Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_EPS15_0004400

Sequence Length

2676 nt

GC Content

0.3942

GAGAAUUGCUUGAACCCAAGAGGCGGAGGUUUCGGUGAGCUGAGGUUAUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCUACAGAGUGAGACUCUGUCUUUAAAAAAAAAAAAACAGCCUAACAAACAAAAUAAUAAUAAAAUAACGAUUAAAAACUAUAGUAUAGUAAAUAUGUAAACCAGUAACAUAGUUGUUUAUUAUUAUUAUCAAAUACGGGUUGAGCAUCCAAGGUCUGAAAAAUCUAAAAUUUGAAAAUCUAAACCUUUUUGAGCACUGAUAUGAUGCUCCAAGGAAAUGCUUAUUGGAGCAUUUUUGGUUUCAGGAUUUUUGGAUUUGGAGUACUCAACUUAUAAGCAUAUACAGUGCAAAUAUUCCAAAAUCUGCAAAAAUCUGAAAUCCAAAACACUCCUUCUCCCAAGCAUUUCAGAUAAGGGAUACUCAGCCUGCAUUGUGUACUCCACAUAAUCGUGUGUGCUAUACUUUGAUACGACUGGCAACACAGUAGGUUUGUUUACACCAACAUCACCACAAACACAUGAGUAAUGCAUUGGACUAUGGAUAUUAUGAUGGCUAUGAAGUCAUUAGGUGAUAGGAAUUUUUUAGCCCAAUUAUAAUCUUACUGGGCCACCAUCAUAUAUGUAGCCUGUUGUUGACCAAACAUUGUUAUGUGGCAUAUGUCAAGAUUUCUGGUAGAUAGCUGUUUUUCAGGGAAUUAUUUGUGAGCCUUAAAAUUGGUUUCCCUUAUUCCUUGUUAUUCAUCUGGUUAUGCUAAGAAAUGUUAUAUUUGUUUGGACGAUUCUUAAUAGACAGUUUCUGUCCCUUUUUUCUUUGCAUAUUUUCAACAAAUAUGAGCAUCUCCUAGUUUCCAGACCUUGUGCUAGGCCUUGAGGAUACAGCUGUGAACAAAACAAAGUUCCUGUCUUCAUAGAGUUUGUAUAAGAAAGAUAGGCAAUGAACAAAUAUAUGUCAAAUACUGAUGAGUACUGUGAUUAAAUCAGGGUAAGGGAUAAAAAGUGAUAUACCUAAAAUGUAGCUUUUUCAUGUACACCUUCACAAAAAACCGUAUCAGCAUAGCAUGAUCUCAAAUAUGUAAGAAAAAAAUACCAGGAAUAAAGGCUGUUAAAGAAGUAUGCUGAAAUAUUCAUAAGGGUUAUUUCUGAUAGUGAGAUUUAGGGAUGAUUUUUAAAUUAUACUUUUAUAUAUUUUUCCAAAGCAUUCAUUACCUUUAUUCUUUGGGGAAAGGCGGUACUAAUGAGGUCAUAAGUGCAGCUAAAGCCCAGUUCUGCUGGCUCAUAGCCCCUGUGUACACCAAGAGGAAGAAAGUCACCUGCAUGGUUUCUCUAAAAGUGUUUCUGGAACUCCCCCCAGCAGGUAUCUUACGCGUGAUCUGAACAAGUUGAACUCAUUGAGUCCUGCUUUCUGAACGGGCCUCUGCCUCAAAUCAACCAUGAUCAGUAUCUGAGAAAGUUAUUUGUCAUUCAUCUAAGAUUUGUCUUUCUGCAGUGUUUAGACUAGUGCUAAAUAGGUCAUUUAUGAGGAAAGUGUAGAAAAACUCUUUAGUAAGGUACUAUAUAUUCUUCAUAUAGAAGUGUCCUUUUUAAAAUUAAUUUUGUUCACAAUAUAUGCUUCACAAUAUUCCAGUCAAAUCUGACCUAACUGAGGCUAUUGCACACAUGUUGUGACUUGUAAAGGCUGUGGGACAGGACAGAGAAAAGGCAUGAAGCAAAUUUUCAGUCCCACAAGUGAAAUGAGCCCAACUCUUUUUCCCUUGUCAGCAGUCAGGGAGAGCAUCUUCACCCCACUCAGGCUGUGCCUUAGCUACCUCAGCAUCAGAAAUAACAGGAGCCGGGCACGUGGCCUAUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUUAGGCCGGCAGAUUGCUUGAGGUCAGAGGUUUGAGACCAGCCUGGCCAACAUAGUGAAACCCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAGAAAGAAUUAGCCAGGUGUGGUGGCACACACCUGUAUUCCCAGCUACGUGGGAGGCUGAGGCACGAGAAUCACUUGAAUCUGGGAGGCAGAGGUUGCAGUGAGCCGAGAUCGUGCCACUGCACUCCAGCCUGGGUGACACAGGCGAGACUCCAUCUCCAAAAAAAAAAAAAAAGAAACAAAAAAGAAAAAUAACAGGAAAAGGACAGAAAGAAGGGAAACCCUGAAACUACCUAUGAUGAGGCUGGGCCCUAGGCUGAGGAUUCAGCAGAUAUGUAUCAAUGAAAAGGCCAUCUUUUAUAGCUAGAAUUAUAGGAUUUCCUAUAACCCUGAACUUCCAACAUCCUCUUCAGGAUCAGAGUUGCUGGUAUAUCCCUAAAGGCCUGAUUUCUCUAUGCUUCCACCCACUCCUUUUUCCCACUUGGGCUACCCUUUGCCUACAGCUGUCUUGGUGACGAAAUGUUUGGUGACAAAGCAAACAAAAAUAGUGUAUCUUCUUUGCUCCUCUUUUUAUGUCCAAGAUAUACUCAUUUUUAGAGAUACGGGCACACUUUACACAUUCAAAUGGGCGGAUAGGCACACUUUUGUUCUAAGAAUAGUUUGAGGAUAACUUUUCUUUUUUUAUUUUAUUUUAUUUUUUUUGAGACGGAGUCUUGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAAUCUCAGCUUACUGCAGCCUCCACCUUCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-790.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -842.16

Frequency: 0.0000

Diversity: 574.15

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......(((((.(.((..((((((((.(((((((.(((((((((((...((....((((...((((((((..(((((((...)))))))................(((((((.((((((((.((((((((((...((((((((...(((....((((.......))))....)))....))))))))..))))))))))......(((((((((.((((...(((((((...((........)).........((((...((((((......).))))).))))..((((((...((((...((((((((((((.(((((((.((((((((((....(((((((....)))).))).....)))))))))...).))))))))))))).))))))..)))).......)))))))))))))...)))).))))))))).(((((((.....)))))))(((((((((.(((..........((((......)))).(((.((((......))))..)))((((((.((((((..((.(((......))).))....((((((((....))))))))...((((((((((((...(((((.............))))).((((((((((((((.((....((((.....)))).......)).))))))))...))....))))..(((((((((((((((((..........(((((........)))))........(((.((......(((((....((((.((.((((((((((((((.((((((..((........))..)).)))).....................))))))))))).))).)).))))..)))))......)).)))))))))))).)))))))).........))))))))))))))))).).))))))...(((((((((((((((((.((((((..(.(((.((((((((.(......(((((....((((((((((..((((((((.((((.......)))).)))))).....))..)))).........((((.((((.(.((((.((.(((((....((((((..........(((((((((((.((((..(((((((((.((((((((...((((((((((((((((.........))))))))))))))))....))).))))))))))))))....)))).......)))))))))))((((....(((.(((((.(((....))).))))).)))....))))..((((((((.....((..((.....((((..((((((........(((.....)))))))))....))))....))..))....))))))))..))))))(.((...((.....))....)).).))))))).)))).)))))))))))).))).....)))))....).)))))))).))).)....))))))))))).......).)))))))))))...(((..((((.((((..((((.(((.(((((((((((((.((((((....((.(((....))))).)))))).)))))))))....)))).))).))))..))))..))))..))).......((((((........(((......))).......))))))))).)))))))))))))...))))..)))))))(((...((((.(((((...((.....))...))))).)))).(((((.((((.(((.....)))..)))).)))))..........(((((...)))))..))).))))))))))))....)).)))))))).)))............(((((((....((((((...((((((....))))))....))))))((((...))))...((((..........)))).)))))))........)))))))))))))))..........................((((((((......))))))))...(((((......))))))).).)))))((((.....))))...((((((((..(((((((((((((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((..(((((((((((.((((.((((((((.((((.((((..(((((((((((......(((..((..(((......((((((.((((...(((.((((((.((((...((((....(((((....))))).(((....)))........)))).)))))))))).))).....)))).))))))......)))..)))))...((((((((((((((.(((((((((.((....(((((((((((((...(((((((((((.((((......(((.((((((((((((........))))).))......))).)).)))......))))...)))))....(((((((((((((((....((............))..)))))))))).)))))))))))..)))))...)))))...........)))...)).)))).))))).)))))..)))......))))))...)))))))))))..)))).)))).)))))))))))).))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))).))))).)))))))))))))))..))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{,,...,,(((,..,{..((((((((.(((((((.(((((((((((...((....((({..,((((((((..(((((((...)))))))................(((((((.((((,,,.{((((((((((,,{(((,,{,,...(((,,..{|||,,...,,|||}....,}}.,,,)))))))))))))))))),,......(((((((((.((((...(((((({...,,........},.........((((...((((((......).))))).)))).,((((((...((((...((((((((((({{((((((((((((((((((....(((((((....)))).))).....)))))))))})),.))))))))))))).))))))..)))).......)))))))))))))...)))).))))))))).|||{{{{....,||||||.(((((((((.{{{{,,{,.....((((......)))).(((.((({......})))..))).,...{,{{({{,{,{({{{{,{{.{.|||,||{{{{((((((((....}|||}|}},}}|||{{{,,,,,,...(((((..,,......,,.)))))..}}}}}}}|,||||,{||,|,{||,..,,,},)},}}}}}}}}|||||||||,,,{,,..{||{,..{,{((((({((((((((,,......,.(((((........))))).....,,.|||.{,......(((((....((((.((.((((((((((((((,((((((.....,,..(((((...)))))..........}}}......))))))))))))})}))).)).))))..))))).,,...}}.)))))))))))).)))))}||{{{{{{{{,|||,|||||||},}}},,),,}})))...(((((((((((.(((({{((((((..{.(((.((((((((.(......(((({....{{(((({{(({,{(((((((.((((.......)))).))))))}..,||,,.}}},.........((((.((((.{.((((.((.(((({...,((((({.......,,,{((((((((((,({{,..(((((((((.((((((((...((((((((((((((((.........))))))))))))))))....))).)))))))))))))}....})}}.......))))))))))}||((,...(((.(((((.(((....))).))))).)))....}}}|{,,{{{||({,,..,||,.{|,|,,.{{{(..{{((({,....,..{((,||.,||}}}}}}}....}}}}..,.))..,,....))))))))}.))))))}.{{,..{,.....,},.,.,,,}.))))))).)))).}))))))))})),})),,,..}))))....).)))))))).))).}....)))))))))))..,,...}.}})))))))))|||,{{,.,,,}}||||}}((((.(((.(((((((((((((.((((((....{(,(({....})))).)))))).))))))))}...,)))).))).))))..,.....})))}})))|||||}||||,||.,,,,..,||(,,,...}))}}.....}))))}))}.)))))))))))))}..))))..)))))))(((...((((.(((((...((.....))...))))).)))).,,,,({(((,.(((.....)))..||||{||||.,....,.}}}||}||}..,.)))})))).))))))))))))....)).)))))))).)),..........,.(((((((....((((((...((((({....})))))....)))))){(({...})))...((((..........)))).))))))),.....,.)))))))))))))))..................,..{{{{{((((((((......)))))))}...(((((......)))))))})})}}).||||.....)))}..,((((((((..(((((((((((((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((..(((((((((((.((({,((((((((.((((.((((..(((((((((((......(((..((..(((......((((({.((((.,.(((.((((((.((((.,.((((....(((((....))))).({{....}})........)))).)))))))))).)))..}|.}))).)))))).,....)))..)))))...(((((((({(((((.(((((((((....{{{(({({{{{(((((.{.((((({(((((.((((.,..,.,{({({{(((((((((........))))).}}..,...})).)}.))},.}..,))))...)))))...,(((((((((((((((....({............}}..)))))))))).))))))))))).,)))))...}}}},..,,,....,,))).))))))))).))))).)))))..))}......))))))...)))))))))))..)))).)))).)))))))))))).))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))).))))).)))))))))))))))..))))))))