Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_EP300_0001600

Sequence Length

1093 nt

GC Content

0.3779

GUGUGAGCUACCAGGGCUGGUCUUGCACCCUGUUUUUGGUAGGGGUGGUUUGUAUGGUGAAGGAGCCAGAGGCAUGGUGUUGUACCCUAUUCUGGCUAGACUUUGGUUAAGGAAAGCUAUUCUGUAGGCUACAGGUCAAAAACUCCGCCUGUUAAAGGCCUACUUUGAGGCAGGUACUAUAUAGGAACUUGGUAAAAAAUGGUGGAUAGCCCUCUGCUUAACUGGAGCACACACUGAGUGUUCCACAAAUGACAGGUCUUUUGUAUCAGUUGUGUGUCUUUAUGUAUUACAAUAUUUAAAAUGUUUUCUUUCCAUCCUGAGUUUAGUUUGUGUGUAGAUAUUUUAACUGUUCUUCUAAGGAACUUGGGAAUAUUAAUACAGCUUAAUUGCAUUUCUUUUUUCCAUGACUGUGGAUACAAACCUUUAGCUAGCAACUCAUGUAAUAAUGGGUGUUGCACUUUUUUUUUAACAAAAAAUAAAAUUUUAUUUCAACUAUUAUGCUAAUUCUAUAACAUUAUUUAGAAUGUUUUUCUUUUUUUAAUUAUCCUUUAAGUUUUGGGAUACAUGUGCAGAACGUGCAGGUUUGUUACAUAGGUAUACAUGUGCCAUGGUGGUUUGCCGCACCCAUCAAUCCGUCAUCUACAUUAGGUAUUUGUCCUAAUGCUAUCCUCUCCUAGCCCCCCAUCCCCCAGCAGGCCCUGGUGUCUGAUGUUCCCCUCUCUGUGUCCAUGUGUUCGUAUUUAACUCCCACUUAUGAGUGAGAACAUGCGGUGUUUAGUUUUCUUUUCCUAUGUUUUCUGAGAAUGAUGGUUUCCAGGCUUCAUCCUUGUCCCUGCAAAGGACAUGAACUCAUCCUUUUUUAUGGCUGCAUAGUAUUCCAUGGUGUAUAUGUGCCACAUUUUCUUUAUCCAGUCUGUCAUUGAUGGGGGGUGUUGUACUUUCAAUCCCUUUUUUCCUUGGUCUUAUUUUAGGUAUAGUUCUUAAGUGUUUAAGUUUGUUGAUAUAACCAAAUAUCCCCUCAAUUUAAAAAAUCUAUAAAAUGGUUUUAGUAUGACCUAAAAAACUACCAUACAAAUAGUAUAUAUAUAGGGCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-259.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -281.56

Frequency: 0.0000

Diversity: 269.18

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((.((.(((((((((.(((.....)))((((...(((..(((((((...(((.(((((.((((((((((....((((...))))...)))))))(((((((.((..(((((((((......(((((((((((((..........))))))....)))))))...((.(((.(.((((((((((((((((.........((((((......))))))....((((((((.......)))))))).......))))).)))))))).)))).))).))((((.((((....)))).))))..)))))))))....)).))))))).....(((((.((((((((....((((((...))))))...)))))))).)))))((......))..........(((((....))))).((((((((.....(((((((((((......))))))((((........(((((........)))))........)))).....)))))((((((..........)))))).................((((((.........))))))(((((.....))))).))))))))..(((.(((((....))))))))((((....)))).........))).))))))))((((((.......))))))((((........))))...))))))))))))))))))))))).)).)))...((((...(((((..(((.((((((.....((((........))))(((((((((.((.....((....))...))))))))))).(((.((((.((((....)))))))).)))((((.......)))))))))).))).........((((.(((((.(((........))))))))))))............(((.((.......)))))((((.((((......)))))))).........(((....(((((((((((.(..........(((((((....(((((......))))).....)))))))((((((........))))))).))).))))))))....)))((((.....))))))))).))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

,{((.((.(((((((((.({{.....)}}((((...{((..(((((((...({,.(({({.(((((((({(,,,.((((..,||}}...}}}}}||(((((((.((..(((((((((......(((((((((((((..........))))))....)))))))...(({(((.(.((((((((((((((((.........((((((......))))))....((((((((.......)))))))).......))))).)))))))).)))}.)})}))||{{.{{{,....}}}}.,,,,..)))))))))....)).)))))))},...(((((.((((((((....((((({...})))))...)))))))).)))))((......))..........(((((....))))).((((((((.,,((.{(({((((((......))))))}))))...,,,{{{,....,}}}||,||.....,,,,...........}}}}{{{{{{.,,,,,,...}}}))),,...............((((((.........))))))(((((.....))))).))))))))..,||,|||||,,,.))))),||((({....,.,},,},,,,,..}}.,}},,,,(((((((.......))))))).,,,}}},.}},,)),,,))}}))}}})))))))))))))).)).))},..((({...(((((..{({{((({((,....((((........))))(((((((((.((.....{{....}}...))))))))))).((({({({{(({,...,||,,}||},}}|(({{.,....}))))}})))}.}}},........{(((.(((({,{((......,.)}}))))))))),,,,........{|||||.......)))))|(((.((((......)))))))}........{(((....(((((((({({.,.,,.,.....{(((({{,{..(((((......)))))....,))))))}{(((((........)))))},.}}},})))))))....))))}}}.,},,},}}}}),}.))))..