Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_EP300_0005000
Sequence Length
1402 nt
GC Content
0.4886
AUGGGAAUGAUGAACAACCCCAAUCCUUAUGGUUCACCAUAUACUCAGAAUCCUGGACAGCAGAUUGGAGCCAGUGGCCUUGGUCUCCAGAUUCAGACAAAAACUGUACUAUCAAAUAACUUAUCUCCAUUUGCUAUGGACAAAAAGGCAGUUCCUGGUGGAGGAAUGCCCAACAUGGGUCAACAGCCAGCCCCGCAGGUCCAGCAGCCAGGCCUGGUGACUCCAGUUGCCCAAGGGAUGGGUUCUGGAGCACAUACAGCUGAUCCAGAGAAGCGCAAGCUCAUCCAGCAGCAGCUUGUUCUCCUUUUGCAUGCUCACAAGUGCCAGCGCCGGGAACAGGCCAAUGGGGAAGUGAGGCAGUGCAACCUUCCCCACUGUCGCACAAUGAAGAAUGUCCUAAACCACAUGACACACUGCCAGUCAGGCAAGUCUUGCCAAGUGGCACACUGUGCAUCUUCUCGACAAAUCAUUUCACACUGGAAGAAUUGUACAAGACAUGAUUGUCCUGUGUGUCUCCCCCUCAAAAAUGCUGGUGAUAAGAGAAAUCAACAGCCAAUUUUGACUGGAGCACCCGUUGGACUUGGAAAUCCUAGCUCUCUAGGGGUGGGUCAACAGUCUGCCCCCAACCUAAGCACUGUUAGUCAGAUUGAUCCCAGCUCCAUAGAAAGAGCCUAUGCAGCUCUUGGACUACCCUAUCAAGUAAAUCAGAUGCCGACACAACCCCAGGUGCAAGCAAAGAACCAGCAGAAUCAGCAGCCUGGGCAGUCUCCCCAAGGCAUGCGGCCCAUGAGCAACAUGAGUGCUAGUCCUAUGGGAGUAAAUGGAGGUGUAGGAGUUCAAACGCCGAGUCUUCUUUCUGACUCAAUGUUGCAUUCAGCCAUAAAUUCUCAAAACCCAAUGAUGAGUGAAAAUGCCAGUGUGCCCUCCCUGGGUCCUAUGCCAACAGCAGCUCAACCAUCCACUACUGGAAUUCGGAAACAGUGGCACGAAGAUAUUACUCAGGAUCUUCGAAAUCAUCUUGUUCACAAACUCGUCCAAGCCAUAUUUCCUACGCCGGAUCCUGCUGCUUUAAAAGACAGACGGAUGGAAAACCUAGUUGCAUAUGCUCGGAAAGUUGAAGGGGACAUGUAUGAAUCUGCAAACAAUCGAGCGGAAUACUACCACCUUCUAGCUGAGAAAAUCUAUAAGAUCCAGAAAGAACUAGAAGAAAAACGAAGGACCAGACUACAGAAGCAGAACAUGCUACCAAAUGCUGCAGGCAUGGUUCCAGUUUCCAUGAAUCCAGGGCCUAACAUGGGACAGCCGCAACCAGGAAUGACUUCUAAUGGCCCUCUACCUGACCCAAGUAUGAUCCGUGGCAGUGUGCCAAACCAGAUGAUGCCUCGAAUAACUCCACAAUCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-402.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -427.01
Frequency: 0.0000
Diversity: 363.93
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((.((((.............)))).)))).))).....)((((....((((........(((((((((.....)))).)))))(((....(((.....)))...)))............(((((.....))))).....(((((....(((((((..(...(((((...)))))...)..))..(((((((((.((........))))))(((.((((((..(((((.....))))).))))))))).....((((.....((..(((....)))..))...)))).((((((((((....(((..((........))..)))..))))))))))...)))))..(((.(((((((..........))))))).)))........((((........))))..((((((((((((((((..(((((.(((.((.(((((((((.((((.(((.(.((((.((.(((((...))))))).))))(((.((((....)))).)))(((.((((...((((((..((((.((((.......)))).))))...))))))..))))))).((((((.((.((....)).))...((((((((((((....(((((((........((((......)))).)))))))..)))).)))).))))((((((.......))))))((((((..(..(((.((...(((...((((.((....(((((((((......................))).))))))..((((.....)))).))))))...)))...)).)))..).))))))..(((((((..((((.(((((..(....)..)))))(((((........)))))..............))))..)))))))....))))))....).))).)))))))))))))))..(((((((.((((......((((((...((((((....((((.....(((((..(((((((((..........((((((..........)))))).........))))....))))).)))))....))))...(((((........)).)))..)))))).......)))))).....(((((......(((((((....((((...(((((..........)))))))))..)).)))))...)))))......)))).)))))))......................)).).)))))...(((((.(((((((((..((.....))..))))).))))..))))).........((((((......((.....((.......)).....))......))))))...))))))..............))))))))))....)))))....)))))........))))...))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((,,(,,,,,.,,..}}},....,|||{|,,,.)))),...,{{(,.,,{(((({{{{.{,,(((((((((.....}))).))))){{{..,{(({.....))).,,}}}............(((((.....)))))......((((,{{{(({{{,,}||},}|||{,...|||||,.....,}.}{|||,((((,({........))))))(((.((((((..(((((.....))))).))))))))).....||||.,,,,|{,.(((....))|..}}..,}}}}.(((((((({(,...{((..((......,.))..)))..)))))))))),..{|{||{{(,(.,((,,,|}..}}}}}}}))}))}}.}}}........,{{|........}},|{.(((((((((((((((((({...})))).{(.(((((((((.((((.(((,{.((((.((.(((({...})))))).))))(((.((((....)))).)))(((.((((...((((((.{((((.((((.......)))).)))).,.))))))..))))))).((((((.{{,((....|}.||.,,((((((((((((,,,.(((((((.........,.,.....})),).))))))),.)))},)))).)))}{(((((.......)))))}((((((..,..(((.((...(((...((((.{,....(((((((((..............,.......))},))))))..((((.....)))).))))))...)))...)).)))..).))))))..{||||||..{|||.{((((,,{..,.}..))}))(((((........)))))..,{,,||,,...,)}))..}}))})}....))))))..}}).))}.))))))))))))))}..((((({((((((({..{,((({{,...(({(((....((((.....(((((..(((((,((((({{......,{|,||}}}}}.....,,}|||........,,,}}.,..))))).)))))....)))).,,({{(({{{,...,)).)))..)))))).....{{||||}}....||({{{..,{{{(((((((....((((...(((((..........)))))))))..)).))))).||)}|}|...,{{{...})))}}},...,,,)))),.,........,|}.,,...}}...,.((((.....))))......}})))..))))))),}}}}},,,,...}....,|(((((.....,(({.{{.{(.......}}..,,.,)},,...)))))}....,}),}}}}.},.}))}...)))))))))).},..,|||{{..||,,,........,,}}..}))))
Back