Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ERBB2IP_0004100
Sequence Length
2156 nt
GC Content
0.3720
GUGCUUUAUGGAUUUGUGGUAACCUUUUCUCAGAGAAAGGAGGAGUCAUUGUGAAUUGGGGGGCUAUUCCAAGGGGGUCUGCUAUGUCAUUUUUGGGGGAUAUUUAUUGUCCAUCUUAGUAUUGCCAGACUCUUAGCAUUGAAAUAUUAGAUUGUCUCUCACCCUUGGGCCAUGGAGUUUUAUUGCAGCAAAAACAAAAAUCCAUAUGUAUAUAAGUGUUUUCUCAAUAGGUAUAUUGACAGUGGACUUACUAUGAUGUGGAGCUUUGACAUUUGUGGACCUGCUGCGGUGUCCUUACACUCAUUGAGAACCAUUGAUGUUACGCAAAUGCUAUUAAACUUUGCAUCUAAGACUUCUUAUUUGUCCUGUGACCUUUGAUUAUAUUUCAACAUGCAUAAAGUACUUUAGAGAGAUGGGGAGUGCCAUGUAUGUGAAUGAACUUGGCACUAAGCACCCCAUAGUUUCUACAGAAAAAUUUAAAGAAUAUUUGUUACUUAAAAUUAAGUACUUUCAAAAUAAUGUUUGGUUAAGUAGAAGCUUAAAUUUUUGUUUUUCUUCUUUUCCUCUCCAUAUCUGUUAUACUAUUUCACUUACAAAAUAAAUCUUCAGCCUUAAGGGAUGUUUGGGAUAGUUUUACAGGAUUAUGGAUUUUAUUCCUAAAAUAGAUCUGAAUGCUACAAAAAGUGAAACUUUUUAAAGAUAAGAUUGUCAUCAAGUGGUGGUAUUUUAAAGCUUUACUUAUAAGCGGUAAUAAUUAACCUUUGAAAAUCCUGCUGUAAUAAGGUGUUGAGAGUGAUCUAGCUUUCUUUGGAAGGUUUUUGGUGUUCCUAAUCAUUCCCAGCCUAAAUUAACCCCAAGGAAAAUGAGAACUUCAACCUGACCUCUCAUUGUUUUGCCAAUUCCUACGUUUUUUUCGGUUUCCUUUUGGUUCUUUUAUUUCUGUUCCUUCUGUUCAGUUUAGGGGAAAGAAUAAACUUAUAAAGAAAUUCACCUUAAGAAAUUAGGGCCUUGUCACAUAUACACCAUGGAAUACUAUGCAGCCAUAAAAAAGGAUGAAUUCAUGUCCUUUCUAGGAACAUGGAUGAAGCUGGAAACCAACAUUCUCAGCAAACUACCCCAAGAACAAAAAACCAAACACCACAUGUCAUAGGUGGGAAUUGAACAGUGAGAACACUUGGACACAGGAAGGGGAACAUCACACACUGGGGCCUGUUGUGGGGUGGGGGGAGCGGGGAGGGAAAGCAUUAGGAGAUAUACCCAAUGUAAAUGACGAGUUAAUGGGUGCAGCACACCAACAUGGCACAUGUAUACGUAUGUAACAAACUUGCACGUUGGGCACAUGUACCCUAGAACUUAAAGUAUAAUAAAAAUAAAAUAAUAAAAUAAAUUAAAAAAAAGAAAUUAGGGCCUUGUCUCUUCCAGAUUAAUUUGCAUUUUAAUAGAGGAUGUAUGAAGAGGGACCGGAAGAAAUAACUAAUGGUGGAAUUUCAUGCACUCUGGCACUCACAUCUAGGAUUCUCAAAUCAGGUCAUGCUUUUCAACAGGUCUGGUUCAGUUUCUAGGGCAGUAGACACACUGCAUAAAAACAUUUUAUUUAUAGUCACUUUCAUUUAAAAUACCACUUAAAGAACCGAAGAAGUAAUUAGUGUCUUGAAUUGGGUAGGUGGAAUGAGGAGUCAGUAGUAAGGCAAAAGGCCUCACCUGAACAAAGGGUUUGAUUCAGUAGUAAAGUUGUAUAAAGGCAAAUUGGGAAUAGAUUAAGGAGGUUUGGGGAUUAAGAAAUGUUUUUUAGGUUUUUAAAGGGGAAAGGGAGAUAGUAAAAUAAAUGAUUUUAAGGAAAAAAAUUAGGUGCUGACUAAAUAGAAUUAGGGAAUCAGUUUAGAAUCUAUUGUGCUAAUACAUAAAAGUGGGCUGAGGCCAGGCGCUGUGACUCAUGCUUGUAAUUCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCUGGGGGAUUGCUUGAGGCCAGGAGUUUGAGACCAGCCUGGGCAACAUAGCGAAACUCCAUCUCUACAAAAUAAAAACUAAAAAAAUAACCCUGAUGUGGUGGUGCACACAUGUAGUCCCAGCUACUUGAGAGUACCCUUGGGCCAUGGAGUUUUAUUGCAGCAAAAACAAAAAUCCAUAUGUAUAUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-533.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -576.86
Frequency: 0.0000
Diversity: 579.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..(((((((((.((.....(((((((...)))))))((((.((..((.(..((.(((((.((((((((((((((((((.(((.(.....((((.(((....))).)))).....)))).).))))))))(((((((....((((..((((((((((.(((((((((...(((((((((.(((((......((((..(((((((.(((((((((.(.((.((((((....)))))).)).).))))).)))))))))))..))))(((((.((((..((.....(((((....))))).....))..)))).)))))...((....)).........)))))..)))))))))......))))((((....((((.......))))....)))).....((.((((((.(((((((((((((.((..........)).))))))).....))))))..)))))).))(((((((((((((((((((.(((((((....))))((((((((((......)))))..)))))(((((..........)))))(((((....(((((((((((((((...(((((((((.................((.(((...))).))..)))))))))...)))))..)))))..(((((((((((....((((((((((((((.....((((....(((((....)))))...))))......)))))))......((((.......))))(((........)))(((((.(((((((.(((.....((((((.((((((....(((((((....)))))))(((.(.((((((..((((.((((.(((((((...(((((.(.....(((...((((..((((.((((((((((((....((((((((((.........(((((..((((((((((((......(((((.((((.((......)).)))).))))).......)))))).....((((((....))))))((((.............(((((....)))))...........))))....(((((((((((....))).))))))))...(((((((.......))).))))........)))))).....)))))..(((.....))).....))))))))))))))))))))......))...))))..))))....)))....))))))...))).)))).))))(((((.((.((((....(((((.((........))))))).......(((((...(((((((.....(((((...(((..(((.(((....))))))....)))..))))).....)))))))...)))))....................................................)))).)).)))))..........(((((((.....)))))))))))..))))))).)))(((((..(.......)..)))))...)))))))))))).)))..))))))).)))))))))))).(((((((..((((.(((((.((((.((((..((((((......)))))((((((...))))))..........((((((((....((((.....((((((.((........)).)).))))......))))....))))))))..((((..((.((((.....)))).)))))).)..)))).)))).))))......).))))..)))))))..)))))))))))....)))))...))))).))).)))))))))))))))))))..)))))...))))))))))..))))..(((((((.......)))))))))))))).((((......))))((..((((((((....((.(((((......))))).))))))))))..))....((((.((((((((..((((...(((.(((.(((((.(...((((.(((((..(((((((.(.(((((.(((...)))...))))).)..)).)))))..))))))))).........................)))))).))).)))))))..)))).)))).))))..)))).)))))))))).)))))..)).)))).............)).))))))))).))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((..(((((((((,({,,..{(((((({...})))))).|(({(({,.({(..{({((({{.{,||||||{{((((((({.{,{.,,....{((({((({...,,)}))),.,,.,},},.),)))))))}(((((({....((((..((((((((((.(((((((((...(((((((((.(((((......((((..(((((((.(((((((((.(.{{.((((((....)))))).}}.).))))).)))))))))))..)))}{((((.((((..((,....{(((|....}}})}||.,,}}..}))),))))),..||....)}.........}))))..)))))))))......))))((((....((((.......))))....)))).....((.((((((.(((((((((((((.((.,.....,..)).))))))).....))))))..)))))).))(((((((((((((((((((.{((((((....))))||{,,{((((......})))}{{||||....})}}}}....,,}||,,(((((....(((((((((((((((...(((((((((...,,........{{{,...,,....))),))}.)))))))))...)))))..)))))}.(((((((((((....((((((({((((((,,,,{(({{.,}|||||...,.||}||.,,}}||,....,))))}))},,,..((((.......))))(((........))){((((.(((((((.(((.....((((({.((((((....,((((((....))))))|{{(,(,((((((..((,,,((((.((({{{{...(((({,{,....(((,..{(((..((({.{{((((((((((....((((((((((,{...,,.,((({{,,{((({((({{(({{,{{{(,(((({,(((,,.....|}}|))}}}}}}},,........,}.......((((((....)))))),,,{.............(((((....))))),,.{{......,,)).,,.(((((((((((....))),})))))))...(((((((.......))).))))......,,,,,,}},,..,,}}}}.,,,,{,....,....,.))))))))))))))))))))......))...))))..))))..,.}}}....})))))...)}}.)))).))))|{||{.|||{{{{,,..(((({.((.......})}))))}.......(((((...(((((((.....(((((.,,(((..(((.(((....))))))....))),.))))).....)))))))...)))))....,...........................,,.................,}}}),))}))))).........{{{{{{{{...,,})))}|||||||,}}}}||||}}|(|{||..|,..,}}},..})))),,,))))))}))))).}}}.|})))))).))))}})))))).(((((((,,(({{.{((((.{{{{.{{||},,(((((......))))),{{{{,...,}}}}}...,,.,.,{{(((((({....{{((,,,,.{{{{,{,.{,.......,,.},.))))....,,)))),,},))))))}}}}|{|{..{{.((((.....)))).})||||,|,,}}}}.)))},))))......,,)))}..)))))))..)))))))))))....}))))...))))).,}).)))))))))))))))))))..)))))...))))))))))..))))..{((((((.......))))))}})))))),((({......))))((..((((((((....((.(((((......))))).})))))))))..))...,||{|,|||||{((,.((((.,.(((.{{{.{|||{..{,,{(((,((({{..(((((((..,{{{{|.||{.....)}}}))),)})..},.}}}||,,||||||}}|..,......................|||,,,.)}),)|||||}..||}|,|||}.}})),,)})).)})))))}})})},,)}}))})))),}}))}})}....)}.})))))))).))))....
Back