Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ERBB2IP_0009100

Sequence Length

2096 nt

GC Content

0.3707

UGUCUAAAAAUGACUACAAAACGAAGUUUGUUUGUGCGGUUGGUACCAUGUCGCUGUCUACGAGGGGAAGAGGAGACUGUCACUACUCUUGAUUAUUCUCAUUGCAGCUUAGAACAAGUUCCGAAAGAGAUUUUUACUUUUGAAAAAACCUUGGAGGAACUCUAUUUAGAUGCUAAUCAGAUUGAAGAGCUUCCAAAGCAACUUUUUAACUGUCAGUCUUUACACAAACUGAGUUUGCCAGACAAUGAUUUAACAACGUUACCAGCAUCCAUUGCAAACCUUAUUAAUCUCAGGGAACUGGAUGUCAGCAAGAAUGGAAUACAGGAGUUUCCAGAAAAUAUAAAAAAUUGUAAAGUUUUGACAAUUGUGGAGGCCAGUGUAAACCCUAUUUCCAAGCUCCCUGAUGGAUUUUCUCAGCUGUUAAACCUAACCCAGUUGUAUCUGAAUGAUGCUUUUCUUGAGUUCUUGCCAGCAAAUUUUGGCAGAUUAACUAAACUCCAAAUAUUAGAGCUUAGAGAAAACCAGUUAAAAAUGUUGCCUAAAACUAUGAAUAGACUGACCCAGCUGGAAAGACUGGAUUUGGGAAGUAACGAAUUCACGGAAGUGCCUGAAGUACUUGAGCAACUAAGUGGAUUGAAAGAGUUUUGGAUGGAUGCUAAUAGACUGACUUUUAUUCCAGGGUUUAUUGGUAGUUUGAAACAGCUCACAUAUUUGGAUGUUUCUAAAAAUAAUAUUGAAAUGGUUGAAGAAGGAAUUUCAACAUGUGAAAACCUUCAAGACCUCCUAUUAUCAAGCAAUUCACUUCAGCAGCUUCCUGAGACUAUUGGUUCGUUGAAGAAUAUAACAACGCUUAAAAUAGAUGAAAACCAGUUAAUGUAUCUGCCAGACUCUAUAGGAGGGUUAAUAUCAGUAGAAGAACUGGAUUGUAGUUUCAAUGAAGUUGAAGCUUUGCCUUCAUCUAUUGGGCAGCUUACUAACUUAAGAACUUUUGCUGCUGAUCAUAAUUACUUACAGCAGUUGCCCCCAGAGAUUGGAAGCUGGAAAAAUAUAACUGUGCUGUUUCUCCAUUCCAAUAAACUUGAGACACUUCCAGAGGAAAUGGGUGAUAUGCAAAAAUUAAAAGUCAUUAAUUUAAGUGAUAAUAGAUUAAAGAAUUUACCCUUUAGCUUUACAAAGCUACAGCAAUUGACAGCUAUGUGGCUCUCAGAUAAUCAGUCCAAACCCCUGAUACCUCUUCAAAAAGAAACUGAUUCAGAGACCCAGAAAAUGGUGCUUACCAACUACAUGUUCCCUCAACAGCCAAGGACUGAGGAUGUUAUGUUUAUAUCAGAUAAUGAAAGUUUUAACCCUUCAUUGUGGGAGGAACAGAGGAAACAGCGGGCUCAAGUUGCAUUUGAAUGUGAUGAAGACAAAGAUGAAAGGGAGGCACCUCCCAGGGAGGGAAAUUUAAAAAGAUAUCCAACACCAUACCCAGAUGAGCUUAAGAAUAUGGUCAAAACUGUUCAAACCAUUGUACAUAGAUUAAAAGAUGAAGAGACCAAUGAAGACUCAGGAAGAGAUUUGAAACCACAUGAAGAUCAACAAGAUAUAAAUAAAGAUGUGGGUGUGAAGACCUCAGAAAGUACUACUACAGUAAAAAGCAAAGUUGAUGAAAGAGAAAAAUAUAUGAUAGGAAACUCUGUACAGAAGAUCAGUGAACCUGAAGCUGAGAUUAGUCCUGGGAGUUUACCAGUGACUGCAAAUAUGAAAGCCUCUGAGAACUUGAAGCAUAUUGUUAACCAUGAUGAUGUUUUUGAGGAAUCUGAAGAACUUUCUUCUGAUGAAGAGAUGAAAAUGGCGGAGAUGCGACCACCAUUAAUUGAAACCUCUAUUAACCAGCCAAAAGUCGUAGCACUUAGUAAUAACAAAAAAGAUGAUACAAAGGAAACAGAUUCUUUAUCAGAUGAAGUUACACACAAUAGCAAUCAGAAUAACAGCAAUUGUUCUUCUCCAUCUCGGAUGUCUGAUUCAGUUUCUCUUAAUACUGAUAGUAGUCAAGACACCUCACUCUGCUCUCCAGUGAAACAAACUCAUAUUGAUAUUAAUUCCAAAAUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-479.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -522.55

Frequency: 0.0000

Diversity: 514.94

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.......)))..........(((((((((((((.....)))).....(((((.....(((((..(((((((..((((((((((.(((.(((((((.(((((.((((....(((((((....((((.((((((..((((........(((((((..((((((((.(((....)))))))...)))))))))))...............((((((((.....(((((...)))))...(((..((......))..)))...((((((((((..(((((((.(((((((((((((.(((((.((.((.......((..((((...(((((((.((.......((((((....)))))).....)).)))))))...))))..)))))).))).)).))))))).....((((.((((((...(((........)))(((((.....)))))((((((((((((((((((((......))))))......................)))))))).)))))).(((((....(((((......))).)).....)))))...))))))))))...((((((((........))))))))...((((((.....)))))).............))))))))).))))..))))))))))...))))))))(((((.....((((((((((((..((((..((((.......((((.((((((.........)))))).))))((((...(((((..(((((.....))))).)))))..))))(((((((((.......(((.(((((.((((((((((((.((((((((((((((..........))))).....((((((((((..((((((..(.((.(((...((((((.....)))))).....))))).)..)))))).....(((((((((...))))))))).....)))))))))).((((((....................))))))(((((((.((.((((.(((...(((((((....(((((((..((((.(((((.........))))).))))))))))).((((((((....((((...))))..((((((........((((....((((((......))))))....)))).......))))))..((((((....)))))).......(((.((((....)))).)))(((.....)))....((((((...(((((.......(((.....))).(((..(((.....)))..)))...........(((((((((.(((..((((..(((((...((((..((......))..))))...)))))..))))..))))))).))))))))))...))).))))))))))).(((((...(((.......))).)))))...))).)))).((((...))))(((.((((....)))).))).....(((......))).)))))))))))))))).....(((.(((....))).)))..................)))))))..)).))))))).(((.(((....((((((.........................))))))......))).)))......((((.....))))........))))).)).))).)))......)))))))))....)))).))))..)))))))))))).....))))).(((((((((.......)))).)))))))))..)))))).))))..)))))))))))..(((((((....)))))))((((((.((....)).))))))((((.(((((((((((......(((((.((........)).)))))............................(((((..(.(((.(((.((.(......).)).))).))))..)).)))))))))))))).))))............))))).))))))))))..................((((....)))).(((((..........))))).))))))...)))).))).)))).)))))))))))))))))))...)(((((.((......)).)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.......)))........{,{((((((({((((,,...}}))....{(((((.....(((((.,(((((((..((({,,,,,{,{({{(({,(((.{(((((,(((,,,..,((((({...,({(.(((((,,...,|,}}}},.}||,,,||}}||,.,|||,|,|}}.,))}))),,|||||||||,,,}}},...}},,|,{{{((((((,{,....,(((((({({,,..{{((({.,{..........|||...((((((((((..(((((((.(((((((((((((.(((((.,{.,,.......((..((((...(((((((.({.......((((((....)))))).....)).)))))))...))))..)))}}}.)))},).))))))}.,..{((((.((((((...,,,........}},(((((.....)))))((((((((((((((((((({......})))))......................))))))))))))))}.(((((....{{(((......))).}}.....)))))...))))))))))}.}{(((((((........)))))))},,.{(((((.....))))))..,,......,,}))))))))).))))..))))))))))...,|||||||{{,,,{{{.,((((((((((((..((((..((((.,,,...{(((,(({{{{,,,,.....}}}}}}.)}}}((((...(((((..(((((.....))))).)))))..))))(((((((((.......(((.{((((.((((((((((((.((((((((((((((..........))))},,...,{{{{{{{{{..((((((..(.((.(((...((((((.....)))))).....))))).)..))))))...,,(((((((((...)))))))))..,.,|||||||}}|((((((({{.,,....|,,,.......{((((((,..........,,,)))))))|||||{{.,..,||||||,}||{,.,,{{,......,,.|||||,|||||||}|||.((((((((....((((...)))}..((((((..,.....((((....((((((......))))))....)))).......))))))..((((({....}))))).,,....{({.{({{....)))).))}{{,.....}}}....((((((...(((({{{.....}},.,||..,}.|{{,.{||.....|||,.}},.,,.......{((((((((,,(((..((((..(((((...((((,,((.....,)),.})))...)))))..))))..))))))).)))))))))).,.))).))))))))))).{|||,},,||,},.,.,,})}.,,,,,...(((((....))))).{{|.,(((.((((....)))).)))..,.}}....,},,,}},}}||||,,.||||}}||....{|{.{,.....}))..}},,..,,,..,}}}}},,.))))))),.}).))))))),(((.(((....((((((....,{,.....,,,..........)))))).,.,,,)}}.)))......({{{.....}}}}........})))).))}},).))}......)))))))))....)))).))))..))))))))))))}}},,|}}}.,|((((((((.......)))).))))}|,....,,..,},.{((((({.,,,((((,((((((((,....|,,||||((({((,{(....}}.}}}|||{(((.(((((((((((,.,,..,{(((.((........)).)))}|.,,.{,....}}.,}}.....,,,....{{{{{..{.(((.(((.,,.{......}.}}.))).})),...}.,,)))))))))))).)))}||.....,,,,,)),})}),,}},,.})}}}}})).))))....)))))))})))))))))))))).....,,.)))))))))))),,,)))).))).)))).)))))))))))))))))))}..)(((((.{{......,}.)))))