Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ERBB2IP_0017900

Sequence Length

1443 nt

GC Content

0.3534

AUUGGAAGCUGGAAAAAUAUAACUGUGCUGUUUCUCCAUUCCAAUAAACUUGAGACACUUCCAGAGGAAAUGGGUGAUAUGCAAAAAUUAAAAGUCAUUAAUUUAAGUGAUAAUAGAUUAAAGAAUUUACCCUUUAGCUUUACAAAGCUACAGCAAUUGACAGCUAUGUGGCUCUCAGAUAAUCAGUCCAAACCCCUGAUACCUCUUCAAAAAGAAACUGAUUCAGAGACCCAGAAAAUGGUGCUUACCAACUACAUGUUCCCUCAACAGCCAAGGACUGAGGAUGUUAUGUUUAUAUCAGAUAAUGAAAGUUUUAACCCUUCAUUGUGGGAGGAACAGAGGAAACAGCGGGCUCAAGUUGCAUUUGAAUGUGAUGAAGACAAAGAUGAAAGGGAGGCACCUCCCAGGGAGGGAAAUUUAAAAAGAUAUCCAACACCAUACCCAGAUGAGCUUAAGAAUAUGGUCAAAACUGUUCAAACCAUUGUACAUAGAUUAAAAGAUGAAGAGACCAAUGAAGACUCAGGAAGAGAUUUGAAACCACAUGAAGAUCAACAAGAUAUAAAUAAAGAUGUGGGUGUGAAGACCUCAGAAAGUACUACUACAGUAAAAAGCAAAGUUGAUGAAAGAGAAAAAUAUAUGAUAGGAAACUCUGUACAGAAGAUCAGUGAACCUGAAGCUGAGAUUAGUCCUGGGAGUUUACCAGUGACUGCAAAUAUGAAAGCCUCUGAGAACUUGAAGCAUAUUGUUAACCAUGAUGAUGUUUUUGAGGAAUCUGAAGAACUUUCUUCUGAUGAAGAGAUGAAAAUGGCGGAGAUGCGACCACCAUUAAUUGAAACCUCUAUUAACCAGCCAAAAGUCGUAGCACUUAGUAAUAACAAAAAAGAUGAUACAAAGGAAACAGAUUCUUUAUCAGAUGAAGUUACACACAAUAGCAAUCAGAAUAACAGCAAUUGUUCUUCUCCAUCUCGGAUGUCUGAUUCAGUUUCUCUUAAUACUGAUAGUAGUCAAGACACCUCACUCUGCUCUCCAGUGAAACAAACUCAUAUUGAUAUUAAUUCCAAAAUCAGGCAAGAAGAUGAAAAUUUUAACAGCCUUUUACAAAAUGGAGAUAUUUUAAACAGUUCAACAGAGGAAAAGUUCAAAGCUCAUGAUAAAAAAGAUUUUAACUUACCUGAAUAUGAUUUGAAUGUUGAAGAGCGAUUAGUUCUAAUUGAGAAAAGUGUUGACUCAACAGCCACAGCUGAUGACACUCACAAAUUAGAUCAUAUCAAUAUGAAUCUUAAUAAACUUAUAACUAAUGAUACAUUUCAACCAGAGAUCAUGGAAAGAUCAAAAACACAGGAUAUUGUGCUUGGAACAAGCUUUUUAAGCAUUAAUUCUAAAGAGGAAACUGAGCACUUGGAAAAUGGAAACAAGUAUCCUAAUUUGGAAUCCGUAAAUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-285.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -317.27

Frequency: 0.0000

Diversity: 313.45

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((..((((.(((((.........))))).))))))))))).((((((((....((((...))))..((((((........((((....((((((......))))))....)))).......))))))..((((((....)))))).......(((.((((....)))).)))(((.....)))....((((((...(((((.......(((.....))).(((..(((.....)))..)))...........(((((((((.(((..((((..(((((...((((..((......))..))))...)))))..))))..))))))).))))))))))...))).)))))))))))(((((((((((.((.(((((...........(((((....))))).(((..(((.((((....)))).)))..).)).....(((((...(((((((((((.((((...((.((((........................)))).))...........(((.....)))........((((((.........................))))))((((.(((..((((((...((((.....))))....(((.((((...........................)))).))).(((....((((.....))))..)))....(((((((((.......)))).)))))..............))))))..)))...))))...........)))).)))))))))))..)))))...((((((..(((((((((((......(((((.((........)).)))))............................(((((..(.(((.(((.((.(......).)).))).))))..)).)))))))))))))).))))))....(((((.((.............)).))))))))))))))).)))))))).((.(((((((((((((..((((((.(((((...((....))....))))).).)))))........((((((((((((....((((.....((((...(((((....)))))....)))).........))))(((((((.((.(((((((...(((..((((((...................))))))..)))...))))).)).)).)))))))..(((((.....)))))...........(((.....(((.((((....)))).)))....)))..........))))))))))))......................(((......)))......((((.......))))........(((((...((((((((((......))))))))))..))))).)))).)))))))))))((((....(((((..(((((......)))))...)))))...))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((..((((.(((((.........))))).))))))))))).((((((((....((((...)))}..((((((..,.....((((....((((((......))))))....)))).......))))))..((((({....}))))).,,....{{{.{{{{....)))).}}}{{,.....}},....((((((.,.((((({,.....||,.,{{..,|.{{{,.{|{.....|||,.}},,,,.......{((((((((,,(((..((((..(((((...((((,,((.....,)),.))))...)))))..))))..))))))).))))))))))...))).)))))))))))(((((((({((.((.(((((...........(((((....))))).(({..(((.((((....)))).)))..}.)).....(((((...(((((((((((.((((...{{.({((...,,{{{.......,{,....,,),,}.,}..,,,}}.,,.(((.....))).}}}....((((((....,{,.....,,,..........))))))((,{.(((..((((((..,({{{.....}}}}....,{...,{{......,,,,...........{||,....}))))).},..,..(((((.........)))))..,|((((((((.......)))).))))},..........,,.))))))..)))...})},...,.......)))).)))))))))))..)))))...(((((({.(((((((((((,.,,..,{(((,((........)).)))}|.,,.{,....}}.,}}.....,,,....{{{{{..{.(((.(({.,,.{......}.}}.))).})),...}.,,)))))))))))).))))))....{((((.((.............)).))))))))))))))).)))))))).{(.(((((((((((((..{(((({.(((((...,(....,},...))))).},})))}........((((((((((((...,((({.....((((...(((((....)))))....))))..,......))))},||,|,,...,,,{(({.,,.{({..{((((.{{{,,{,.,........,},}))}}}))).,}),,,},}|||||}},}|||||{({({.....|}|||,,{{,,,...,(((,,,..{((.((((....)))).))),,}}},,..,}}}}},,)))))))))))).,....................{{{.....,))}......{{{{.,,....))))........{(((,...((((((((((......))))))))))..}}))).))))))))))))))}}((((....(((((..(((((......)))))...)))))...))))