Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_EP300_0005300

Sequence Length

2268 nt

GC Content

0.5128

AUGGGAAUGAUGAACAACCCCAAUCCUUAUGGUUCACCAUAUACUCAGAAUCCUGGACAGCAGAUUGGAGCCAGUGGCCUUGGUCUCCAGAUUCAGACAAAAACUGUACUAUCAAAUAACUUAUCUCCAUUUGCUAUGGACAAAAAGGCAGUUCCUGGUGGAGGAAUGCCCAACAUGGGUCAACAGCCAGCCCCGCAGGUCCAGCAGCCAGGCCUGGUGACUCCAGUUGCCCAAGGGAUGGGUUCUGGAGCACAUACAGCUGAUCCAGAGAAGCGCAAGCUCAUCCAGCAGCAGCUUGUUCUCCUUUUGCAUGCUCACAAGUGCCAGCGCCGGGAACAGGCCAAUGGGGAAGUGAGGCAGUGCAACCUUCCCCACUGUCGCACAAUGAAGAAUGUCCUAAACCACAUGACACACUGCCAGUCAGGCAAGUCUUGCCAAGUGGCACACUGUGCAUCUUCUCGACAAAUCAUUUCACACUGGAAGAAUUGUACAAGACAUGAUUGUCCUGUGUGUCUCCCCCUCAAAAAUGCUGGUGAUAAGAGAAAUCAACAGCCAAUUUUGACUGGAGCACCCGUUGGACUUGGAAAUCCUAGCUCUCUAGGGGUGGGUCAACAGUCUGCCCCCAACCUAAGCACUGUUAGUCAGAUUGAUCCCAGCUCCAUAGAAAGAGCCUAUGCAGCUCUUGGACUACCCUAUCAAGUAAAUCAGAUGCCGACACAACCCCAGGUGCAAGCAAAGAACCAGCAGAAUCAGCAGCCUGGGCAGUCUCCCCAAGGCAUGCGGCCCAUGAGCAACAUGAGUGCUAGUCCUAUGGGAGUAAAUGGAGGUGUAGGAGUUCAAACGCCGAGUCUUCUUUCUGACUCAAUGUUGCAUUCAGCCAUAAAUUCUCAAAACCCAAUGAUGAGUGAAAAUGCCAGUGUGCCCUCCCUGGGUCCUAUGCCAACAGCAGCUCAACCAUCCACUACUGGAAUUCGGAAACAGUGGCACGAAGAUAUUACUCAGGAUCUUCGAAAUCAUCUUGUUCACAAACUCGUCCAAGCCAUAUUUCCUACGCCGGAUCCUGCUGCUUUAAAAGACAGACGGAUGGAAAACCUAGUUGCAUAUGCUCGGAAAGUUGAAGGGGACAUGUAUGAAUCUGCAAACAAUCGAGCGGAAUACUACCACCUUCUAGCUGAGAAAAUCUAUAAGAUCCAGAAAGAACUAGAAGAAAAACGAAGGACCAGACUACAGAAGCAGAACAUGCUACCAAAUGCUGCAGGCAUGGUUCCAGUUUCCAUGAAUCCAGGGCCUAACAUGGGACAGCCGCAACCAGGAAUGACUUCUAAUGGCCCUCUACCUGACCCAAGUAUGAUCCGUGGCAGUGUGCCAAACCAGAUGAUGCCUCGAAUAACUCCACAAUCUGGUUUGAAUCAAUUUGGCCAGAUGAGCAUGGCCCAGCCCCCUAUUGUACCCCGGCAAACCCCUCCUCUUCAGCACCAUGGACAGUUGGCUCAACCUGGAGCUCUCAACCCGCCUAUGGGCUAUGGGCCUCGUAUGCAACAGCCUUCCAACCAGGGCCAGUUCCUUCCUCAGACUCAGUUCCCAUCACAGGGAAUGAAUGUAACAAAUAUCCCUUUGGCUCCGUCCAGCGGUCAAGCUCCAGUGUCUCAAGCACAAAUGUCUAGUUCUUCCUGCCCGGUGAACUCUCCUAUAAUGCCUCCAGGGUCUCAGGGGAGCCACAUUCACUGUCCCCAGCUUCCUCAACCAGCUCUUCAUCAGAAUUCACCCUCGCCUGUACCUAGUCGUACCCCCACCCCUCACCAUACUCCCCCAAGCAUAGGGGCUCAGCAGCCACCAGCAACAACAAUUCCAGCCCCUGUUCCUACACCUCCUGCCAUGCCACCUGGGCCACAGUCCCAGGCUCUACAUCCCCCUCCAAGGCAGACACCUACACCACCAACAACACAACUUCCCCAACAAGUGCAGCCUUCACUUCCUGCUGCACCUUCUGCUGACCAGCCCCAGCAGCAGCCUCGCUCACAGCAGAGCACAGCAGCGUCUGUUCCUACCCCAACAGCACCGCUGCUUCCUCCGCAGCCUGCAACUCCACUUUCCCAGCCAGCUGUAAGCAUUGAAGGACAGGUAUCAAAUCCUCCAUCUACUAGUAGCACAGAAGUGAAUUCUCAGGCCAUUGCUGAGAAGCAGCCUUCCCAGGAAGUGAAGAUGGAGGCCAAAAUGGAAGUGGAUCAACCAGAACCAGCAGAUACUCAGCCGGAGGAUAUUUCAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-661.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -701.40

Frequency: 0.0000

Diversity: 471.93

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((.((((.............)))).)))).))))...(((.((((((((((((((....(((((((((.....)))).)))))(((....(((.....)))...)))............(((((.....)))))......((((.(((((.....)))))))))......((((.........))))..((((.((........))))))(((.((((((..(((((.....))))).))))))))).....)))).))))).))(((....)))......(((((.((((((((((....(((..((........))..)))..)))))))))).....((((((((((((.((((.((..........)).))))........((((........))))((((((((((((.(..(((((...))))).).)))))...((((((((((((.(...............).))))))..)))))).((((....))))..)))))))..((..((((((..((((.((((.......)))).))))...))))))..)).((((..(((((....((((..(((((....)))))(((((.......(((((((.............(((.....))).....(((.((((.(((((.......))))).))))...))).(((........)))....(((.((((((.....((((((((((.(((.................((((((((((.......))).)))).)))..((((((((((.......)))).....)))))).......((((((((((((.....((((..(((((........)))))..)))).((((((..(((................))).))))))....((.((..(.((((.....)))).)..)).))..((((((....((.((((....))))....(((((..(((((((((..........((((((..........)))))).........))))....))))).)))))......)).....)))))).......((((..((.(((((......(((((.((((((.((..(((((.(((((....((((((..(((...(((..((((.(((((.((.....((((((((((.((...(((...))))))))......)))))))..((((...((((((..((.(((.((((.....))))........))).))...))))))..))))..((((....(((((.......((((.(((......((((((((........(((((((((....(((((..((((...(((.(((((.((((((((((((((..((.............))..)))))))))).........(((((........)))))..(((..............)))................))))..((((((.((((((..((((((((((......((((...(((((...(((((............(((((......)))))...............((...((((((......))))))....))...............))))).)))))))))...)))))))).))....))).))).)))))).......))))))))..............)))).....)))))..))))).))))))))).)))......)))))))......))))))))).)).)))).).))))..)))...))))))))).....)))))...)).)))..))..))))))((((((....)))).)).))))).....))))).)).)))))))))))))))))))..)).)))))))).....)))...))))))..............))))))).......)))))...........)))))))))..)))).))).))))))))))))))..((.((((((........)))))).))....((((......))))..(((((((.(((((........)))))...)))))))(((((((..((((.((.((.(((((((.......(((((.......((.(((..((........))))).)).........(((....)))..(((((((.......)))))))))))).......))))))).)).)).)))).....(((...(((.....)))...)))((.((...)).)))))))))...))).)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((.((({.............}))).)))).))))...(((.(({,,(((((((((.,..(((((((((.....)))).))))){{{..,{(((.....))).,,}}}............(((((.....)))))......((({,(((((.....))))))))).....,(((,{........),)),.((((,({........))))))(((.((((((..(((((.....))))).))))))))).....)))).))))).|}(((....)))......(((((,(((((((({(,...(((..((......,.))..)))..)))))))))).....{(((((((((((.((((.{{..........)).))))........((((........))))((((((((((((.{..(((({...})))).}.)))))...((((((((((((.{...............,.))))))..)))))).((((....))))..))))))),{(,..((((((.{((((.((((.......)))).)))).,.))))))..)),((((..(((((....((((..(((((....)))))((((({,.....(((((((......{{,,...,,,,}}}.|,}..,|,{{{.((((.(((((.......))))).))))..,|||.{{,....,,..}}.....(((.((((((.....((((((((((.(({.........,.......{|{(((((((.......}}},}))).))),|({(((({{{..|.,,.}}))),.,,|}}}))),.,....((((((((((((.....,{{{..(((((........)))))..}|||{({({{{,.{{{...,,,,,,.......,))}}))))}....|{,((..(.((((.....)))).}..)).,,..{(((((....{{.(((,....|||}....(((((..(((((,((((({{......,{|,||}}}}}.....,,,|||........,,,)}....))))).)))))....,,)),,.,.))))}}......|{(((..((.(((((......(((((.((((((.((..(((((.(((((....((((((.,(((,..,{,..{{{|,|||,|.,......((((((((({.{,..,(((...))))}}}}..,,..)))))))......,.,((,,.,{,{{...{.((((.....}}}}.......,.||{{|{{,,|{|,,.,||||,.{(({....(((((.......((((.(((.,....((((((((........(((((((((....(((((.,(({(..,(((.(((((.((((((((((((((..((.............))..)))))))))).........(((((........)))))..(((..............)))................))))..{(((((.{(((((..((((((((((......((((..,(((((,,.((({{..,,.,{.,,{.(((({......)))))..|},.........,,,{{,{(((((......))))))}}.,}}.........,,,..})))}),))}}}))))...)))))))).))....))).))}.)))))},......)))))))).,,,,.........}}}},,...)))))..))))).))))))))).)))....,.)))}}),......)))))}}}}..)}))),.)})}}),,))),..}}))))))).....)))))}}.,,.)))..}),.))))))((((((....)))).)).))))).....))))).)).))))))))))))))))}))..))},))))))).....)))...))))))..............)))))))....,}.)))))...........)))))))))..)))).))),})))))))))))))..{{.((((((........)))))).))....((((......))))..(((((((,(((((........))))).,.)))))))((((((({.((((,({.{(.(((((((,..,...((({{..,....{,.(({.,{{........|||||,||{.,...,..{{{....}}}..(((((((.......)))))))}}}}},|,,...))))))).)),)),)))}.....{||...(((.....}}}...))}||.|....}..)))))))))...})).)))