Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_DYM_0001600

Sequence Length

1097 nt

GC Content

0.4303

CAGGACUCUGGACUGUCUUCACACUAGGUGGUGUGGGCAGCAAAGCGGCUGCCUCUCCAGAGCUUUCUUCCCCUCUGGCCAACCAGAGUCUCCUGCUUCUGCUGGUGUUGGCCAAUCUGACAGAUGCCUCAGAUGCGCCAAACCCCUACAGACAAGCCAUUAUGUCCUUCAAGAACACACAAGAUAGCAGUCCUUUCCCCUCAUCAAUUCCACAUGCCUUCCAGAUCAACUUUAAUAGUUUGUACACAGCUCUUUGUGAACAGCAGACAUCUGAUCAAGCAACUCUCCUCUUGUAUACCUUGCUCCAUCAAAAUAGUAAUAUUAGAACAUACAUGUUGGCUCGCACAGAUAUGGAAAAUCUUGUUUUACCAAUUCUUGAGAUUCUGUAUCAUGUUGAAGAAAGGAAUUCACACCAUGUGUAUAUGGCCCUUAUAAUAUUGUUGAUCCUUACGGAAGAUGAUGGCUUCAACAGAUCCAUUCAUGAAGUGAUACUAAAAAAUAUUACUUGGUAUUCAGAACGAGUUUUAACUGAAAUCUCCUUGGGGAGUCUCCUGAUCCUGGUGGUAAUAAGAACCAUUCAAUACAACAUGACUAGGACACGAGACAAGUACCUUCACACAAAUUGUUUGGCAGCUUUAGCAAAUAUGUCGGCACAGUUUCGUUCUCUCCAUCAGUAUGCUGCCCAGAGGAUCAUCAGUUUAUUUUCUUUGCUGUCUAAAAAACACAACAAAGUUCUGGAACAAGCCACACAGUCCUUGAGAGGUUCGCUGAGUUCUAAUGAUGUUCCUCUACCAGAUUAUGCACAAGACCUAAAUGUCAUUGAAGAAGUGAUUCGAAUGAUGUUAGAGAUCAUCAACUCCUGCCUGACAAAUUCCCUUCACCACAACCCAAACUUGGUAUACGCCCUGCUUUACAAACGCGAUCUCUUUGAACAAUUUCGAACUCAUCCUUCAUUUCAGGAUAUAAUGCAAAAUAUUGAUCUGGUGAUCUCCUUCUUUAGCUCAAGGUUGCUGCAAGCUGGAGCUGAGCUGUCAGUGGAACGGGUCCUGGAAAUCAUUAAGCAAGGCGUCGUUGCGCUGCCCAAAGACAGACUGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-265.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -288.31

Frequency: 0.0000

Diversity: 387.40

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((((((.......((((((....))))))((((((......))))))..)))))))..........((((((....))))))..)))))((((.((((...((((.((...((((.(((((((..((((..(((.((((((((.((((.(((((((((((((.................(((((.....(((((.................(((((.(((((((..((...((((((.(((((....)))))....))))))...((((..(((((.................)))))..)))).((((....))))..((((....))))((((.((((((((((((((..((..(...........)..))..))))))))).(((.(((........))))))...)))))....)))).......))..))))))).....)))))(((((((..((....)).))).)))).((((((((........))))))))(((.(((((............)))))))).....)))))(((((.((.(((((((.((......................)).))))))))).)))))..(((((............((((((.......((..(((.((((((((.((((....(((((.(((((((((((((...((((((.(((((.........(((((.(((.........))).)))))...((((((.(((.((.(..((...))..)))..)))..)))))).))))).))))))..)))..)))))....(((......))).(((((.......))))).)))))..))))).....))))..)))).)))).)))..))..........))))))..))))).....)))))..........(((...((((((....))))))...))).........))))))))))).........((((....)))).......(((((((.((.(((...))).)).))))))))))))).))))...))))..)))....)))).....)))))))))))...)).))))...))).).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((({((((((..,,....((((((....))))))((((((......))))))..||{((|{..........||||||....))))))..,})))(((({(..((.{((((({.{(((((........))))))}.))))}}),}}..}}||{{,||.,,,.||||,.....{{{{{,,..(((,,{(({{{,,,{(,.{,,,...........,{,,{{((,(({{{((,.{,..,((((((.(((({....,)))).,,,||}||}...((((..(((((..........,......)))))..)))).,,,{....}}}}..,,,,...,}))}|||{,{,{{{(((((((((..((,,(..,........,..))},))))))))).}}}|||{,,,,,,..}}}|,,{,,|}}}}.,}})),,...,|,.,|{{|}|||||{{,..||}}|{{((((({{((,...||.,,,.})|},|{((((((.,......})))))))|}},||{(({{{{{{.....,||||,..,{{{.,|||}|(((((.((.(((((((,((.......,,,..,,........}).))))))))).)))))..{,......,.,..,,{(((((((((,,....||,,,..}}}|}|,|}|}}}},}}|||,,,||||||,,,,||,}}.,||))},|||}}}}},.....|{{||,|||.,.......}}}.}))))}}))))}|,.,||....,,,{,,,,}}}}))...)))}.||}}},.})|))}))||||{{|||{{{||||,...,,{....,,|||.{(((((,,{{(({(((({,,.||{{(((((((...,.,...,},,.}},...........,,,.....,......}))}....{{,.,{{.........}}))))))}..,|}}}..)))))).}})},)))),.|||)})}}}}..}}},......}||||}}}})},|,,,..,{(((((((.,{.{{|,,.,}),}},))))))}}|||||||||}|{{||}}|||}},,..,..,,,,},})))}))))).}))))}},,.,})))).},))))