Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_DSCAM_0007600
Sequence Length
2974 nt
GC Content
0.4284
GCUGGGCAUGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCACUUUGGGAGGGAUUACACUCCCUGGCACUUUGGGAGGCCAAGACGGGUGGAUCACUUGAGCUCAUGAGUUCAAGACCAGCCUGGGCAACAUGGUGAGAUCUCGUCUCUAUAAAAAAAUACAAAAAUUAGCCAGGUGUGAUGGCCCACUCCCAUAGUUCCAGCUAUUCGGGAGGCUGAGGUGGAAGGAUUGCUUGAGCUCAGGAGGUGAUGGCUGCAGUGAGCUGAGAUGAUACCACUGCACCACAGCCUGGAUAAUACAGCCAGACCUUAUCUCAAAAAAAAAAACCAUAAACCAUUUUUAAUUUAUCUGAGAAACUGACCUAUGCAUGAUGUGUAGUUACUGCAGAAAAUGACCAAGAAAUUAUCUUUACAAUUUAAAUAUGUAAAGCUCAAAAGCAAUGAAGCUAAGACUCCUGGAAAUUCUGACUGAAAUAAACUAAAGGAUGUUUCAACUGAACCUGAGAAAAAUAAGCAAUAAAAGUUGAUUAUUUGGCAUUUUAGUCUUUUUUCAAAGAUAAAAAUCACAUUCUUUCUAGUGGAAUCACAUCACAUGCAGAAAUAGCCCAUAGAAGAGUCUAACGGUGGCAGGAGGUGUACUGAGUUACCCACCGGGAAGGUGCAAUGAGGCACUCUCAGCUCUACUUUUUUUUUUUUUUUAAAGUAAAAGACCAGAAAUUUUAUUAUCUUAGGGAAAUUAUAGAAUCCACUUACGAUGAUCAUUUACAUUUUACCUUUAUGCUCCAACUUGUUUUAUCAGCCAAUUAAAAUUGAACAGCGAAAAAUAUCUUUAAAAGUUACAUUUUCAAAGGGAAAAAAACAUUUUUGCCCUCUUAAACUAACACUGAUAUUUGAUCUCAAUGUUGGCCCUUUCUGUUCAACUGAAGCUUUACCGGUAAAAAUUAGAGGUUACAGAUAGGACAUUGUUUUGUGCUGACAUAAUGGGGAAUGACUGAUCAUGAAUUUUUUUUCUUGAGGUGAAAAUUGUUAUUGUUAGUGAUUUGAACAGUCCCUUUAAAAAUUAGUGAUUAAGAAAUAACAGAGUAUUCUAAAACACUGAAUCUGGGAAGAAUUGAUAUGUGUCAUAGAAUAUAGUGAUAAAUAUUGGUUAUUAAUGUGAGGAAAUAAGACAGCCUUUUUAGGGGAAGUUUGUAGAAUAUUUUAUUGCUUUGUAGUCUAAUAUUUUUGUGCUUUUAUUGAAACAUUUUAAACUGAGGCAAAAGUUUAUACUUUCAUAAGCUAGAGAUGUGCAACAAAAAGUUAAUAUUCCCUUAAUUUGUCACAUUCUAAGGGAAAUGUAAUGAUCCAAGAAAAUCUUCUGUGUUCGGUAUAUACCAAUUAUAUGACAACUUCGUUGCUGUAAGAUAAAUGCAUGAUCUAAAAAAAAGUUUAUGAGGUUAGAUUUGCUAAGUAUAUAUUUAUUGUAUAGCAUAAGGACUAAAAACCCUUAAUGUAGGCUAGUCAAAAAAUUAAAACAGCUUGGACCCUUAAUUGACACACACACACACACACACACACACACACACACACGCAGACGCACGCACCCAUUUUUAGCCUUUUCAUUAAGUUUCUUCAGGUGGGGGAAAAAAAAAACUGUUUAAGGACUUUGUCUGUGUGGUUGGGUUGCUUUCAUUGUCUUUUAACCAAGCCACUGUUUUCCUCUAUUUCAGGAUCUAGAUUUCUCAUCACAUCCACGGGAGCCUUGUAUAUUAAAGAUGUACAGAAUGAAGAUGGAUUGUAUAACUACCGCUGCAUCACGCGGCAUCGAUACACCGGAGAGACGAGGCAGAGCAACAGCGCCAGACUUUUUGUAUCAGACCCAGCGAACUCAGCCCCAUCCAUACUGGAUGGGUUUGACCAUCGCAAAGCCAUGGCUGGGCAGCGUGUGGAGCUGCCUUGCAAAGCGCUCGGGCACCCUGAGCCAGAUUACCGCUGGCUGAAGGACAACAUGCCCCUGGAACUUUCAGGGAGGUUCCAGAAGACCGUGACGGGGCUGCUCAUUGAGAACAUUCGCCCCUCGGACUCAGGCAGCUAUGUUUGUGAAGUGUCCAACAGAUACGGAACUGCUAAGGUGAUAGGCCGCCUGUACGUGAAACAGCCACUGAAAGCCACCAUCAGUCCCAGGAAGGUUAAAAGCAGCGUGGGUAGCCAAGUUUCCUUGUCCUGCAGCGUGACAGGAACUGAGGACCAGGAACUCUCCUGGUACCGCAAUGGUGAAAUCCUCAACCCUGGAAAAAAUGUGAGGAUCACAGGGAUCAACCACGAAAACCUUAUAAUGGAUCACAUGGUCAAAAGUGACGGGGGCGCAUACCAGUGCUUUGUGCGCAAGGACAAGCUGUCCGCUCAAGACUAUGUGCAGGUGGUCCUUGAAGAUGGAACUCCCAAAAUUAUUUCUGCCUUUAGUGAAAAGGUGGUGAGUCCAGCAGAGCCGGUUUCCCUUAUGUGCAACGUGAAGGGAACACCUUUGCCCACGAUCACGUGGACCCUGGACGAUGACCCGAUUCUCAAGGGUGGCAGUCACCGCAUCAGCCAGAUGAUCACGUCGGAGGGGAACGUGGUCAGCUACCUGAACAUCUCCAGCUCCCAGGUCCGGGACGGGGGAGUCUACCGCUGCACUGCCAACAACUCGGCGGGAGUCGUCCUGUACCAGGCUCGAAUAAACGUAAGAGGGCCUGCAAGCAUUCGACCAAUGAAAAACAUCACAGCAAUAGCAGGACGGGACACAUACAUUCACUGUCGUGUGAUUGGCUAUCCGUAUUACUCCAUUAAAUGGUACAAGAACUCUAACCUGCUUCCUUUCAACCACCGCCAAGUGGCAUUUGAGAACAAUGGAACUCUUAAACUUUCAGAUGUGCAAAAGGAAGUGGACGAGGGGGAGUACACGUGCAACGUGUUGGUUCAACCACAACUCUCCACCAGCCAGAGCGUCCACGUGACCGUGAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-833.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -894.32
Frequency: 0.0000
Diversity: 822.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((((((((....))))))))((((((((.(....)..)))))))).(((((.........)))))))(...(((((((((...((((((((....))))))))(((..((((((.........(((((...))))).....................((((.......))))...((((((((((....)))))..)))))((((((((((..((.(((((((((((.(((.(((((((.((.((((((((((((((((.....(((.....))).((((.........))))...))))))))............((((.(((((((((.......((((((((((((((.(((((((((((...((((((.(((.((((.............(((((((.........)))))))......(((......)))........((((((....(((((((((...(((((.......((((((.........................))))))...))))).)))))))))..))))))..(((....))).)))).))).))))))...)))))))..))))(((((..........((((...(((((((((.((.((.(((......))))).))(((((((.(((((((((((..(((((((((.(((((.((((......)))).)))))...)))......((((((.((((................)))).))))))......................(((((.((((((((..((((..........(((((..(((.....((((.....(((((((((((..(((((((((....))))).)))).....(((((((.((((((((.(((((((((((((((((.(((((.(..((((...((((....))))..))))..)..))))).)))(((......))))))))))).((.((......)).))...(((......))).)))))).)))..))))).)))))))((((.....))))((((.....((((((((((((....((.((..((((((((..((((...(((...........)))..))))..))))))))..)).))....))))))))))))..))))......(((((.....(((((((((..(((..............(((((...((...(((((((((.((((....(((((.....((((((........))))))...))))).)))))))))))))...))..))))))))..))))))))).)))))..........))))))))))).....)))).....)))..)))))(((....)))......((((.....))))(((((((.((((((((((.(((((((................)))))))))).........))))))).)))))))(((((.........))))).....))))...........)))))))).)))))...........................................((((((((((......(((((((..((.(((......)))...))..)))))))............((.....)).....)))))))))))))))).))).)))))))))))))..))..)))))))))...)))))))))))).)).)).))))))).....(((...)))...(((((((((...)))))))))..))))))))).)))).........(((((.....)))))...((((((...(((((.(..(((...((....))))).).))))))))))).......((((..((((.((((((((...)))))))).))))...))))..((((...((.(((((((.......))))))).)).........(((((((.(.((((((.......)))))).).))......)))))((((((((((....))))))))))....(((...)))))))))))))))))..)).)))))))).)).)))))))))))..((..((...(((((.....)))))...)).))..(((((......)))))....(((.......)))......))))).)))))))))))..)))............((((((((((((.((((.(((((((.(((((((((...))).(((((((((....))))))).))(((.(((((...(((((...((((((.....((.(((.....(((((((((.((.......((.......))..(((((((((...((((((((.(((((......)))))((((.(....).)))).)))).))))...)))))))))..)))))))))))....((((.(((((............((((((.....)))))))).)))))))((((((...((((((.((((((...)))))).))))))..))))))(((((....)))))...(((((.((((((((.........))))((......))...((((..((.((((((((((......).))))))))).))..)))).)))))))))))).))..))))))...)))))...))))).))).(((((........)))))..((((...(((..(((((((..............)))))))...)))..))))............)))).))....))))))))))).))......((((......)))))))))))))).......))))).....(((...((....)).)))(((((((((((..((((..((...((((((((((((.....((....)).....)))))))))).))...))..))))..)))))))))))((((((..((((.((((((..................)))))).)))).)))))).))))....)
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((,(((,(((,,{,,}}}))}{((((((((.(....),.))))))))}{{{{(,{,...,.,||}}}|||,...,{((((({...((((((((....)))))))){((..((((((,...{((({(((((...))))).....................((((.......))))...{(((({((((....))))}..))))|(((,,(((((..{{.(((((((((((.(((.(((((((.,{.((((((((((((((((.....{{(,....}}),((((.........))))...))))))))............{{{{.(((((((({.,,,...(((({((((({(((.(((((((((((...(({(({,((({{{{{.....,.......(((((((.........)))))}|,{,...{{{......)))..,.{{{,{((,,,,{{.{,,(((((({..(....}..}}}}|||.,.}},,|,|||..{{(((,.((({....)))).})))))|},|||||,|||{{{....}))))).}}}}},.},}},}}}|)}))))...)))))),.,)))){{,,,.,.,..,,{,,{{{...{((((((((.({.(({(,,,.....))})}.))|{{{{((,((((((((({{..({{((({{{.{((((,{,{(,,....)))}.))))),..}}}....,.,,,.{{,,(((((.......((((,{(((.((((((({.({{,...{((((((,({{,.(((((...(((,...{(((({{,.....,{{(({{{{.(({({.,,.({,...,}|.,,..}}}}}..((((,((((....})))).))))......((((((.(((.,,....,.))).)))))).{{{.{||||,|},((({{.{(((,....,.....,}})})}}},)))},|}}{{,..}},}))})))))}),,,))))).||||....|||.(((......))).)))))))))))},)))))))).))))))))......))))}......((((((((((((....{,.((..((((((((..((((,.{{(({....}},.}},},..))))..))))))))..)).}}....)))))))))))),{||||,,,...((((((((..(((((((,{{(,,((((({{{,|,,||{||||.|||{{{{|||||||{({(((({,..{((({....,}}}},,{,,||||,,||{{{{.|{|{{((((((((,|({{{(((((,,.....||,..,,((((((((...{{...}}...))))))))|||||,|((.,..((((....))))..}.)){{{,,,.}}}..,{{{{,{.({{{...))))|}}}}.,,,...})))),|))).......}))))))))}}))))))))))}.}}}|,{.|,.}},),))))))},,,}}))},....)))))))...))))).)))........,,,,{|{,||||....||||.,|,,,..............................(((((((((,....,.(((((((..((.(((......)))...))..)))))))............{{,,...,},....)))))))))))))))).))),,,))}))))}}))..))..))))))))),,,))))}}}))))).)).)).))))))}.....{{{..,))),..{((((((((...)))))))))..))))))))).))}}.........(((((.....)))))..,((((((...(((((.(..(((...((....))))).).))))))))))).,.....((((..((((.((((((({...}))))))).))))...))))..{(({...((.(((((((.......))))))).))...}.))}.(((((((.(.((((((.......)))))).).))......)))))((((((((((....)))))))))).,,.{{|....}))})})))))))),}..)),}))))))).)).)))))))))}}.,{{{{((...{{{{{..,,,))))},,.}},||..(((((......))))),},.||,...,..})))}...}})))))}),,},))))))..))),....,,,,.,{((((((((((,,.((({{(((((((.((((((((({..,||,(((((((((....))))))).}},{{.{{|{{,..{((((|..||||.......,{|||||||,.((((((((,,((.......((.......))..(((((((((...{((({((({(((((,.....}}}}}||||,|}}..|{|||..})))))}}}...)))))))))..)))))))))))....(((,,(((((,...........{(((((.....)))))))).)))))))((((((..,(((((((((((((...)))))),)))))}.,))))))(((((....)))))...||(((((((..((({........|||{((({{{{{.|{|.((((..((.((((((((((......),,)))))))).))..)))).|.|||||.{,((((...,,.))))}.)))))}}...,}).)),}|||||,.......)))))}.))))))){{{..(((((((..............)))))))...}}}||},}},,.}}.......)))).))....))))))))))),||,,,,,.,{{{,,,.,}))),))))))))))|{..,...{{{{...,)))},,..,....,,.,}}|((((((((((..((((..((...((((((((((((.....((....)).....)))))))))).))...))..))))..))))))))))|(((((...}))))}{(({...}))}......,}))))}))),.})),|.{{{{....))))..,,
Back