Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_EP300_0020500

Sequence Length

905 nt

GC Content

0.4343

GGUUGCCAUCUACCAGACUUGGCACCUUUCUAGAGAAUCGUGUGAAUGACUUUCUGAGGCGACAGAAUCACCCUGAGUCAGGAGAGGUCACUGUUAGAGUAGUUCAUGCUUCUGACAAAACCGUGGAAGUAAAACCAGGCAUGAAAGCAAGGUUUGUGGACAGUGGAGAGAUGGCAGAAUCCUUUCCAUACCGAACCAAAGCCCUCUUUGCCUUUGAAGAAAUUGAUGGUGUUGACCUGUGCUUCUUUGGCAUGCAUGUUCAAGAGUAUGGCUCUGACUGCCCUCCACCCAACCAGAGGAGAGUAUACAUAUCUUACCUCGAUAGUGUUCAUUUCUUCCGUCCUAAAUGCUUGAGGACUGCAGUCUAUCAUGAAAUCCUAAUUGGAUAUUUAGAAUAUGUCAAGAAAUUAGGUUACACAACAGGGCAUAUUUGGGCAUGUCCACCAAGUGAGGGAGAUGAUUAUAUCUUCCAUUGCCAUCCUCCUGACCAGAAGAUACCCAAGCCCAAGCGACUGCAGGAAUGGUACAAAAAAAUGCUUGACAAGGCUGUAUCAGAGCGUAUUGUCCAUGACUACAAGGAUAUUUUUAAACAAGCUACUGAAGAUAGAUUAACAAGUGCAAAGGAAUUGCCUUAUUUCGAGGGUGAUUUCUGGCCCAAUGUUCUGGAAGAAAGCAUUAAGGAACUGGAACAGGAGGAAGAAGAGAGAAAACGAGAGGAAAACACCAGCAAUGAAAGCACAGAUGUGACCAAGGGAGACAGCAAAAAUGCUAAAAAGAAGAAUAAUAAGAAAACCAGCAAAAAUAAGAGCAGCCUGAGUAGGGGCAACAAGAAGAAACCCGGGAUGCCCAAUGUAUCUAACGACCUCUCACAGAAACUAUAUGCCACCAUGGAGAAGCAUAAAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-230.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -248.86

Frequency: 0.0000

Diversity: 181.86

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(((((((...)))..)))))))(((.((((((.((((....)))).)))))).(((..(((.......))).)))..((((((((...((((((...(((..(((((((.((......)))))))))..(((((((..........(((((..((...((((((((((......)).)))))))).)))))))....((((..((((.((((.....((((.(((((((..(((.(..((((((((((.((((((((((..(((((.((((((((((..............(((((((..((((.((((.......))))))))...))))))).(((((.........))))).))))))...........(((((((.(((((.......)))))....))))))).........))))))))))))))))))).(((...))).((((((((....))))))))..)))).((((((((.((((.......(((..((...((....)).))..)))...........(((((......((((.(((((((....(((((.((....)).)))))...........))).))))..)))).....)))))((..((((((((((((......)))))))))))).))((((((((((...)))..)))))..))..))))..)))))))).....))))))....).)))..))))))).)))).......)))).))))...))))....((((....)))).........................((..........)).))))).))..(((((.(..(........)..).))))))))...))))))))))))))..........(((((............)))))..)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((,{(((({{{...}}}..)))))))(((,((((((.((((....)))).)))))}.(((..(((.......))).))).,((((((((...((((((...{{{..(((((((.((......)))))))))..{{(((((..,...{{..(((((.,((...((((((((((......)),}))))))).)))})))...}|,,{|{{|,({((((.....((((.(((((((..(((.(..(((((((({{.((((((((({,{((((,|((((((((((..,,..........(((((((,.((((.((((.......))))))))...))))))).(((((......,},))))}.)))))).....,{.,{.((((((,,{((((.......)))))....,}))))),,.,....,))))))))))))))))))).{{|...}}}.((((((({....})))))))..)))}.((((((((.((((..,.{{{(({..((...((....)).))..}))},.........(((((......((((.(((((((....(((((.((....)).)))))...........))).))))..)))).....)))))((..((((((((((((......)))))))))))).))((({{((({(...,,,.,}))))..))..))))..)))))))).....,))))}....}.)))..))))))).)))).....(((....)))..}}))))....((((....)))).........................{{..........}).))))).}}..(((((.(..(........)..).))))),}}...)))))))))))))).,.....,,.(((((..,......}..))))).})))