Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ERBB2IP_0018000
Sequence Length
2497 nt
GC Content
0.3849
AUUAAAGAAUUUACCCUUUAGCUUUACAAAGCUACAGCAAUUGACAGCUAUGUGGCUCUCAGAUAAUCAGUCCAAACCCCUGAUACCUCUUCAAAAAGAAACUGAUUCAGAGACCCAGAAAAUGGUGCUUACCAACUACAUGUUCCCUCAACAGCCAAGGACUGAGGAUGUUAUGUUUAUAUCAGAUAAUGAAAGUUUUAACCCUUCAUUGUGGGAGGAACAGAGGAAACAGCGGGCUCAAGUUGCAUUUGAAUGUGAUGAAGACAAAGAUGAAAGGGAGGCACCUCCCAGGGAGGGAAAUUUAAAAAGAUAUCCAACACCAUACCCAGAUGAGCUUAAGAAUAUGGUCAAAACUGUUCAAACCAUUGUACAUAGAUUAAAAGAUGAAGAGACCAAUGAAGACUCAGGAAGAGAUUUGAAACCACAUGAAGAUCAACAAGAUAUAAAUAAAGAUGUGGGUGUGAAGACCUCAGAAAGUACUACUACAGUAAAAAGCAAAGUUGAUGAAAGAGAAAAAUAUAUGAUAGGAAACUCUGUACAGAAGAUCAGUGAACCUGAAGCUGAGAUUAGUCCUGGGAGUUUACCAGUGACUGCAAAUAUGAAAGCCUCUGAGAACUUGAAGCAUAUUGUUAACCAUGAUGAUGUUUUUGAGGAAUCUGAAGAACUUUCUUCUGAUGAAGAGAUGAAAAUGGCGGAGAUGCGACCACCAUUAAUUGAAACCUCUAUUAACCAGCCAAAAGUCGUAGCACUUAGUAAUAACAAAAAAGAUGAUACAAAGGAAACAGAUUCUUUAUCAGAUGAAGUUACACACAAUAGCAAUCAGAAUAACAGCAAUUGUUCUUCUCCAUCUCGGAUGUCUGAUUCAGUUUCUCUUAAUACUGAUAGUAGUCAAGACACCUCACUCUGCUCUCCAGUGAAACAAACUCAUAUUGAUAUUAAUUCCAAAAUCAGGCAAGAAGAUGAAAAUUUUAACAGCCUUUUACAAAAUGGAGAUAUUUUAAACAGUUCAACAGAGGAAAAGUUCAAAGCUCAUGAUAAAAAAGAUUUUAACUUACCUGAAUAUGAUUUGAAUGUUGAAGAGCGAUUAGUUCUAAUUGAGAAAAGUGUUGACUCAACAGCCACAGCUGAUGACACUCACAAAUUAGAUCAUAUCAAUAUGAAUCUUAAUAAACUUAUAACUAAUGAUACAUUUCAACCAGAGAUCAUGGAAAGAUCAAAAACACAGGAUAUUGUGCUUGGAACAAGCUUUUUAAGCAUUAAUUCUAAAGAGGAAACUGAGCACUUGGAAAAUGGAAACAAGUAUCCUAAUUUGGAAUCCGUAAAUAAGGUAAAUGGACAUUCUGAGGAAACUUCCCAGUCUCCUAAUAGGACUGAACCACAUGACAGUGAUUGUUCUGUUGACUUAGGUAUUUCCAAAAGCACUGAAGAUCUCUCCCCUCAGAAAAGUGGUCCAGUUGGAUCUGUUGUGAAAUCUCAUAGCAUAACUAAUAUGGAGAUUGGAGGGCUAAAAAUCUAUGAUAUUCUUAGUGAUAAUGGACCUCAGCAGCCAAGUACAACCGUUAAAAUCACAUCUGCUGUUGAUGGAAAAAAUAUAGUCAGGAGCAAGUCUGCCACACUGUUGUAUGAUCAACCAUUGCAGGUAUUUACUGGUUCUUCCUCAUCUUCUGAUUUAAUAUCAGGAACAAAGGCAAUUUUCAAGUUUGAUUCAAAUCAUAAUCCCGAAGAGCCAAAUAUAAUAAGAGGCCCCACAAGUGGCCCACAAUCUGCACCUCAAAUAUAUGGUCCUCCACAGUAUAAUAUCCAAUACAGUAGCAGUGCUGCAGUCAAAGACACUUUGUGGCACUCCAAACAAAAUCCCCAAAUAGACCAUGCCAGUUUUCCUCCUCAGCUCCUUCCUAGAUCAGAGAGCACAGAAAAUCAAAGUUAUGCUAAACAUUCUGCCAAUAUGAAUUUCUCUAAUCAUAACAAUGUUCGAGCUAAUACUGCAUACCAUUUACAUCAGAGACUUGGCCCAGCAAGACAUGGGGAAAUGUGGGCCAUCUCACCAAACGACCGACUUAUUCCUGCAGUAACUCGAAGUACAAUCCAGCGACAAAGUAGUGUGUCCUCCACAGCCUCUGUAAAUCUUGGUGAUCCAGGCUCUACAAGGCGGGCUCAGAUUCCUGAAGGAGAUUAUUUAUCAUACAGAGAGUUCCACUCAGCGGGAAGAACUCCUCCAAUGAUGCCAGGAUCACAGAGACCCCUUUCUGCACGAACAUACAGCAUAGAUGGUCCAAAUGCAUCAAGACCUCAGAGUGCUCGACCCUCUAUUAAUGAAAUACCAGAGAGAACUAUGUCAGUUAGUGAUUUCAAUUAUUCACGGACUAGUCCUUCAAAAAGACCAAAUGCAAGGGUUGGUUCUGAGCAUUCUUUAUUAGAUCCUCCAGGAAAAAGUAAAGUUCCUCGUGACUGGAGAGAACAAGUACUUCGACAUAUUGAAGCCAAAAAGUUAGAAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-553.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -609.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 587.73
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((....)))((....(((((((((....(((((((((........))..)))))))((((((..((((((((...((((((...(((((.......(((.....))).(((..(((.....)))..)))...........(((((((((.(((..((((..(((((...((((..((......))..))))...)))))..))))..))))))).))))))))))...))).)))......(((((((((.......(((((............(((((....)))))..((((((.......................((((((((.((((((((.......(((((.....(.((((........................)))).))))))...))).))).......(((((............)))))..................)).)))))))).....(((((....((((.....))))....(((.((((...........................)))).)))........((((.....))))..)))))..(((((((((.......)))).)))))..........((((((((((..(((((.((((.(((...(((((((((((.(((((.((((((((((.(((((((((((((.((((..(...((((((((((((.((((((.....(((((.((....)).)))))..........))))))........................((((..(((((......)))))))))(((((.((......(((((.((.............)).)))))....)).))))).((.(((((((((((((..........))))).....))).)))))))...))))))((((((((((((...........((((.((......)).))))(((...(((((....)))))....)))))))))....))))))))))))...)..)))).)))))).)))))))..(((((........................((...((((((((....(((((((.(..(((((((.(((((((((...(((((((.(((.((((....)))).)))...((........)).....)))))))...))))))).....)).)))))))....).)))))))...))))))))...))............(((((((((((((((((......))))))))............((((((((((.(((..(((....(((....((((.((((....((((((((((...........)))))..))))))))).)))).(((((((((((.((((((((.(((((..(((((........)))))......((.....)).......((((.(........).))))....))))).))))).....((((((((....))))))))...))).)).)))))))))...((((.........((((((..((.((.....(((((.(((((((..........................)))))))((((.....((((((.(((..(((....)))....)))))))))......))))(((((((......(((((((((......(((((((.....)))))))....................((((....)))).......)))))))))............((((........))))....)))))))............)))))....)).)).))))))........))))((((((((((((...)))....))))))))).............)))......))))))))).)))))))....((((((.........)).)))).(((((......(((...))).....)))))....(((((..........))))))))))))))))))).(((((((...............((((..((((((......((((......))))))))))))))..........(((.(((((.....))))).)))....................)))))))((((......((((.((((...(((((....)))))...)))))))))))))))))))))).))))).))))))((((((..((.((((((..(((...)))..))))))))...)))))).........((((((....))))))..................))))).))))))).)))))..))))))).)))...)))))).....................((((.(((.((.((((((....)))))).)).))))))).))))).......)))))))))))))))))))))))...(((.....)))((((((((..(..((........))..)..)))))).)).......((((((....))))))....)))))))))..))
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(({{{,.,,,,...}|||||((((....(((((((((........)),.,))))))((((((..((((((((...((((((.,.((((({{.....|},.,{{..,|.{{{..{{{.....|||,.}},..,.......{((((((((,,(((..((((..(((((...((((,,((.....,)),.))))...)))))..))))..))))))).))))))))))...))).)))......(((((((((....{..(((((,{..........(((((....))))).,((,,(({.((({....}))).)))..,..((((((((.(({{{{{{.......(((((,,..{(.(((,...,,{{|.......,,,....,,)},,.,}}})),},,,}.}}}..,,..}|,|||}...,},..,..,,|||.....,,,..........)).)))))))).....(((((...,({{{.....,}}}....,,...,||......,,,,...........{||,....})))}}.},.....((((.....))}}..))))}..(((((((((.......)))).)))))..........((((((((((..(((((.((((.(((...(((((((((((.(((((.((((((((({.(((((((((((((.(((({{({{{..{((((,((,,.,,,,,|}.}}}||,,,.({....,}.,}}},...,......||,}},.,.,||.{{..,.,,........{((({..{((((......)))))))))){{{{..||||....,,,|.||....{(((.{{,,,...})))},}}}}.)))))}((.(((((((((((((..........))))).....))),}))))))...||,,},{(((({((({.......||,,..,({{.,,......,,.,,,((((...(((((....)))))....)))),,,......)))))),,,,,,......)))).)))))))}}}))))..,((((..,.,..,...,.|}}},.,....{{...((((((((....(((((((.(..(((((((,({((({{{{...((({{{,.(((.((((....)))).)))..,||,,...,,,}|{{{|,}}}})))},.)))}))}.....}}.}))))))....}.)))))))...))))))))...))...........,((({.,,((((((((({......}))))))))}..,})))...((((((((((.((({{((,...,,{{,..|||||.{{{..,,,})},.|||||......,....}||||,.{(((((((........((((((,......}}||}}...,{{..,{{{|,,...,}}}}))}{.{{{,((,....,,..,,},}}}}},},,......)))))))}..||{{|{|,,{{({.,.((((((((....))))))))...||,,,.{((,{{{((((((((((....(({{(.,,,,{,..,..}},.}}}}}{{((((((((..,{.....................,)))))))),||.....((((((.(((,.(((....)))....)))))))))......}},.{((((((......(((((((((......(((((((.....)))))))....,{...........,||{({{....})},.......)))))))))..........{.((((.,....}.)))),...))))))}...........)))))))))},.{{{{........)))}.||.{.(((((((((({{...},,...,))))))))).,.......,}}.))),...},)))))))))))))))))....(((({{,,....,..}).)))).,{{{{......,{{,..|}}.....}}}})....{{{{|.|,.....,.)))))....,,{(((((....(((((((..............((((..(((((({.,....(,,......,))))))))))))).......,...{......,,.))))))).)))))},,.,...,.,{,{{{{..,,..||))}},..,.,.((((.((((.,.(((((....))))).,.)))))))))))))))))))))).))))).)))))){(((((...(,((((((..(((...)))..))))))})}..)))))}....,.||.((((({....))))))...,,.......,,....))))).))))))).)))))..))))))).)))...}}||||..,...........,|||,|.,{{{.{{|,((,{(((({....,}})}),)).))))})),))))).......)))))))))))))))))))))))...,{{.{{{,,|.((((((((..{..{(........)}..}..)))))).)).,.....((((((....))))))....,}}}}}}},,,))
Back