Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DSCAM_0007000

Sequence Length

1554 nt

GC Content

0.5251

GAUCUAGAUUUCUCAUCACAUCCACGGGAGCCUUGUAUAUUAAAGAUGUACAGAAUGAAGAUGGAUUGUAUAACUACCGCUGCAUCACGCGGCAUCGAUACACCGGAGAGACGAGGCAGAGCAACAGCGCCAGACUUUUUGUAUCAGACCCAGCGAACUCAGCCCCAUCCAUACUGGAUGGGUUUGACCAUCGCAAAGCCAUGGCUGGGCAGCGUGUGGAGCUGCCUUGCAAAGCGCUCGGGCACCCUGAGCCAGAUUACCGCUGGCUGAAGGACAACAUGCCCCUGGAACUUUCAGGGAGGUUCCAGAAGACCGUGACGGGGCUGCUCAUUGAGAACAUUCGCCCCUCGGACUCAGGCAGCUAUGUUUGUGAAGUGUCCAACAGAUACGGAACUGCUAAGGUGAUAGGCCGCCUGUACGUGAAACAGCCACUGAAAGCCACCAUCAGUCCCAGGAAGGUUAAAAGCAGCGUGGGUAGCCAAGUUUCCUUGUCCUGCAGCGUGACAGGAACUGAGGACCAGGAACUCUCCUGGUACCGCAAUGGUGAAAUCCUCAACCCUGGAAAAAAUGUGAGGAUCACAGGGAUCAACCACGAAAACCUUAUAAUGGAUCACAUGGUCAAAAGUGACGGGGGCGCAUACCAGUGCUUUGUGCGCAAGGACAAGCUGUCCGCUCAAGACUAUGUGCAGGUGGUCCUUGAAGAUGGAACUCCCAAAAUUAUUUCUGCCUUUAGUGAAAAGGUGGUGAGUCCAGCAGAGCCGGUUUCCCUUAUGUGCAACGUGAAGGGAACACCUUUGCCCACGAUCACGUGGACCCUGGACGAUGACCCGAUUCUCAAGGGUGGCAGUCACCGCAUCAGCCAGAUGAUCACGUCGGAGGGGAACGUGGUCAGCUACCUGAACAUCUCCAGCUCCCAGGUCCGGGACGGGGGAGUCUACCGCUGCACUGCCAACAACUCGGCGGGAGUCGUCCUGUACCAGGCUCGAAUAAACGUAAGAGGGCCUGCAAGCAUUCGACCAAUGAAAAACAUCACAGCAAUAGCAGGACGGGACACAUACAUUCACUGUCGUGUGAUUGGCUAUCCGUAUUACUCCAUUAAAUGGUACAAGAACUCUAACCUGCUUCCUUUCAACCACCGCCAAGUGGCAUUUGAGAACAAUGGAACUCUUAAACUUUCAGAUGUGCAAAAGGAAGUGGACGAGGGGGAGUACACGUGCAACGUGUUGGUUCAACCACAACUCUCCACCAGCCAGAGCGUCCACGUGACCGUGAAAGUUCCGCCUUUCAUACAACCCUUUGAGUUUCCAAGAUUCUCCAUUGGGCAGCGGGUCUUCAUCCCCUGUGUUGUGGUCUCAGGGGACUUACCCAUCACGAUCACCUGGCAGAAGGAUGGCCGGCCAAUCCCUGGGAGCCUUGGGGUGACCAUUGACAAUAUUGACUUCACGAGCUCCUUGAGGAUUUCCAAUCUCUCGCUCAUGCACAAUGGGAAUUACACCUGCAUAGCCCGGAAUGAGGCCGCCGCUGUGGAGCACCAAAGCCAGUUGAUUGUCAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-530.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -556.21

Frequency: 0.0000

Diversity: 331.03

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.......))(((((((((..((((((....(((((((((...)))))))))......(((((..............(((((.....)))))...((((((...(((((.(..(((...((....))))).).)))))))))))((((((.((((..((((.((((((((...)))))))).))))...))))..((((...((.(((((((.......))))))).))...).))).(((((((.(.((((((.......)))))).).))......)))))((((((((((....))))))))))....(((...))).((((((((.((((((.((((.(((((((..(.((((((....)))))).)..(((((.....)))))((.((((....(((((((((...)))))..(((.......))).......))))..)))).)).((((((....((((((.((((((((((((((.((((.(((((((.(((((((((...))).(((((((((....))))))).))(((.(((((...(((((...((((((.....((.(((.....(((((((((.((.......((.......))..(((((((((...((((((((.(((((......)))))((((.(....).)))).)))).))))...)))))))))..)))))))))))....((((.(((((............((((((.....)))))))).)))))))((((((...((((((.((((((...)))))).))))))..))))))(((((....)))))...(((((.((((((((.........))))((......))...((((..((.((((((((((......).))))))))).))..)))).)))))))))))).))..))))))...)))))...))))).))).(((((........)))))..((((...(((..(((((((..............)))))))...)))..))))............)))).))....))))))))))).))......((((......))))))))))))))((((((..........))))))..........))))))))))))))..((((..((...((((((((((((.....((....)).....)))))))))).))...))..)))).))))))))))).((((((..((((.((((((..................)))))).)))).))))))...(((((((......))))))).......((((......)))).)))).)).))))))))))))))))))).)))))).))))))....(((......)))...(((((((.(((((....((..(((.((((((((((.(((((((.((((((.................)))))).).)))))).).)))))..((.(((...(((.(((((....((........))))))))))..))).)).)))))))(((....))).))...))))).)))))))..)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.......))((({(((((..((((((....{((((((((...)))))))))......(((({...,,.......|,(((((.....)))))...((((((...(((((.(..(((...((....))))).).))))))))))){(((((.((((..((((.((((((({...}))))))).))))...))))..((({...((.(((((((.......))))))).))...}.))).(((((((.(.((((((.......)))))).).))......)))))((((((((((....))))))))))....((,...,})}((((((((.{(((({.{{((.(((((((..{.((((((,...}}}}}|.}..(((((.....))))){{.{(((,...((((,{{({..|}}|||..{{,...,,|,,,)|,...,,)}}}..)))),),.((((((....((((((.((((((((((((,,.((({{(((((((.((((((((({..,||,(((((((((....))))))).}|,{{.{|||{,..{((((|..||||.......,{|||||}|,.((((((((,,((.......((.......))..(((((((((...{((({((({(((((,.....}}}}}||||,|}}..|{|||..})))))}}}...)))))))))..)))))))))))....(((,,(((((,...........{(((((.....)))))))).)))))))((((((..,(((((((((((((...)))))),)))))}.,))))))(((((....)))))..,||((({(((..((({........||||((({{{{{.|{|.((((..((.((((((((((......),,)))))))).))..)))).|.|||||.{,((((...,|.))))}.)))))}}...,}),)),}|||||,.......)})))}.))}}))){{{..(((((((..............)))))))...}}},|},,},,.}}.......)))).))....))))))))))),||,,,,,.,{,{,,,.,,))),)))))))))){{,,,...{{{,...,)))}}}.,,.......))))))))))))))..((((..((...((((((((((((.....((....)).....)))))))))).))...))..)))).))))))))))).((((((..((((.{(((({..................))))),.)))).))))))...(((((((......)))))))......,,{{(,,..,,,}}).})))),).)))))))))))))),}}}|,)))))).)))))}....(((......)))...(((((((.(((((....{{..(({{((((((((((.(((((((.((((((.{..,,,....,,..}.)))))).).)))))).).)))))..{{.{{{,..(((.(((((....((........))))))))))..))).}}.)))))))(((....))).}}...))))).)))))))..)))