Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_EPHB4_0001500

Sequence Length

1062 nt

GC Content

0.6252

CCUGUGCCCAGGGCACCUUCAAGCCCCUGUCAGGAGAAGGGUCCUGCCAGCCAUGCCCAGCCAAUAGCCACUCUAACACCAUUGGAUCAGCCGUCUGCCAGUGCCGCGUCGGGUACUUCCGGGCACGCACAGACCCCCGGGGUGCACCCUGCACCACCCCUCCUUCGGCUCCGCGGAGCGUGGUUUCCCGCCUGAACGGCUCCUCCCUGCACCUGGAAUGGAGUGCCCCCCUGGAGUCUGGUGGCCGAGAGGACCUCACCUACGCCCUCCGCUGCCGGGAGUGCCGACCCGGAGGCUCCUGUGCGCCCUGCGGGGGAGACCUGACUUUUGACCCCGGCCCCCGGGACCUGGUGGAGCCCUGGGUGGUGGUUCGAGGGCUACGUCCUGACUUCACCUAUACCUUUGAGGUCACUGCAUUGAACGGGGUAUCCUCCUUAGCCACGGGGCCCGUCCCAUUUGAGCCUGUCAAUGUCACCACUGACCGAGAGGUACCUCCUGCAGUGUCUGACAUCCGGGUGACGCGGUCCUCACCCAGCAGCUUGAGCCUGGCCUGGGCUGUUCCCCGGGCACCCAGUGGGGCUGUGCUGGACUACGAGGUCAAAUACCAUGAGAAGGGCGCCGAGGGUCCCAGCAGCGUGCGGUUCCUGAAGACGUCAGAAAACCGGGCAGAGCUGCGGGGGCUGAAGCGGGGAGCCAGCUACCUGGUGCAGGUACGGGCGCGCUCUGAGGCCGGCUACGGGCCCUUCGGCCAGGAACAUCACAGCCAGACCCAACUGGAUGAGAGCGAGGGCUGGCGGGAGCAGCUGGCCCUGAUUGCGGGCACGGCAGUCGUGGGUGUGGUCCUGGUCCUGGUGGUCAUUGUGGUCGCAGUUCUCUGCCUCAGGAAGCAGAGCAAUGGGAGAGAAGCAGAAUAUUCGGACAAACACGGACAGUAUCUCAUCGGACAUGGUACUAAGGUCUACAUCGACCCCUUCACUUAUGAAGACCCUAAUGAGGCUGUGAGGGAAUUUGCAAAAGAGAUCGAUGUCUCCUACGUCAAGAUUGAAGAGGUGAUUGGUGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-437.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -451.37

Frequency: 0.0000

Diversity: 293.45

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.((.((.((((((.(((((...((.......)).)))))))))))...)))).)(...((((((.(((.((((..(.(((((((((((...(.(((((((.(((....((((....))))(((.(((.(((((.((.((((.((((((...(((((..((((..((....)).)))).))))).....(((.....)))(((...........)))..)).)))).)))).)).)))))))))))...((((((.((((((((.(..(((.((((.(.(((((((.(((((((((.(((((((.((((((((((..((........))..))))((((((((((((((..(((.((((((((((((((((.(((((.(((.(((((((((((..........))))))))...........)))))))))))...))))))((((((((((........(((((...((((((.(((((...(((......)))...)))))..)))))).))))))))).)))))))))))..((((...(((((.((.((((.(((((...))))))))))).)))))..))))((((....)))).............))))).))).))))))).(((((((.(((((.((((.....))))..))))).))...))))))))))))...)))))).(((((....)))))....))))))).)).))))).)).))))....((((....)))).......((.((.((((......)))).)).))...(((((((((.......))))))))).))).).)))))))..).)))))))).))))))))).))))))).)....)))))......((((((........)))))))))))))))))..(((((...((((........)))).((((((...........))))))..((((......))))(((((((......((.(((....).)))))))))))..)))))....(((((....))))).....(((....)))...))).))))))...)

Thermodynamic Ensemble Prediction

,.{{,((,((({((,(((((,..{{..{,..{||{||,,||))))).,.||||{|{{,.,{{{{,.(((((,....{((((..((((({{,.,.{{{|,{(((((,.,,{{|||}||{{||(((.(((.(((((.((.((((.(((({{...{((((..((((..((,...}}.)))).))))}.....(((.....))){{{.,,........))}..)).)))).)))}.)).)))))))))))..}|(((((.((((((((.,{,((({({(({({{{{{{{{.|||||((((,((({(((.{{{{|||{||,,|{,,,.....}}..}}}|((((((((((((((..(((.((((((((((((((((.(((((.(((.(((((((((((..........))))))))...........))}))))))))...))))))((((((((((........(((((...((((((.(((((.,.({(,,....)))..,)))))..)))))).))))))))).)))))))))))..((((...(((((.({{((((.(((((...))))))))))).)))))..)))){{((....|||}....,,,......})))).))).))))))).(((((((.(((((.((((.....))))..))))).))...)))))))))))),..)))))).((({{.,,{|||},.}}})))))))}}|{||||}.||{||||,...||||....)))).,.....{{.{{.((((......)))).)),)),},(((((((((.......))))))))),||||}.}})})))})),)))))))).)))))))))}}})))),,....})))|(.((...((((((........))))))...)).)}{{{{.((.{....((((........)))),,)),)))}...}).)})))),,,..((((......))))(((((((......{{.{((....}.))}})))))))..,,,},....{{|{|,...})))),|,|,,|....,}}},},))),,))))}}}},