Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ERBB2IP_0003400

Sequence Length

2333 nt

GC Content

0.3913

UGUUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACUGCGCCUGGCCGGUGUGACUAUUUUCUUUCAAGUUGAAAGUCGGGUUCCAUGAAACUCUAGUAUUAGAUGGAUUUAGGUGAAGGUUAAUACCUCUGAUUGUUUGAGGCCUGAAAUAUAACUAAUUAAGCAGUAGUGAAUCUCUUACUACAUUUGCUUCAAAGCAGCUACUUCAUAAUUGAACGUGUGUGUCAUUAAUUCUAGAAAUCUGUUACACAUUGAUUUGGUGUUGUAUCAGAGGAGGAUACAGAAGAGGAAUGGCACUGACUAGUGGUUUUAAGGCACAAUAUUGGAAUCACCUGGAGAGCUCAUAACAUGUACAUACCUUGACUGUGUCCCAGGCCUUUUGGGGCAGAAUCCUGCUGGUUGGAGAACAGGCAGUGUAGUUUGGUAAAAUCUUCAGAUAAUUCUGAUAUACUCAUUUGUAUAAGAUUACUGAAAUUCUAUCCUCAAGGAAUAUAUACUUUGUCAGAGGAAGGAAAACUAUGUACUUGCAACAAACAUGGGCUGUGUAUAAUGACAGCAAUAAUAAUAAUGAUAGCCAACAUUUGUAUGACACAUAUCCUGUGCAGAAGCAUUGAUUUUCAGGUACUGCAGACAUUUGCACUAAUCUUGCCUCUCUAUAGCUCUUUCUCAAUACAGCAGCCAGAGCAAUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUCGCUCUGUCACCCAGACUAGAGUGCAGUGGUACAAUCUCCGCUCACUACAACCUCUGCCUUCCAGGUUCAAGCGAUUCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCGUGGGCCACCACGCCUGGCUGAUUUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUAAUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAGUAGAGAUGGGGUUUCACUAUGUUGGCCAGGCUGGUUUGGAACUCCUGACCUCAAGUGAUCCUCCCCCCUCAGCCUCCCAAAGUACCGGGAUUACAGGCAUGAGCCCCUGUGCCUGGCCAGAACAAUCUUUUAAAAACUUAAAUUAGAUAUUACUCUUCUUGUUUAAAACUUUCUAAUGAAUUCUCAUUGUGAUUAGAAUAAAAUGUAAACUGCUUAUUAUGAUUUAUAAGGUGGGUACUUGGUCUGUUUGGGUUCUGUGAUGUCAUCUUACAUAAUUGUUUCUGUGUUCAUUAUGUGGUGGUCACACUGGUGUUUGUUCCCACAUCCAGGCAUUUAUACCUUCUCUUUUGGCUGGAUUGCUUUUCUCCAGAUCUAUGACAGGCUGUUCUUACCAGAUUUGUUUUUUGUUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACGGAGUCUCACUCUGUUGCCCGAGCUGGAGUACAGUGGGCGAUCUUGGCUCACUGCACCCUUCGCCUCCUGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGUCUCAGCCUCUCAGGUAGCUGGGACUACAGGCAUGUGCUACCAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGGUGGGUUUCACCAUGUUGGUCAGGCUAAUCUUGAACUUCUGAGUUCAAGUGGUUUGCCCACCUCGGCCUCCCGAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAACCACUGCACCUGGCCCCAUUCUUAUCAGAUUUAACCUUCAGUGAGAUUUCUCUCGUUCACUCUGUCUGAAGUUGCUCUUCCUCUGAUUCCUCUCCCCUUAAUGUGUUUUUAGUUCAUGGCACAUAACACAAUCUGAAUUUUCCUUAUCAUUUACUAUUGUUUUUUCCUUCUUGGAAUGUAAGCUCAUUAAGCCCAGACAUCUUGUAUAUAUUUAGUCAUGCCUGUAUCCUCUUGAUAAAUCCAUGGGAUCAAAUAGUGUCCCUUGAAGCAUCAUCACAUGCAAAUAAAAUGACGGUGCAGUUAACCUCUACUAUAACAAGGUAUGUUAGGCUUUUUCUGUAUAUGUUCUCAUGUGAAAUGUUAGAGUUGAACAUUUUCUGUAAAAUUGUUUAAUAUACAGUCAUGUGCCACAUAAUGACAUUUUGGUCAAUGAUAGACUGUAUAAACAAUGUUGGUUUCAUAACAUUAUAAUGAAGCUGAAAAAUAUCUAUUCCCUAGUGAUAUAGCUGUCAUAAUUUUAAAGUGUAUUACAUGACUCAUGGGGUUGUGUUGAUGUUUGUGUAAACAAACUUUCUGCACUGCCAGUUGUAUAAAAGUAUAAGUACAGUUAUGUACAGUACACAGUACUUGACAAUGACAGUAAACAACUGUUACUGGUUUAUGUAUUUAGUAUAUGAUAACUUUUAUUAUCUUUGAGUGUGCUCCUCCAUAUAAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-633.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -682.33

Frequency: 0.0000

Diversity: 724.44

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((..((((...(((((((........)))))))...((((((((((........((((......((((((((..(((((((..(((((...(((((((((((((..((((....)))).....(((((((..................)))))))(((((((.....)))))))..(((((....)))))....((((....))))..((((((((((.....((((((.......(((((((((...((.(..(.((((((((((((((((((((((((((((((((.....((((((((((.........))))))))))(.((((.(((........((((((.(((.....(((((((((((((...((((((((((....(((((..((((((((.(.(((((((((((..(((..(((((.((((.((..(((((......)))))))))))))))).((((.(((((..(.((........)).)..))))).))))..((((((...........))))))(((((........))))).......(((((((..((.((((.((((((((((((((.((((.(((((.((((.......((.((((.(((.((((.(((((.((((..(((........(((((..(((......).))..))))).........................((((((((...))))))))...((((....((((.(((((........)))))))))......)))).....((((.((....)).)))).((((((..(....)..)))))).....((((((((....))))))))))).)))).))))).)))).))))))).)).......))))(((.((((((.(((((.(((........))).))))).)))))).)))....((((((((((.((((.((....)).)))).................(((((((((((........)))).....))).)))).......)))))))))).................((((((.(((.........))).))))))....(((((((..............)))))))......(((..(..(((((........)))))..)..)))....))))).))))...)))).)))))).....)))).))))...))..)))))))((((.((.((.((....)).)).))))))((((((.((................)).))))))....)))..))))).)))).)).).)))))))))))))....)))))..............................................((((((((((..((.((.((..(((((((.(((((..((((((((.......))))))))....))))).)))..)))).)))).))..)))).)))))))))))..))))..))))))).))))).))))))......................(((((((((...((((.((((((...))))))((((((((....))))))))))))..)))))))))))))))).).)))))((((....(((((((........)))))))..)))).((((((..((........)).)))))).......))))).)))).))))....)).)))))))))))).)..).))..)))))))))))))))...)))))))))).....))))))))).....))))...)))))..)))..((((.....)))).......))))..))))).)))..))))........)))))))))).((((.(((..((((....((.(((((........))))).))..((((......))))..((((..((.((((((((.(((((((............(((((((((((.(((((.(...((((((...(.(((....))).)...))))))...).).))))..)))))))))))(((((((((..((((..((((......))))(((((((.((((((........((((((((((.........))))))))))....................))))))))))))).........))))..)))))))))...))))))).......((((((....))))))...)))))))).)).))))((((((((....(((((....)))))(((((...)))))...((.(((((((.....))))))).))..((((((((...))))))))..))))))))))))...))).)))))))).))(.......)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({.(((,...(((((((,......}))))))),,.((((((((((..,.....((((......((((((((..(((((((..(((((...((((((((((((({.((((....)))),....((((((({{,...............}}}}}},(((((((.....)))))))..,{|||,,..))))}....((((....)))).|((((((((((.,...((((((.......(((((((((...((.(..{.(((((((((((({(((((((((({((((((((,.{,,((((((((((.........)))))))))),}||{{.((.(({,{(((((((((((,...,{.,,((((((({{{{,,{((((((((((((({{{(.{({(({,,.{((({{((((({,,((({,.,,,{(((({....})))}(((((......)))))}}}}}}|||||,((((.(((((,{({{,.......,)}.,..})))).)))}..((((((..,{{...}},))))))(((((........))))).........,{{(........}}}}.,||||...,,,|||.,{(({,,..||}}.||,|,,}}|,,,.(((({....})))).,,,}}})))},,,,}}},|||{{,||||.,..,,),))..||||}...,,................,|||||{||||,.,{(((|(({{..,{{|}}.}|||||.(((((........))))}|})),}}....}}}}}}}}})),)...||,))))))))}}|||,,,,{{|,,...})))))}..(((((((((....)))))))))||.,,...,,},},},}}}}}}}}}}}}|}|||||||||,{{{.,{,,,,.,,,,,..,,........}}|.}||||,{||||.,|||,.{,.{((((((((.((({.((..,.)),)})).,.,|,|}....,,...{{{{{{{((((........))))...,||||,|}}}.....,,))))))))}{{{{{{,,.......,{{((((({.(((,..,,,,,.|||,||}}},.....{{(((({{....}}}}}}.|},||||{,{{,..{{{{,,.||,,|},,}|,},,}}},|{{|||,|,..{|||||||||||||,(({(({,.{({,..((((((,,{.......,..}))))))})|}||,}|}|{.,,.|..}},,}})))||{||{,||...,.,,.........}),)})))),,,....,||}})}}}}}.|||||||}|,.}}})})}},}}}))}.,..}}.},,,.....................................((((((((((..((.({,{{..((((({(||((|(,.((((((((.....,.)))))))).}}.)}}}).})}.,)))).)))).))..)))).))))))|||||,,||},..)))))),,}}}}}}}}}}}}},}},},}}})}}......|,.(((((((({...((((.,{||||,,,||||,,((((((((....)))))))))))),,)))))))))|||,|||{|..,.,,||||}...((((((({......,)))))))}})))}.|||,.,.,||........|}||}|{{|...,}}})},,,.}}}}.}))),,,.,,.)))))))))))).}..).))..))))))))))))))).,.))))))))),.,.,.)))))))},..,,.,)))...)))))..))),.((((.....)))).......})))..))))).)))..)))).....,..)))))))))).||{{,{,,..|||{....((.(((((,.......))))).))..((((,.{{{.|||,........|||{|||||((,.,{{,,,.|,{.......,||{{{{{|{((,{{,.|,||||(((||,.}}|}|||..,}}}},}|||||)))}.,,..,.,}}},|))))))}||||(((((((({..,{,,..{{((,,,,,,|}}}{{(((((.{({{||..||,,,.((((((((((.........)))))))))}....,,,,.........}},)))))))))))))....,,,,,)))}|,})}}))))}...,,(((.((((.((.((((((....))))))..)).)))).)))..{(((((....)))))}(((({....))))){{{{{||.||||,.,{({.(((((((.....))))))).)),,|||{||||,..}}}}||||{{|....,,)))))...}})})))))}}}}))}}|.....)