Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ERBB2IP_0006300
Sequence Length
2318 nt
GC Content
0.4047
GCGGUCUUAAUCUCCUGACCUUGUGAUCCACCUACUUCAGCUUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCACGCCCGGCCCGACAUUUUGUUUAAGACAAAGAAUUUUGAAUUUUAUACUGUACCUUUUACUAAAUCAGAAUCUCUAGGGAGAGGGUAUAGUAUCUGUAUUUUUCAAAAAUAACGAGUGAAUAUUAACUAGCUAGUUGCAAUUACAGCCAAGAUUUGUUUUUCUUCCUCAUGAGCAGCUUUUUAAAUUGGUGGCAAAGUUUACUAGGGCAGUCUAUGAAUGGUUGCCCAAAUCCUACUUACGAAAAUUAUCAAUGAGCUCCUCUCUUUCUCUACUAGAUUGUUUCUAUCUAUCUGUCUACAAAUCUGCUGUUGUAUCUCUUCAUUCAUAUUCGGGUCCGGCAACUACUUGAUUUUUCUAAUGUUUUAUAUAGCAAAACUACCUGAGUUGUCGAUUCUAGUUCUUCUGUUCUUUCUUGAAUCCCUUCCAAAUAGUGUUUUGCCCCACCAACCAGAGGUGGUUUUGUCAAGAUAAUCAAUGACUUUCACAUUAAUACACAGUGGCCAUUCUAAGUCCUUAUUAACAGAGUUGAUAACAUCUUCCUCCUUGAAACUUUUUUUUUUUCCGCCUGGCGUUUAGAAUAUCACACUUUUUCUCUUGGAGUGGGGUGUUUUCUUUUGCCUCACUUGGCUGCUUCUCUUCAGUGUCCUUUGCUGGUCAUCUAUAAUGUUUUGGGGCUCAGCCAUUGAACUUGUUCUCUUUUUCUGUCUGCCCUCCUGCCCUUGAUGAUCUCAUCUUAUUUCAUUGCUUUAAAUACCAUCUAUAAGCAGAUGACUUUCAGAUUUAUAUCCACAGCUUGGAUCUCUUCCCACAUCUCUGAAUGCCUAUAUCCAGCUGCUUACUCAGUGUCCUACUCAGAUAUCUUUCAAGUAUUUCAAAGUAAAGUUUUUGAAUACAAACAUCUUUCUUCUCUCUGCCUUGCUCCUACCAUGGUCUUACUCCAUUUCAGUUUAGUGGCAGCUCCGUUCCACCAGACUGUCAUGUCUGUGGGAGUGUGUAUGAGUGACAGAAGAUUUGGUGGCCAGCUUUGCUUGCUGUACACACAGCUUUGUUGUUGUUGUUUUUUGUGGCAUGCAGUAUAUGUAGAAUUCUUAGAGAACGUUAAACACACACGUUAAACACGUUAGUCCUAUACCAUUUGGCAUAGCGACAAAUAGUUUGAUGUAUUUAGGGCAAUUCUGAAAUUCUGAAACACAUAAAUGGAUAUUACUCUCAGUUUUUAAGAAAAAGAUGAUUUAUGAUGUAUGUACUUUUUAUUAAGAGUAUUAUUUUGUGUUUUAGGCUGUCUCACUUUGGAAUGUGUUGGCUGCAAGUAAAGAAAACAUAGCAAUAGUUUAAGCAAAUAAGGGAAUUAGUUUUCCCACAUACCAAGAAAUCCAGAAAUAGAGAAUAGUUAGCAUUAAUUCAGCUAUAAUUAAUAAAGCAAAUAAGGGAAUUAGUUUUCCCACAUACCAAGAAAUCCAGAAAUAGAGAAUAGUUAGCAUUAAUUCAGCAUUAAUUGCUUAGCAAUGCUGUUUGAAACCCCAGCUUGUUUUGUUUUUUUCCUCUGUCAGUCUUAUUUAUUGGCUGGUUAUUAAUCCUCAUCCUUGUUGACUUACGGUAAUAGGAUGGUUGUUGCAGCACUAGAUACUGUGUACACAUACGAGGCUAGAAAAAUGGGAGAGUGGUGGUGUCAGAUGUAUUUGCUCCCUUUUAUCAGGAAAGCAAAUGUUUUUCCAGAAUUAACCGGCACUUCACCCCCAAAGCAGACUUCAGAAUAUAAGUCUUUGAUUUUCACUGUGUUACCCAUUUCUUGUUUACCCCUCCAGGCAUGGAAAGCUCAAAAGUGGUAAUUGAGCUGGGCCCCUUACUGCCCUGAAUAGUCUAGAGUCUUGAAAGGAAGGCCAGGUCACACCUGUAAACCCAGCACUUUGGGAGGCUGAAUUGAGUGGGAGGAUUGCUGAGCCAGGAGUUUGAGACCAGCUUGGGCAACAUAGUGAGAGACUGUCUACACACACACACACACACACACACACACGAAAAAAGAAAAACAGGUUAGCUGGGUGUGGUGGUGCACGCUUAUAGUCCCAGCCACUCAAGAGGCUAAGGCAGGAGAAUCCUUUGAGCCCAGGAGGUUGAGGCUGAAGUGAGCCGUGAUUGUGCCACUGCAUUCCAGCCUGGGUGACAGAGCAAGACCCUGUCUCAAAAAAAAGUCCAGGCGUGGUGGCUCACGCCUGUUAAUCCCAGAACUUCGGGAGGCCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-637.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -683.99
Frequency: 0.0000
Diversity: 491.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((((.((((((..((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((.....(((.(((((((...((((((...))))))...(((((((....((((((((((((((.(((............)))..))))))))))))))........))))))).....(((((((............((.((((...(((((..((((((((.............(((.(((((.....((((((((..((((......((((((((.......)))))))).......)))).......))))))))))))).)))...........(((((.......))))).......))))))))))))))))).)).)))))))....))))))).)))(((((.(((((..(((....(((((.......))))).....)))..)))))...))))).....((((......)))).((((((...............(((((.......))))).....(((((((..((...((((((((.......(((((((((....((.(((..(((((.....(((((((.((((((((.((((..((((..........((((((...)))....)))..........))))....)))).)))))))).))....(((......)))............(((.((......)).)))......((((((((((....(((....((((.(((((((.(((((((((((......))....((((....))))..((((((((((((((((((((((((......)))))..............(((((.....)))))...........(((((((((..((((((...(((((.......(((((.......))))).......(((((.(((((......))))))))))....((((((..((.((((((..((((((((((((((.............((((((.((((.(((...))))))).)))))))))))...))))))))).))).))).))..))))))...(((..((((.......))))..)))(((((......)))))((((......)))).)))))..)))))).))))..)))))...............(((((((..(((.(((((((.((....)).)))).))).))).))))))))))))))))))))...)))))).((((((((((.(((((.((((((......((((((.....))))))......))))))..((((((((....)))))))))))))))))))))))((((((((..((((((.((((((..((........))..))))))((..........))......(((((......))))).............))))))....))).)))))((((.........))))...................(((((......)))))........)))....)))))).)))))))))))((((((.....((((.....))))....))))))((((((.((((((.(((.((((((((((((((((..((((((.........))))))....((((..(((((((.((((.((...)))))))))))))..))))..((((........))))........))))..)))))))))))))))))).))).)))))).((((((((.(((......)))..)))))))).................))).......)))))))))))))))......))))).))).))...)))))))))...((((..((((..........)))).))))..(((((((.........)))))))((((........)))))))).))))..)))))))))..))))))...)))))).))))))).)))))))))))))))))))))....)))))).))))))).))).)))))).))))))))..(((((.(......((((((.....))).))).....................................(((....(((((((((((((((((((((((.(((((.(((((..((..(.((((.....((((...))))...)))))..))))))).)))))))))).........)))))))))))).))))))))).(.(((((.........))))).)...........(((((((((....)))))))))....((((........))))).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((((.((((((..{{,(((((((.(((((((((((((((((((((((((((.(((((((.((((.((.....(((.(((((((..,((((((...)))))),..(((((((...,((((((((((((({.((,.....,....,.),)}.)))))))))))))}..,.,...))))))).....(((((((....,,,,.,..||,|||,...(((((..((((((((.............(((.(((((.....((((((({..{{((......((((((,({,....,)))))))).......}})}..,....})}}}))}))))).)))...........(((((.......},},)...,...)))))))))))))}))}....)))))))....))))))).))),{{,,.,{((,..,{{....{{{,,.....|{|||||,,,,,|}|{{|,,||{{{,||,......,,,{...,,.)))),{{{{{{.....,,,.,,,,..{{{{|,,,....))))),,,,,{((((((..((...((((((((.......(((((((((..{{(({((({{.{((({,{{.,,|||||,|{((((((.((((..(({{........,.{{,(((...)))...,|||.,........}}}}....)))).)))))))}.},....(((......)))...........,(((.((......)).}},......{(((((((((....(((....((({{(((((((.((((((,,,{{......}}....((((....))))..{{{{{{(((((((({{{,,(((((......)))))....,,{((,....{{{{,.....}||||...........{{(({({{{..(((({{...(((((......,((({{.,,....||,,........((({{((((((......))))))))))....((((((,,((.((((((..((((((((({((((........,,,..((((((.((((.(((...))))))).)))))),})))...))))))))).))).))).)).})))))}.,,(((..((((.......))))..))){((((......))))}{{{{,,,,,.}}}},})))}..}))))).}}}},}))))),|{{,.,,,....{{(({{{{{..|{{.(((((((.((....)).)))).))).}},.)))))))))})))))))))).,,))))},.((((((((((.,,,,({(((,(({{{(.,,{,,,{,,.,{||||,|,|....,,}}}}..||,|||||,.,,})))))),)))))))))))))))((((((((..((((((.{(((((..((........))..)))))){{..........}}......(((((......))))).............))))))....)))},)))){(((.........)))}.......},,})),.....(((((......)))))........,}}....)))))).))))))))))){(((((,,{,.((((.....)))).|{,|||||}((((((.((((({.(((.((((((((((({((((.,{(((((.........)))))}..........,((((({,(((,.(,...)}))))))))))|.,{{,{..((((........)))).,},,.,,))))..})))))))))))}))))).))).)))))),||{{{|||.{{{......}||,,|||}}}}),,,,,,,.}},,,,,..))).......))))))))))))))).,},,,..|||{|,..)),,.}))))))))...,{{{.,({{(.........,|))).)))),.(((((((.........)))))))((((........)))))))).))))..)))))))))..))))))...)))))).))))))).)))))))))))))))))))))....)))))).))))))).}}).)))))).))))))))..(((((.(......((((((.....))).))).....................................((({...{((((((((((((((((((((((((((((.(((((.,((..(.((((.,{,.((({...))))},.)))))..)}))))).)))),..))))),,},...})))))))))))}})))))))),{.(((((.{.....,.))))),}...........(((((((({....}))))))))....((((........))))).)))))
Back