Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_EP300_0013900

Sequence Length

1370 nt

GC Content

0.5095

GUUUGAAUCAAUUUGGCCAGAUGAGCAUGGCCCAGCCCCCUAUUGUACCCCGGCAAACCCCUCCUCUUCAGCACCAUGGACAGUUGGCUCAACCUGGAGCUCUCAACCCGCCUAUGGGCUAUGGGCCUCGUAUGCAACAGCCUUCCAACCAGGGCCAGUUCCUUCCUCAGACUCAGUUCCCAUCACAGGGAAUGAAUGUAACAAAUAUCCCUUUGGCUCCGUCCAGCGGUCAAGCUCCAGUGUCUCAAGCACAAAUGUCUAGUUCUUCCUGCCCGGUGAACUCUCCUAUAAUGCCUCCAGGGUCUCAGGGGAGCCACAUUCACUGUCCCCAGCUUCCUCAACCAGCUCUUCAUCAGAAUUCACCCUCGCCUGUACCUAGUCGUACCCCCACCCCUCACCAUACUCCCCCAAGCAUAGGGGCUCAGCAGCCACCAGCAACAACAAUUCCAGCCCCUGUUCCUACACCUCCUGCCAUGCCACCUGGGCCACAGUCCCAGGCUCUACAUCCCCCUCCAAGGCAGACACCUACACCACCAACAACACAACUUCCCCAACAAGUGCAGCCUUCACUUCCUGCUGCACCUUCUGCUGACCAGCCCCAGCAGCAGCCUCGCUCACAGCAGAGCACAGCAGCGUCUGUUCCUACCCCAACAGCACCGCUGCUUCCUCCGCAGCCUGCAACUCCACUUUCCCAGCCAGCUGUAAGCAUUGAAGGACAGGUAUCAAAUCCUCCAUCUACUAGUAGCACAGAAGUGAAUUCUCAGGCCAUUGCUGAGAAGCAGCCUUCCCAGGAAGUGAAGAUGGAGGCCAAAAUGGAAGUGGAUCAACCAGAACCAGCAGAUACUCAGCCGGAGGAUAUUUCAGAGUCUAAAGUGGAAGACUGUAAAAUGGAAUCUACCGAAACAGAAGAGAGAAGCACUGAGUUAAAAACUGAAAUAAAAGAGGAGGAAGACCAGCCAAGUACUUCAGCUACCCAGUCAUCUCCGGCUCCAGGACAGUCAAAGAAAAAGAUUUUCAAACCAGAAGAACUACGACAGGCACUGAUGCCAACUUUGGAGGCACUUUACCGUCAGGAUCCAGAAUCCCUUCCCUUUCGUCAACCUGUGGACCCUCAGCUUUUAGGAAUCCCUGAUUACUUUGAUAUUGUGAAGAGCCCCAUGGAUCUUUCUACCAUUAAGAGGAAGUUAGACACUGGACAGUAUCAGGAGCCCUGGCAGUAUGUCGAUGAUAUUUGGCUUAUGUUCAAUAAUGCCUGGUUAUAUAACCGGAAAACAUCACGGGUAUACAAAUACUGCUCCAAGCUCUCUGAGGUCUUUGAACAAGAAAUUGACCCAGUGAUGCAAAGCCUUGGAUACUGUUGUGGCAGAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-360.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -384.18

Frequency: 0.0000

Diversity: 399.90

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((..((((..(((..((((.((((.(((..(((........(((((((.((....))(((((((((((......))..(((((((((((...((...(((((.....((.((((((((...)))).)))).))....(((((......)))))......(((((.(((((((.((((((......)))))).........((((((((.(((((((((((...)))).........(((((((...((..........(((((..((.....)).))))).(((......(((((((((((..((((.(((.........(((.....((((.........))))......)))........))).)))).)))).((.((((............................(((((((((..((........))............)))))))))...........(((((.((...(((((((....).))))))...............)).)))))....................................)))).))((((((((((((((((...((((((((...(((....((....))...)))..))))))))....)))))(((((((........))))).)).((((((((.((.((((((((......((((((....((..((((((......((.(((..((........))))).))))).))).))...))))))......)))))...))).))))))))))......))))))))))).)))))))......)))..(((.((.....)).)))))))))))).)))))))))))))))..))))))...).))))).((((....(((......)))..))))..)))))...)).)))))))...))))......)))))))))..(((.((((((((((.((.(((((((((....(((((((((....((((((((((....((.(((((......))))).))......((((....)))).......((((.......(((.((((.....(((..........))).....)))))))..)))).....(((((....)))))...)))))))..)))...)))))(((.(..(((..((.((.......)).))..)))..)))).........))))..))))..))).)).)).).)))))))))...))).........((((((....))))))..........)))))))......)))..))).)))))))).((((...............)))))))))))...))))(((...(((....))).....)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((,.((((..,{(,.((((.((((.(((..{((,.......(((({((.({,...,.{((((({({{{......|||,({{((((((({...((,,,(({{{.....((.{{((((({..,||}}.}}}}.}}.,,.(((({......))))).,||,.{{{{{.,{{((((.((((((......)))))).........{{{{{{{{{{{{((({|{||..,})))...,}}},,|((({,,..,||,|...||||,{((((..{(,,...||.|}}}|,(((,.....(((((((({((..,{((|(({.........{{{,,,,,((((,,,,,....}|||,,,,,.||},.......}}},||||{||,|.{,.{{,...........................{.(((((((((..{,........}}............)))))))))...........(((({.((...(((((({....).)))))).....,.,...,,,,||.||}}}....,,..................,,..........))}..,.((((((((((((((((..,({((((((...,{{..,}||,,.,),...|||,.}}}}}))),...))))}({(((((........))))).}}.(((((((,{((.((((((((......((((((....((..(((((,,{...,(,,(((..{{.......})))})}}))}).))).))...))))))......)))))...))).))))))))))......))))))))))).))))))}......))).}|{{.{{.....)}.)}}}}}}}},},.}))})))))}}}}}}..))))}}...}.))}))||||{....{((......}}}..,,,}..)}}}}...}|,}}}||},...,}}},.....,})}})}}|..,,|.{{{{{{{{{{.||.|{{{{{|||,,..}},,{{{{{|,,,||,||{...{....,{.(((((......))))).)),.,,,,(({{....|)}}..,..{{{.(({.{{{{{(,({((((.{,,,{{{..........,,}.....,}}}))),.,,,.,|...(((((....)))))...,,.}))}..,)))))),))}}}|.||.{{{..{{.{{.....,,)),)),.))),.)}}))}.}).},,)))))))})),,)}}.)}.}}.),))))))))),,,,},.......,,((((((....)))))).........,)))}}))......))),,))).)))))))).((((.,{.........,..))))))})))).},))))(((...{{(,,,.}}},,,,.)))