Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_EP300_0016400

Sequence Length

448 nt

GC Content

0.4464

UUUUCAAACCAGAAGAACUACGACAGGCACUGAUGCCAACUUUGGAGGCACUUUACCGUCAGGAUCCAGAAUCCCUUCCCUUUCGUCAACCUGUGGACCCUCAGCUUUUAGGAAUCCCUGAUUACUUUGAUAUUGUGAAGAGCCCCAUGGAUCUUUCUACCAUUAAGAGGAAGUUAGACACUGGACAGUAUCAGGAGCCCUGGCAGUAUGUCGAUGAUAUUUGGCUUAUGUUCAAUAAUGCCUGGUUAUAUAACCGGAAAACAUCACGGGUAUACAAAUACUGCUCCAAGCUCUCUGAGGUCUUUGAACAAGAAAUUGACCCAGUGAUGCAAAGCCUUGGAUACUGUUGUGGCAGAAAGUUGGAGUUCUCUCCACAGACACUGUGUUGCUACGGCAAACAGUUGUGCACAAUACCUCGUGAUGCCACUUAUUACAGUUACCAGAACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-107.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -118.25

Frequency: 0.0000

Diversity: 116.77

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((......))))).((......((((....))))..((.(((.(((.((((((.((((((.((((.(.....................).)))).)))......(((((....))))).......)))...)))))).)))))).)).(((..((.((.......)).))..)))...((((((((((..(..(((((((..(((.(((((......))))).)))..))).......((((((....))))))..........))))...)..)))))).)))).((((.(((.((((...............))))))).)).))......((((..(((((.((((((......(((((....)))))...(((((((.((((....)))))))).))).(((........))).)))))).....)))))..))))...))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((......)))))}((......((({....})))..{,.(((.(((.((((((.((((((.({{{.,,.............,......,.}))).},..,{...(((((....)))))......})))...)))))).)))))).|}.(((..((.((.......)).))..)))..,{(({((((((,,{..{{|{|{({{{{{,((({{.,....}}|||,|||,....,,,,.}}|(((({....}))))}....,,|||,})}},,.}..}))))).)}}}.((((.(((.((((.,{.........,..))))))).)).))......||{{..{((((.((((((....,.(((((....))))),..({(((((.{(((....)))}))))}})).(((........))).)))))).....}))))..)))}...))