.{(((({.{{((.(((((((..{.((((((,...}}}}}},}..(((((.....))))){{.{(((,...((((,{{({..|}}|||..{{,...,,|,,}}|,...,,)}}}..)))),),.((((((....((((((.((((((((((({,,.((({{(((((((.((((((((({..,||,(((((((((....))))))).}|,{{.{|||{,.,{((((|..||||.......,{|||||}|,.((((((((,,((.......((.......))..(((((((((...{((({((({(((((......}}}}}||||,|}}..|{|||..})))))}}}...)))))))))..)))))))))))....(((,,(((((,...........((((((.....)))))))).)))))))((((((..,(((((((((((((...)))))),)))))}.,))))))(((((....)))))..,||((({(((..((({........||||(({{{{{{.|{|.((((..((.((((((((((......),,)))))))).))..)))).|.|||||,|,((((..,,,.)))}}.}))))},...,}),)),}|||||,.......)})))}.}}}}))){{{..(((((((..............)))))))...}}},|},,},,.}}.......)))).))....))))))))))),||,,,,,.,{,{,}}.,}))),)))))))))){{,,,...{{{,...,)))}},..,.......))))))))))))))..((((..((...((((((((((((.....((....)).....)))))))))).))...))..)))).))))))))))).((((((..((((.{(((({..................))))),.)))).))))))...(((((((......))))))).......,{{(,,..,,,}}).})))},).))))))))))))))..,((({(((,{..,,,{,|.}}|||}}....}}|,.,{{|||||,{{{||,,..||,|((,{(((({(((((.(((((((.((((((.{..,,,....,,..}.)))))).).)))))).).))))}..{{.{{{,..(((.(((((....((........))))))))))..))).}}.))))))){{{.||{,}}.}},..))}}),}},|{((((((((((((((...,((((((((...)))))))),,..))).))))))).)))))}{|{{|}||,,.,....}),,))))){,((({.,{{{{{{||||.{,{|,}}}}))......,,....((.((((((....)))))).)).((({.((,.....}})))).,})))))..)))(((((((((...)))))))))....)).).)))))))}),.|,{{{.{{......)),)}),.,)