Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ERBB2IP_0000300
Sequence Length
2369 nt
GC Content
0.3888
AUCCUCGUUGGGGCUGGGAAACUCCUGCAAAACUCGAGACCAGGAAGCCAGCCCGCACCCCAACCCCCACCAAAGCCACCUACUCUUCUUCUGUGGGAGGCCAGUCCACAUCCGCUCUCACCCGAGAGAGAUAUUCAGCUGGAUCCAAAGUGACUGAUGAAGGGAAGGAAAUCAUGUCAAGCGAAGCCUUGAAAAAGCUGCCCUGAGACGGUGUCCCGCCGAAAGAAUGUUGGCUCAAUUAAGAAACAUCAGGGAGAUAAAUUCAACCCAGUGUGUCUAAAAAUGACUACAAAACGAAGUUUGUUUGUGCGGUUGGUACCAUGUCGCUGUCUACGAGGGGAAGAGGAGACUGUCACUACUCUUGAUUAUUCUCAUUGCAGCUUAGAACAAGUUCCGAAAGAGAUUUUUACUUUUGAAAAAACCUUGGAGGAACUCUAUUUAGAUGCUAAUCAGAUUGAAGAGCUUCCAAAGCAACUUUUUAACUGUCAGUCUUUACACAAACUGAGUUUGCCAGACAAUGAUUUAACAACGUUACCAGCAUCCAUUGCAAACCUUAUUAAUCUCAGGGAACUGGAUGUCAGCAAGAAUGGAAUACAGGAGUUUCCAGAAAAUAUAAAAAAUUGUAAAGUUUUGACAAUUGUGGAGGCCAGUGUAAACCCUAUUUCCAAGCUCCCUGAUGGAUUUUCUCAGCUGUUAAACCUAACCCAGUUGUAUCUGAAUGAUGCUUUUCUUGAGUUCUUGCCAGCAAAUUUUGGCAGAUUAACUAAACUCCAAAUAUUAGAGCUUAGAGAAAACCAGUUAAAAAUGUUGCCUAAAACUAUGAAUAGACUGACCCAGCUGGAAAGACUGGAUUUGGGAAGUAACGAAUUCACGGAAGUGCCUGAAGUACUUGAGCAACUAAGUGGAUUGAAAGAGUUUUGGAUGGAUGCUAAUAGACUGACUUUUAUUCCAGGGUUUAUUGGUAGUUUGAAACAGCUCACAUAUUUGGAUGUUUCUAAAAAUAAUAUUGAAAUGGUUGAAGAAGGAAUUUCAACAUGUGAAAACCUUCAAGACCUCCUAUUAUCAAGCAAUUCACUUCAGCAGCUUCCUGAGACUAUUGGUUCGUUGAAGAAUAUAACAACGCUUAAAAUAGAUGAAAACCAGUUAAUGUAUCUGCCAGACUCUAUAGGAGGGUUAAUAUCAGUAGAAGAACUGGAUUGUAGUUUCAAUGAAGUUGAAGCUUUGCCUUCAUCUAUUGGGCAGCUUACUAACUUAAGAACUUUUGCUGCUGAUCAUAAUUACUUACAGCAGUUGCCCCCAGAGAUUGGAAGCUGGAAAAAUAUAACUGUGCUGUUUCUCCAUUCCAAUAAACUUGAGACACUUCCAGAGGAAAUGGGUGAUAUGCAAAAAUUAAAAGUCAUUAAUUUAAGUGAUAAUAGAUUAAAGAAUUUACCCUUUAGCUUUACAAAGCUACAGCAAUUGACAGCUAUGUGGCUCUCAGAUAAUCAGUCCAAACCCCUGAUACCUCUUCAAAAAGAAACUGAUUCAGAGACCCAGAAAAUGGUGCUUACCAACUACAUGUUCCCUCAACAGCCAAGGACUGAGGAUGUUAUGUUUAUAUCAGAUAAUGAAAGUUUUAACCCUUCAUUGUGGGAGGAACAGAGGAAACAGCGGGCUCAAGUUGCAUUUGAAUGUGAUGAAGACAAAGAUGAAAGGGAGGCACCUCCCAGGGAGGGAAAUUUAAAAAGAUAUCCAACACCAUACCCAGAUGAGCUUAAGAAUAUGGUCAAAACUGUUCAAACCAUUGUACAUAGAUUAAAAGAUGAAGAGACCAAUGAAGACUCAGGAAGAGAUUUGAAACCACAUGAAGAUCAACAAGAUAUAAAUAAAGAUGUGGGUGUGAAGACCUCAGAAAGUACUACUACAGUAAAAAGCAAAGUUGAUGAAAGAGAAAAAUAUAUGAUAGGAAACUCUGUACAGAAGAUCAGUGAACCUGAAGCUGAGAUUAGUCCUGGGAGUUUACCAGUGACUGCAAAUAUGAAAGCCUCUGAGAACUUGAAGCAUAUUGUUAACCAUGAUGAUGUUUUUGAGGAAUCUGAAGAACUUUCUUCUGAUGAAGAGAUGAAAAUGGCGGAGAUGCGACCACCAUUAAUUGAAACCUCUAUUAACCAGCCAAAAGUCGUAGCACUUAGUAAUAACAAAAAAGAUGAUACAAAGGAAACAGAUUCUUUAUCAGAUGAAGUUACACACAAUAGCAAUCAGAAUAACAGCAAUUGUUCUUCUCCAUCUCGGAUGUCUGAUUCAGUUUCUCUUAAUACUGAUAGUAGUCAAGACACCUCACUCUGCUCUCCAGUGAAACAAACUCAUAUUGAUAUUAAUUCCAAAAUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-556.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -607.07
Frequency: 0.0000
Diversity: 596.92
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((.((..(((((((.....(((((.............)))))..)))))))..)).....(((((((..(((............)))..))))).))(((((.........(((((....))))).........)))))......)).))(((((....((((..((((((.(((.((.(.(((.((....))))).).))..)))((((((..(((((.......))))).......(((.((((..((..((.....))..))..)))).))).....(((((((...(((((.....)))))((((.((....))..)))).......(((((((((((.((.((((.............((((((.(((((.((((....(((((((....((((.((((((..((((........(((((((..((((((((.(((....)))))))...)))))))))))...............((((((((.....(((((...)))))...(((..((......))..)))...((((((((((..(((((((.(((((((((((((.(((((.((.((.......((..((((...(((((((.((.......((((((....)))))).....)).)))))))...))))..)))))).))).)).))))))).....((((.((((((...(((........)))(((((.....)))))((((((((((((((((((((......))))))......................)))))))).)))))).(((((....(((((......))).)).....)))))...))))))))))...((((((((........))))))))...((((((.....)))))).............))))))))).))))..))))))))))...))))))))(((((.....((((((((((((..((((..((((.......((((.((((((.........)))))).))))((((...(((((..(((((.....))))).)))))..))))(((((((((.......(((.(((((.((((((((((((.((((((((((((((..........))))).....((((((((((..((((((..(.((.(((...((((((.....)))))).....))))).)..)))))).....(((((((((...))))))))).....)))))))))).((((((....................))))))(((((((.((.((((.(((...(((((((....(((((((..((((.(((((.........))))).))))))))))).((((((((....((((...))))..((((((........((((....((((((......))))))....)))).......))))))..((((((....)))))).......(((.((((....)))).)))(((.....)))....((((((...(((((.......(((.....))).(((..(((.....)))..)))...........(((((((((.(((..((((..(((((...((((..((......))..))))...)))))..))))..))))))).))))))))))...))).))))))))))).(((((...(((.......))).)))))...))).)))).((((...))))(((.((((....)))).))).....(((......))).)))))))))))))))).....(((.(((....))).)))..................)))))))..)).))))))).(((.(((....((((((.........................))))))......))).)))......((((.....))))........))))).)).))).)))......)))))))))....)))).))))..)))))))))))).....))))).(((((((((.......)))).)))))))))..)))))).))))..)))))))))))..(((((((....)))))))((((((.((....)).))))))((((.(((((((((((......(((((.((........)).)))))............................(((((..(.(((.(((.((.(......).)).))).))))..)).)))))))))))))).))))............))))).))))))))))...)).))))))))).))((((....)))).(((((..........)))))..))))))).))))))(((((.........))))).............)))).))..))))...)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((({((,((((((((.....(((((.............)))))..))))))),,,,.{{{{{{..,,,...(((({...({..{{{{({.((((((.(((.(((,..,,,,.(((((....))))),)....,{{{{|}}......,}}}}||||,..,{((.,{,...,.,..(((((....,,}))))....,)).}}}}}.})}))).)))))).)}}})},.}}))))}......,{{.((((..(({.((.....))..)),.)))){||,......)}},|{,{{{(({...})))))))).))))))..,...,,}|}}},}.,)})))((,{(((.(((.((.......(((((((({.(((,{((({(,{((,,,..,((((({...,({(.(((((,,...,|,}}}},.}||,,,||}}||,.,|||,|,|}}.,))})))},|{|||{|||},,}}},...}}},},{{(((((((.{,.....(((((((((,...{(((({.,,..........|||...((((((((((..(((((((.(((((((((((((.(((((.,{.,,.......((..((((...(((((((.({.......((((((....)))))).....)).)))))))...))))..)))}}}.)))},).))))))}.,..{((((.((((((...,,,........}},(((((.....)))))((((((((((((((((((({......})))))......................))))))))))))))}.(((((....{{(((......))).}}.....)))))...))))))))))}.}{(((((((........)))))))},,.{(((((.....))))))..,,......,,}))))))))).))))..))))))))))...,|||||||{{,,,{{{..((((((((((((..((((..((((.,,....{(((,(({{{{,,,......}})))).)}}}((((...(((((..(((((.....))))).)))))..))))(((((((((.......(((.(((((.((((((((((((.((((((((((((((..........))))},,...,{{{{{{{{{..((((((..(.((.(((...((((((.....)))))).....))))).)..))))))...,,(((((((((...)))))))))..,.,|||||||}}|((((((({{.,,....|.,,.......{((({((,..,,......,|,))))))}|||||{{.,..,||||||,,||{,.,,{{,......,,.|||||,|||||||}|||.((((((((....((((...)))}..((((((..,.....((((....((((((......))))))....)))).......))))))..((((({....}))))).,,....{({.{(({....)))).))}{{,.....}}}....((((((...(((({{{.....}},.,||..,}.|{|,.{||.....|||,.}},.,,.......{((((((((,,(((..((((..(((((...((((,,((.....,)),.})))...)))))..))))..))))))).)))))))))).,.))).))))))))))).{|||,},,||,},.,.,,))).,,,,,...{(({|....))))}.{||.,(((.((((....)))).)))..,.}}....,},,.}},}}||||,..||||,}||....{{{.{,.....}))..}},,..,,,..,}}}}}}}.))))))),.}).))))))),(((.(((....((((((....,{,.....,,,..........)))))).,.,,,)}}.)))......(({{.....}}}}........})))).))}},).))}......)))))))))....)))).))))..))))))))))))}}}.,,}}}.,|||||((((.......)))).)))}}|,....,,..,},.{((((((.,,,((((,((((((((,....|,}|||||{{{{(|{{....}|,}}}|||{(((.(((((((((((,.,,..,{(((.((........)).)))}|.,,.{,....}}.,}}.....,,,....{{{{{..{.(((.(((.,,.{......}.}}.))).})),...}.,,)))))))))))).)))}}}.....,,.,,}}.}}}},,|,,,.})}}}}})),))))....)))))))})))))))))))))).....}}.))))))))))))))))).....)).))).)))))),{({{.......)}}}.,{({{.|,.......,.))))}
Back