Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DSCAM_0006700

Sequence Length

1527 nt

GC Content

0.5285

ACCCAGCGAACUCAGCCCCAUCCAUACUGGAUGGGUUUGACCAUCGCAAAGCCAUGGCUGGGCAGCGUGUGGAGCUGCCUUGCAAAGCGCUCGGGCACCCUGAGCCAGAUUACCGCUGGCUGAAGGACAACAUGCCCCUGGAACUUUCAGGGAGGUUCCAGAAGACCGUGACGGGGCUGCUCAUUGAGAACAUUCGCCCCUCGGACUCAGGCAGCUAUGUUUGUGAAGUGUCCAACAGAUACGGAACUGCUAAGGUGAUAGGCCGCCUGUACGUGAAACAGCCACUGAAAGCCACCAUCAGUCCCAGGAAGGUUAAAAGCAGCGUGGGUAGCCAAGUUUCCUUGUCCUGCAGCGUGACAGGAACUGAGGACCAGGAACUCUCCUGGUACCGCAAUGGUGAAAUCCUCAACCCUGGAAAAAAUGUGAGGAUCACAGGGAUCAACCACGAAAACCUUAUAAUGGAUCACAUGGUCAAAAGUGACGGGGGCGCAUACCAGUGCUUUGUGCGCAAGGACAAGCUGUCCGCUCAAGACUAUGUGCAGGUGGUCCUUGAAGAUGGAACUCCCAAAAUUAUUUCUGCCUUUAGUGAAAAGGUGGUGAGUCCAGCAGAGCCGGUUUCCCUUAUGUGCAACGUGAAGGGAACACCUUUGCCCACGAUCACGUGGACCCUGGACGAUGACCCGAUUCUCAAGGGUGGCAGUCACCGCAUCAGCCAGAUGAUCACGUCGGAGGGGAACGUGGUCAGCUACCUGAACAUCUCCAGCUCCCAGGUCCGGGACGGGGGAGUCUACCGCUGCACUGCCAACAACUCGGCGGGAGUCGUCCUGUACCAGGCUCGAAUAAACGUAAGAGGGCCUGCAAGCAUUCGACCAAUGAAAAACAUCACAGCAAUAGCAGGACGGGACACAUACAUUCACUGUCGUGUGAUUGGCUAUCCGUAUUACUCCAUUAAAUGGUACAAGAACUCUAACCUGCUUCCUUUCAACCACCGCCAAGUGGCAUUUGAGAACAAUGGAACUCUUAAACUUUCAGAUGUGCAAAAGGAAGUGGACGAGGGGGAGUACACGUGCAACGUGUUGGUUCAACCACAACUCUCCACCAGCCAGAGCGUCCACGUGACCGUGAAAGUUCCGCCUUUCAUACAACCCUUUGAGUUUCCAAGAUUCUCCAUUGGGCAGCGGGUCUUCAUCCCCUGUGUUGUGGUCUCAGGGGACUUACCCAUCACGAUCACCUGGCAGAAGGAUGGCCGGCCAAUCCCUGGGAGCCUUGGGGUGACCAUUGACAAUAUUGACUUCACGAGCUCCUUGAGGAUUUCCAAUCUCUCGCUCAUGCACAAUGGGAAUUACACCUGCAUAGCCCGGAAUGAGGCCGCCGCUGUGGAGCACCAAAGCCAGUUGAUUGUCAGAGUUCCUCCCAAGUUUGUGGUUCAGCCACGGGACCAGGACGGGAUUUAUGGCAAAGCAGUCAUCCUCAAUUGUUCUGCUGAGGGUUACCCUGUACCUACCAUCGUGUGGAAAUUCUCUAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-529.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -555.55

Frequency: 0.0000

Diversity: 313.38

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.((((..((((.((((((((...)))))))).))))...))))..((((...((.(((((((.......))))))).))...).))).(((((((.(.((((((.......)))))).).))......)))))((((((((((....))))))))))....(((...))).((((((((.((((((.((((.(((((((..(.((((((....)))))).)..(((((.....)))))((.((((....(((((((((...)))))..(((.......))).......))))..)))).)).((((((....((((((.((((((((((((((.((((.(((((((.(((((((((...))).(((((((((....))))))).))(((.(((((...(((((...((((((.....((.(((.....(((((((((.((.......((.......))..(((((((((...((((((((.(((((......)))))((((.(....).)))).)))).))))...)))))))))..)))))))))))....((((.(((((............((((((.....)))))))).)))))))((((((...((((((.((((((...)))))).))))))..))))))(((((....)))))...(((((.((((((((.........))))((......))...((((..((.((((((((((......).))))))))).))..)))).)))))))))))).))..))))))...)))))...))))).))).(((((........)))))..((((...(((..(((((((..............)))))))...)))..))))............)))).))....))))))))))).))......((((......))))))))))))))((((((..........))))))..........))))))))))))))..((((..((...((((((((((((.....((....)).....)))))))))).))...))..)))).))))))))))).((((((..((((.((((((..................)))))).)))).))))))...(((((((......))))))).......((((......)))).)))).)).))))))))))))(((..(((((((.(.......).))))))).....(((.((((((((.(((((....((..(((.((((((((((.(((((((.((((((.................)))))).).)))))).).)))))..((.(((...(((.(((((....((........))))))))))..))).)).)))))))(((....))).))...))))).)).((((((((((((((((....((((((((...))))))))....))).))))))).))))))(((((.((........))..)))))..((((........))))...)))))))))..........)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.((((..((((.((((((({...}))))))).))))...))))..((({...((.(((((((.......))))))).))...).))).(((((((.(.((((((.......)))))).).))......)))))((((((((((....))))))))))....((,...,}),((((((((.{(((({.{(((.(((((((..(.((((((....)))))).}..(((((.....)))))((.{(((....((((,{{((..{}}|||..{{,...,,},,,)|,...,,)}}}..)))),),.((((((....((((((.((((((((((((,,.((({{(((((((.((((((((({..,||,(((((((((....))))))).}|,{{.{|||{,..{((((|..||||.......,{|||||}|,.((((((((,,((.......((.......))..(((((((((...{((({((({(((((,.....}}}}}||||,|}}..|{|||..})))))}}}...)))))))))..)))))))))))....(((,,(((((,...........{(((((.....)))))))).)))))))((((((..,(((((((((((((...)))))),)))))}.,))))))(((((....)))))..,||((({(((..((({........||||((({{{{{.|{|.((((..((.((((((((((......),,)))))))).))..)))).|.|||||.|,((((..,||.))))}.)))))}}...,}),)),}|||||,.......)})))}.))}}))){{{..(((((((..............)))))))...}}},|},,},,.}}.......)))).))....))))))))))),||,,,,,.,{,{,,,.,,))),)))))))))){{,,,...{{{,...,)))}},..........))))))))))))))..((((..((...((((((((((((.....((....)).....)))))))))).))...))..)))).))))))))))).((((((..((((.{(((({..................))))),.)))).))))))...(((((((......))))))).......,{{(......,}}).))))),).))))))))))))(((..(((((((.(.......}.))))))).....(((.(((((({{.(((((,,.,{(,,(({{((((((((((.(((((((.((((((.{..,,,....,,..}.)))))).).)))))).).)))))..{{.{{{,..(((.(((((....((........))))))))))..))).}}.)))))))(((.,,,,}}.)),.,))}}}.}},{(((((((((((((((...,((((((((...)))))))),,..))).))))))).)))))}{{{{{,||,,,,....}}.,))))),,((({..,...,,}}}}...}))))))))..........)))