Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_EP300_0008800
Sequence Length
2446 nt
GC Content
0.4918
CAAUUUUGACUGGAGCACCCGUUGGACUUGGAAAUCCUAGCUCUCUAGGGGUGGGUCAACAGUCUGCCCCCAACCUAAGCACUGUUAGUCAGAUUGAUCCCAGCUCCAUAGAAAGAGCCUAUGCAGCUCUUGGACUACCCUAUCAAGUAAAUCAGAUGCCGACACAACCCCAGGUGCAAGCAAAGAACCAGCAGAAUCAGCAGCCUGGGCAGUCUCCCCAAGGCAUGCGGCCCAUGAGCAACAUGAGUGCUAGUCCUAUGGGAGUAAAUGGAGGUGUAGGAGUUCAAACGCCGAGUCUUCUUUCUGACUCAAUGUUGCAUUCAGCCAUAAAUUCUCAAAACCCAAUGAUGAGUGAAAAUGCCAGUGUGCCCUCCCUGGGUCCUAUGCCAACAGCAGCUCAACCAUCCACUACUGGAAUUCGGAAACAGUGGCACGAAGAUAUUACUCAGGAUCUUCGAAAUCAUCUUGUUCACAAACUCGUCCAAGCCAUAUUUCCUACGCCGGAUCCUGCUGCUUUAAAAGACAGACGGAUGGAAAACCUAGUUGCAUAUGCUCGGAAAGUUGAAGGGGACAUGUAUGAAUCUGCAAACAAUCGAGCGGAAUACUACCACCUUCUAGCUGAGAAAAUCUAUAAGAUCCAGAAAGAACUAGAAGAAAAACGAAGGACCAGACUACAGAAGCAGAACAUGCUACCAAAUGCUGCAGGCAUGGUUCCAGUUUCCAUGAAUCCAGGGCCUAACAUGGGACAGCCGCAACCAGGAAUGACUUCUAAUGGCCCUCUACCUGACCCAAGUAUGAUCCGUGGCAGUGUGCCAAACCAGAUGAUGCCUCGAAUAACUCCACAAUCUGGUUUGAAUCAAUUUGGCCAGAUGAGCAUGGCCCAGCCCCCUAUUGUACCCCGGCAAACCCCUCCUCUUCAGCACCAUGGACAGUUGGCUCAACCUGGAGCUCUCAACCCGCCUAUGGGCUAUGGGCCUCGUAUGCAACAGCCUUCCAACCAGGGCCAGUUCCUUCCUCAGACUCAGUUCCCAUCACAGGGAAUGAAUGUAACAAAUAUCCCUUUGGCUCCGUCCAGCGGUCAAGCUCCAGUGUCUCAAGCACAAAUGUCUAGUUCUUCCUGCCCGGUGAACUCUCCUAUAAUGCCUCCAGGGUCUCAGGGGAGCCACAUUCACUGUCCCCAGCUUCCUCAACCAGCUCUUCAUCAGAAUUCACCCUCGCCUGUACCUAGUCGUACCCCCACCCCUCACCAUACUCCCCCAAGCAUAGGGGCUCAGCAGCCACCAGCAACAACAAUUCCAGCCCCUGUUCCUACACCUCCUGCCAUGCCACCUGGGCCACAGUCCCAGGCUCUACAUCCCCCUCCAAGGCAGACACCUACACCACCAACAACACAACUUCCCCAACAAGUGCAGCCUUCACUUCCUGCUGCACCUUCUGCUGACCAGCCCCAGCAGCAGCCUCGCUCACAGCAGAGCACAGCAGCGUCUGUUCCUACCCCAACAGCACCGCUGCUUCCUCCGCAGCCUGCAACUCCACUUUCCCAGCCAGCUGUAAGCAUUGAAGGACAGGUAUCAAAUCCUCCAUCUACUAGUAGCACAGAAGUGAAUUCUCAGGCCAUUGCUGAGAAGCAGCCUUCCCAGGAAGUGAAGAUGGAGGCCAAAAUGGAAGUGGAUCAACCAGAACCAGCAGAUACUCAGCCGGAGGAUAUUUCAGAGUCUAAAGUGGAAGACUGUAAAAUGGAAUCUACCGAAACAGAAGAGAGAAGCACUGAGUUAAAAACUGAAAUAAAAGAGGAGGAAGACCAGCCAAGUACUUCAGCUACCCAGUCAUCUCCGGCUCCAGGACAGUCAAAGAAAAAGAUUUUCAAACCAGAAGAACUACGACAGGCACUGAUGCCAACUUUGGAGGCACUUUACCGUCAGGAUCCAGAAUCCCUUCCCUUUCGUCAACCUGUGGACCCUCAGCUUUUAGGAAUCCCUGAUUACUUUGAUAUUGUGAAGAGCCCCAUGGAUCUUUCUACCAUUAAGAGGAAGUUAGACACUGGACAGUAUCAGGAGCCCUGGCAGUAUGUCGAUGAUAUUUGGCUUAUGUUCAAUAAUGCCUGGUUAUAUAACCGGAAAACAUCACGGGUAUACAAAUACUGCUCCAAGCUCUCUGAGGUCUUUGAACAAGAAAUUGACCCAGUGAUGCAAAGCCUUGGAUACUGUUGUGGCAGAAAGUUGGAGUUCUCUCCACAGACACUGUGUUGCUACGGCAAACAGUUGUGCACAAUACCUCGUGAUGCCACUUAUUACAGUUACCAGAACAGGUAUCAUUUCUGUGAGAAGUGUUUCAAUGAGAUCCAAGGGGAGAGCGUUUCUUUGGGGGAUGACCCUUCCCAGCCUCAAACUACAAUAAAUAAAGAACAAUUUUCCAAGAGAAAAAAUGACACACUGGAUCCUGAACU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-668.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -714.02
Frequency: 0.0000
Diversity: 800.31
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........((((((((..(((((((((..((....))..((((((((((((((((....(((((((........((((......)))).)))))))..)))).)))).))))..))))((((...((((((((((((..(..(((.((...(((...((((.((....(((((((((......................))).))))))..((((.....)))).))))))...)))...)).)))..).))))))...))))))..)))).((((((((((....((((..(((((........)))))..)))).((((((..(((................))).))))))....(((((.(((..((....(((......(((.....)))......)))((((....))))....))..))).)))))(((((((..........))))))).......((((..(........)..))))......))))))))))..((((..((((((...))).)))..))))((((...((.((((((((((...((...(((((((((((..........(((((..........)))))(((((.((((((((((((((.((...(((...))))))))......))))))).........(((.((.(((...(((((.(((((((((..((.....))..))))).))))..))))).........((((((......((.....((.......)).....))......))))))............))).)).))))))).)))))..((((((((((..((.............))..)))))))))).........(((((........)))))..(((..............))).......))))))))))).((((((...(..(((((......)))))..)..(((......))))))))).)).))))))))))))..)))).....(((((((............((...((((((......))))))....)).............))))))).)))))))))....)))))))).....((((.((((((((.........(((((.((.(....(((((...((((.(((((.((((..(((((.............)))))(((((((((.....(((((((((..................((((......))))............................(((((((((..((........))............))))))))).......(((((.((..(((..(((((((....).)))))).(((((.(((.(((((((((......))).............(((..............)))....((((((((((((((((...((((((((...(((....((....))...)))..))))))))....)))))(((((((........))))).)).((((((((.((.((((((((......((((((....((..((((((......((.(((..((........))))).))))).))).))...))))))......)))))...))).))))))))))......))))))))))).)))))).......))).))))).............)))........)).))))).....(((((((....((.(((.((((((....((((.....(((..........((((.(.((((.((......(((((.((...(.(..((....))..))...)).)))))..)).))))).))))))).))))..))))))........((.(((((......))))).))......((((....))))...(((((((((......(((.((((.....(((..........))).....))))))).......)))))))))..)))))....)))))))....)))))))))...((((.........))))...))))))))))))).)))))..)))).)))))))).))))).........))))))))))))..(((((.......((((((....))))))....((((((((((((....((((((.(((((((((.(((.((((...............))))))).))......).))))))...(((((((((((..((((((((....))))).....)))...)))))))))))..))).))).....))))).))))))).(((((.((((((.((((......))))......)))))).))))).........((((((.((((((.((((((((...))))))).).)))))).............................(((((.....)))))..........)))))).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
......{{((((((((..,,((((((({{((,...((({(....||}||((((((,.....(((((({......,,,,...,,|}},}.}}},}}},,||,{{|{,{{|||..,,,,,}}}}}.}))),|||||{{{.....{{{.||...{{({,.((((,(.....(((((((((,.{{,.........,.......|||{||||||..,,,,.}},.}))).)))}}|,{{|||,,.,}.}},,,)})}}}}},,,}))|||....((((((((((({.....,|||..(((((........)))))..||||{(((({{..,{,...,,,,,,........)}}})}})}....{(|((.,(.((((.....)))).}..}},,...{{{{{{....{{.(((,....|}}}....(((({..{((((,(((((({.......||,|)))))}.......,|||........,,,)}.,,,))))).}))))....,,)),,.,.}|||||.....,},|||..({,{((((......(((((.((((((.((..{((((,(((((....(((({,.{((({..,,,..,,,|}||}{{,{,.....((((((((({.{,..,(((...))))}}}}..,,..))))))).........(({,,,,,{{...{,((({,..,,||||..,....,.||{{|||}}|||}}.,||||}.,{{,....{((((,.....,((({,({(,.....{{||{{{{..,.....{||||||{{....({{({.|||,{,.,{{{,({{||,||{{((((((((((..((.............))..)))))))))).........(((((........)))))..(((..............)))...............,))}||,((({{{.{(((((,.{{{(((((({....,,((((..,(((((,,.{{{|,..||,||||||.(((({......}))))..|,,.........,|,{{,{(((((......)))))))}.,)},.,......,,,..})))})})))))))))...}))))))),}}....}}}.}}|.|))))},,.,...|||}}}||.,....,{,,,...||||,{...))))}..))))),)}}}}}}}}.))),,,.,,|||||||,.....}}}|||||}.,}}}}},.},}},)||))},..}}}})}}}}.....))))),,....}}}..,}..})))}|((((((....}}}}.}}.))}}}.....}}}}),)),))))})))))))))))}||..}},,}||||||.....)}),,}))}}}}.......,,,,,,.||}}}}}.......}}}}}..........,{{||,,.....|||{{{{,,,{,{{{{,,|||||,,{(.((((((........)))))).}),...((({..,,,.))))..{|||||({(((((........))))).},}||||||(((((,(({(((((,...,.(((((({...{{..(((({..,...,(,.(({..{{........)))}}|}}|,}.,}}.}|.,.}}})))..,{{{|||}}...,})}))))))))))......,))))))),)).))})))|.....{||,.,|((..,..}}},..))}||.|....,,.))})))))}{{{{{{{|||{{{.....,,.}}}||,|....|{{..,,,.}}}...,,,..,.{{{{.{.{{{{.{{......|||||,||...,.||.||,,}.},..)).,,},.}})}),},},))))).}}}},|}|}}|||,,}}}||...,....,{.(((((......))))).))..,,,.({{,....})))....,,}}})}}......,,{(((((((((((............,..,,,...,{{||}.....,,,,,,(({((,...}}}}}...{{{({,((((((|..,..{{((.((((((({.,{.,{,,...||}}||||||||,,||,||{{,|}|{||(,,,))})||,,.,|}||.,.},,,})))))}|.,,}},..,,,,}.((((((....))))))....((((((((((((.....,{(((,({(((((({.(((.((((,,{.........,..))))))).)}.,,..,)}})))))...{(({{{{{{{|..,({(((((....)))))...,,|||{{.||||}}}}))),,))))})).....))))).))))))).(((({.((((((.((((......))))......)))))).})))).......)))))))).)))),({(.(({,,,..((((,....)})},,,,}}}}}}....}}}}}}}..}}}}},.,,.,{|||,,,}})}},..........))))))))))).,.
Back