Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DSCAM_0009800

Sequence Length

1035 nt

GC Content

0.4589

GACAAAAGAGUAGACCCAAUACUGGGAAGUCUUAUUGGGUUGCAGGGGUGCUCUGAGUCAGCUGGAGGAAAACGGUGAAUCACCCAUGCAAGCCCAGAAUCCCACCCAAAACCAUGCCCAGAAUUCAGACACAUUUUAUUUUAAAGAAAUAACAAAAGUGGUUGAAUGAGGCAAGAUGUGGGAGUGAAAGACUGGACCUGAUGGUGACAGCUAGGGAAAGGAAUCUGAGCUGCUAGAGCAGUUCAGUAGCUGGCUCAAUUAUCAAGCGGUGAGAUUUGCUGGCAAGAGUCAAAUAAGGAACAAGAAGACAAAUGACAUGGGGCAGAUAGAGCUGCACUGUGGCAGAGCUGAUCUGCAGGCUGGUGGAGCAGAGGAGGGGAGCCACUGAGCCAUGCAGAGAGGCCACGUAUAAGAUAAUACGAAGUGACUUGGCCAAAAUGUGUAAGCACAGAAGGUUCAUUGCUGGCAUACACAAUUUCUGCUACAUAACAUGGUGUCCUUAAUGGCCAUAACUGCUGAAAAGCACAGGGAGAAAGUGGAUGUUAUCUAAUUUAUAAAAUGAUAAUACUUUUAUUAUCCAGAUUGAUGACAGAUGCUCCAACCCCCAGAGUCUUUCUCUCCUUGGCCCCUUGACCUGAAUUCUUCAAGCGGGGACUUCGUUUCAUAGCCUCUGAGCCCAUUCUUUCUUCCCCCAACUCCCUCAAAAAUCAAAUUACAUUGUAAUGAUCUGUCCACCUUUGGGUGACACUCUACCGUGUUCAUCUGAGACUCUCUCCAGCGUUUUUGUUUGUGUCCAGGCUUCCAGGAAAGCUGAUGGGGUCUACAUGCACUUUUCCUAUAUCCCCCACUGACAAGUACAGUGAAGGCCGAAUGCUCAGUGAACAGUAACUCUCUGCCCUAAAUCCAGGUGGGUGAUGGAUCAACACUGAACUUUUAUUUAUUUAUUUUUUUAGAAUAUAUUACUUUGGCUGGGCGCAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACACUGGGAGGCCGAGGAGGGAGAAUCACUUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-310.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -328.85

Frequency: 0.0000

Diversity: 213.30

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((...(((((...((((....)))).........(((((((((.(((((......((..((((........))))..))))))).))).))))))......((((((((....((..(((((((((..(((.(((((((((...))))))..))).)))..)))))((((..((.((.(((((.((((((.((((((....)))..((((((...........(((((((((....)))))))))))))))(((((.((((.((((((.....((((((.(.((((((((..(((((..((((.(((.(((.(((.((((((((......))))..((((((((((....(((((((((((((((..(.........)..))))).)))).))))))..((((((((((......)))))........)))))....((((((.((.(((((......)).))))).))))))..))))))))))....(((((..........)))))...((((....))))...((((........(((((((.(((((.....(((((((.....)))))))..))))))))))))....))))....))))..)))))).))).))))...)))))...)).))))))).))))))....)))))).))))....)))))))).))))))))))).)).)).)))).........(((((...)))))..))))..))..))))))))..)))))...)).((((..(((..((((((((...((.((((((.(((....((.....(((((((.(((((.......))).)).)))))))....))..))).)))))).)).((((..((((..((((((((.((.(((((...((((....((((..((((((((((.((.(((....))).)).))))))))))))))...)))).....))))))).))))))))...))))))))(((.....((((((....)))))))))...))))))))..)))..))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((...(((((.,,((((....))))...,,,..,(((((((((.(((((......,({,{(((........))))}},}))))).)))}})))))}.....((((((((....((..((({{((((..(((.(((((((((...))))))}.,}}.)))..)))))((((..{(.((.(((((.((((((.((((((....)))..((((((...........(((((((((....)))))))))))))))(((((.((((.{(((({.|,..((((((.{.((((((((..{((((..((((.(((.(((.(((.((((((((......))))..((((((((({....(((((((((((((((..(.........)..))))).)))).))))))..((((((((((......)))))........)))))....((((((.((.(((,{,.....)).))))).))))))..})))))))))....{((((..,,.....,)))))...((((....))))..{((,{..{(({..(((((((.(((((.....{{(((((,....})))))),.))))))))))))..}}))}}..,}))))..)))))).))).))))...)))))...))}})))))}.})))))..,,)))))).))))....)))))))).))))))))))).)).)).)))),....,{,.{((((...)))))},))))..)}..))))))))..)))))...)).((((..(((..((((((((.{{{,.,{(({{.(((....((,.,..((({{{{,{{{{(,,,....)}}.)).}}}}))}....,},.|||,|}}}},.|)||||..(((({..,(((((((.((.(((((...{{{{..,.{{(,..{{((((((((.((.(({....))).)}.))))))))}}|}}}...}))).....))))))).)))))))}...})))),,}}||}}},.{(((((....))))))))),..))))))))..)))..))))