Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ERBB2IP_0006200

Sequence Length

458 nt

GC Content

0.4127

UCUUUCAGCUCACAGCAGGAUGCUAAUCCAUGAAGGUGACCUCGCAGUACUGGUUAAUUAAGCUUUAUUGCUCACUGAAAAAGAAAAAAAAUCUAGCCAGAAUGUUGGCUCAAUUAAGAAACAUCAGGGAGAUAAAUUCAACCCAGUGAGAGUUCCACUCAGCGGGAAGAACUCCUCCAAUGAUGCCAGGAUCACAGAGACCCCUUUCUGCACGAACAUACAGCAUAGAUGGUCCAAAUGCAUCAAGACCUCAGAGUGCUCGACCCUCUAUUAAUGAAAUACCAGAGAGAACUAUGUCAGUUAGUGAUUUCAAUUAUUCACGGACUAGUCCUUCAAAAAGACCAAAUGCAAGGGUUGGUUCUGAGCAUUCUUUAUUAGAUCCUCCAGGAAAAAGUAAAGUUCCUCGUGACUGGAGAGAACAAGUACUUCGACAUAUUGAAGCCAAAAAGUUAGAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-101.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -109.44

Frequency: 0.0000

Diversity: 136.24

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((.((((..((((((....)))).))...))))....((((((..((((.....)))).))))))...))))..)))).......((((((.......((((((((((.......(((((.((((.....(((..(((..((((.......))))..)))..)))...))))..)))))((((((((.((((((....)))))).................((.((((............))))))((((((((((...((((..((......))..))))..((((.....)))).((((..........))))((((((((((((((...........)).))))))))))))))))))))))......))))))...))...(((((..(((((((.......))).))))...)))))......)))).))))))...))))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

{{((((((,({{{..{{((((....)))).}}..,||||....((((((..((((.....)))).)))))),,,|||,...|}}.......{{{((({{,....||||||,,||...,...{{{{{,((((.....(((..(((.,((((.,.....)))}..)))..))),},))}}..|||||(.,((((({((((((....)))))).................,,}||||}....}}}}},.}},}||((((((((((,,,(({(..,...,...,...,|||,|,((({.,,,,||,,((((,.....,,},)})){|||||||{{{{{,...........}}.}))))))))))))))))))))).,,,,.|,||||{{{|,.,..{(,,..,,{,||,.,..}}}))).)),)..,}}|||{{,...,)))))),,,,...)))})),...