Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ERBB2IP_0020500
Sequence Length
2657 nt
GC Content
0.3937
UUAUGUUUAUAUCAGAUAAUGAAAGUUUUAACCCUUCAUUGUGGGAGGAACAGAGGAAACAGCGGGCUCAAGUUGCAUUUGAAUGUGAUGAAGACAAAGAUGAAAGGGAGGCACCUCCCAGGGAGGGAAAUUUAAAAAGAUAUCCAACACCAUACCCAGAUGAGCUUAAGAAUAUGGUCAAAACUGUUCAAACCAUUGUACAUAGAUUAAAAGAUGAAGAGACCAAUGAAGACUCAGGAAGAGAUUUGAAACCACAUGAAGAUCAACAAGAUAUAAAUAAAGAUGUGGGUGUGAAGACCUCAGAAAGUACUACUACAGUAAAAAGCAAAGUUGAUGAAAGAGAAAAAUAUAUGAUAGGAAACUCUGUACAGAAGAUCAGUGAACCUGAAGCUGAGAUUAGUCCUGGGAGUUUACCAGUGACUGCAAAUAUGAAAGCCUCUGAGAACUUGAAGCAUAUUGUUAACCAUGAUGAUGUUUUUGAGGAAUCUGAAGAACUUUCUUCUGAUGAAGAGAUGAAAAUGGCGGAGAUGCGACCACCAUUAAUUGAAACCUCUAUUAACCAGCCAAAAGUCGUAGCACUUAGUAAUAACAAAAAAGAUGAUACAAAGGAAACAGAUUCUUUAUCAGAUGAAGUUACACACAAUAGCAAUCAGAAUAACAGCAAUUGUUCUUCUCCAUCUCGGAUGUCUGAUUCAGUUUCUCUUAAUACUGAUAGUAGUCAAGACACCUCACUCUGCUCUCCAGUGAAACAAACUCAUAUUGAUAUUAAUUCCAAAAUCAGGCAAGAAGAUGAAAAUUUUAACAGCCUUUUACAAAAUGGAGAUAUUUUAAACAGUUCAACAGAGGAAAAGUUCAAAGCUCAUGAUAAAAAAGAUUUUAACUUACCUGAAUAUGAUUUGAAUGUUGAAGAGCGAUUAGUUCUAAUUGAGAAAAGUGUUGACUCAACAGCCACAGCUGAUGACACUCACAAAUUAGAUCAUAUCAAUAUGAAUCUUAAUAAACUUAUAACUAAUGAUACAUUUCAACCAGAGAUCAUGGAAAGAUCAAAAACACAGGAUAUUGUGCUUGGAACAAGCUUUUUAAGCAUUAAUUCUAAAGAGGAAACUGAGCACUUGGAAAAUGGAAACAAGUAUCCUAAUUUGGAAUCCGUAAAUAAGGUAAAUGGACAUUCUGAGGAAACUUCCCAGUCUCCUAAUAGGACUGAACCACAUGACAGUGAUUGUUCUGUUGACUUAGGUAUUUCCAAAAGCACUGAAGAUCUCUCCCCUCAGAAAAGUGGUCCAGUUGGAUCUGUUGUGAAAUCUCAUAGCAUAACUAAUAUGGAGAUUGGAGGGCUAAAAAUCUAUGAUAUUCUUAGUGAUAAUGGACCUCAGCAGCCAAGUACAACCGUUAAAAUCACAUCUGCUGUUGAUGGAAAAAAUAUAGUCAGGAGCAAGUCUGCCACACUGUUGUAUGAUCAACCAUUGCAGGUAUUUACUGGUUCUUCCUCAUCUUCUGAUUUAAUAUCAGGAACAAAGGCAAUUUUCAAGUUUGAUUCAAAUCAUAAUCCCGAAGAGCCAAAUAUAAUAAGAGGCCCCACAAGUGGCCCACAAUCUGCACCUCAAAUAUAUGGUCCUCCACAGUAUAAUAUCCAAUACAGUAGCAGUGCUGCAGUCAAAGACACUUUGUGGCACUCCAAACAAAAUCCCCAAAUAGACCAUGCCAGUUUUCCUCCUCAGCUCCUUCCUAGAUCAGAGAGCACAGAAAAUCAAAGUUAUGCUAAACAUUCUGCCAAUAUGAAUUUCUCUAAUCAUAACAAUGUUCGAGCUAAUACUGCAUACCAUUUACAUCAGAGACUUGGCCCAGCAAGACAUGGGGAAAUGUGGGCCAUCUCACCAAACGACCGACUUAUUCCUGCAGUAACUCGAAGUACAAUCCAGCGACAAAGUAGUGUGUCCUCCACAGCCUCUGUAAAUCUUGGUGAUCCAGGCUCUACAAGGCGGGCUCAGAUUCCUGAAGGAGAUUAUUUAUCAUACAGAGAGUUCCACUCAGCGGGAAGAACUCCUCCAAUGAUGCCAGGAUCACAGAGACCCCUUUCUGCACGAACAUACAGCAUAGAUGGUCCAAAUGCAUCAAGACCUCAGAGUGCUCGACCCUCUAUUAAUGAAAUACCAGAGAGAACUAUGUCAGUUAGUGAUUUCAAUUAUUCACGGACUAGUCCUUCAAAAAGACCAAAUGCAAGGGUUGGUUCUGAGCAUUCUUUAUUAGAUCCUCCAGGAAAAAGUAAAGUUCCUCGUGACUGGAGAGAACAAGUACUUCGACAUAUUGAAGCCAAAAAGUUAGAAAAGAAGCAUCCCCAGACAUCCAGUUCAGGAGAUCCUUGUCAAGAUGGUAUAUUCAUUUCAGGACAGCAGAACUACUCAUCAGCCACACUUAGUCACAAAGAUGUUCCUCCAGACAGCUUGAUGAAAAUGCCUUUGAGUAAUGGACAGAUGGGCCAGCCUCUCAGGCCUCAGGCAAAUUAUAGUCAAAUACAUCACCCCCCUCAGGCAUCUGUGGCAAGGCAUCCCUCUAGAGAACAACUAAUUGAUUACUUGAUGCUGAAAGUGGCCCACCAGCCUCCAUAUACACAGCCCCAUUGUUCUCCUAGACAAGGCCAUGAACUGGCAAAACAAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-597.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -653.96
Frequency: 0.0000
Diversity: 669.00
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((....))..((......((..(((((....((((...(.((((((.(((((.((.....((((((.((((((...(((((.(((((((...............(((((....))))).(((..(((.((((....)))).)))..).)).....(((((.(((((..((((((..(((((.((.(((....(((((.......(((....)))........))))).........))).)).)))))..((((((.........................)))))).(.(((.....))).)...((((.....)))).........((((.(((.(((((((..(((((....((((.(((((....((((.((((.....))))(((((((..(((((((((.......)))).)))))............((((((.(((((....((.((((((((((.........((((((.((....)).)))))).(((.(((((((((((......(((((.((........)).)))))............................(((((..(.(((.(((.((.(......).)).))).))))..)).)))))))))))))).)))))))...))))))))....(((((((......)))))))(((((((...((.(((((((((((((..........))))).....))).)))))))(((((.........)))))................................((((...(((((....)))))....))))........)))))))..........)))))..))))))..(((((.((((.((...........)))))))))))..((...((((((((....(((((((.(..(((((((.(((((((((...(((((((.(((.((((....)))).)))...((........)).....)))))))...))))))).....)).)))))))....).)))))))...))))))))...))...........(((((...((((((((((......))))))))))..)))))...((((((((((.(((..(((....(((....((((.((((....((((((((((...........)))))..))))))))).)))).(((((((((((.((((((((.(((((..(((((........)))))......((.....)).......((((.(........).))))....))))).))))).....((((((((....))))))))...))).)).)))))))))...((((.........((((((..((.((.....(((((.(((((((..........................)))))))((((.....((((((.(((..(((....)))....)))))))))......))))(((((((......(((((((((......(((((((.....)))))))....................((((....)))).......)))))))))............((((........))))....)))))))............)))))....)).)).))))))........))))((((((((((((...)))....))))))))).............)))......))))))))).)))))))))))))).))))......)))))((((................)))).....))))....)))))..)))))))..))))))).))))))))))).)).))).....)).)))))))))))))))))))).)).....((((((....(((((((((..............(((((....((.(((((..(((((((((......((......))..((.((((......((((.((((...(((((....)))))...)))))))))))).))..((((((.(((((((.....))).....((((((((..(((...)))..))))).)))...((((((..((((((((((((....))))))...................))))))....)))))).......((((((((((...((((..((......))..))))..((((.....)))).((((..........))))((((((((((((((...........)).))))))))))))))))))))))........)))).))))))........(((((((.......))).))))..)))))))))..))))).)).....))))).......(((.(((((..(((.....)))..)).))).)))(((.((((((.....))))))...)))..............(((((..((..((((((...((.(((((.((.(((..(..........(((((((((((((...(((.(((..(((.((((...))))....)))..)))...)))...))).)))....((.(((....))).)).))))))))..))).))))))).))...))))))..))..)))))..)))))))))....))))))..........)).))))))))))).).))))....)))))..))......)).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{,,,,,|,..{{..,,,,((,.{({{{....{{||,,,|,{(((({{(((((.((.....((((((.((((((...((((,,(((((((...............(((((....))))).(({..(((.((((....)))).)))..}.)|,{{,{((,{(,(((((..,,,{,(((((....{(.((({...,,{{{.......,,,....,,)},,.,}}})},},,,,.|||..,..,}|.|||,...{{{{{{....{||.....,,,..........))})))}}}}}...,,}},.....,{,,{....,||||...,{{,..((({{(((.(((((((..(((((,.{{(((..(((((,.,.({{(.((((.....)))}(((((((..(((((((((.......)))).))))).......,....((((((.(((((,({,((,(((((({{,,.,,,,||,,|{{{{(.((...,}},}}}|||{(((.((((((((((({,,,..,{(((,((........)).})}}|,,,.{,....}}.,}},....,,.....{{|||..,.{({.(({.,,.{......}.}}.)}}.}}}|...}.,,)))))))))))).)}}}}}}...}}}}}}))....(((((({......))))))){(((({{...((.(((((((((((((..........))))).....))),})))))){{{{{........,})))}.......,,....,{{,............,,,((((...(((((....)))))....))))........}))))))..........)))))..))))))..{{{{|,{{{,,{,.,........,}.})),}}}}}..((...((((((((....(((((((.(..(((((((.(((((((({...((({{({.(((.((((....)))).)))...||.......,}|{{{{,,}}}))),,.))))))}....,)}.}))))))....}.)))))))...))))))))...))...........{(((,...((((((((((......))))))))))..}})))...((((((((((.((({{((,...,,{{,..|||||.,{{..,,,})},.|||||......,....,||||,.{(((((((........((((((,......})}}}}...,{{..,{{{|,,...,}}}}))}{.{{{,((,....,,..,,},}}}}},},,......)))))))}..||{{|{|,,{(((.,.((((((((....))))))))...||,,,.{((,{{{((((((((((....((({(.,,,,{,..,..}},.}}}}}{{((((((((..,{.....................,)))))))),||.....((((((.(((,.(((....)))....)))))))))......}},.{((((((......(((((((((......(((((((.....)))))))....,{...........,||{({{....})},.......)))))))))..........{.((((.,....}.)))),...))))))}...........)))))))))},.{{{{........)))}.||.{.(((((((((({{...},,...,))))))))).,.......,}}.))),...},)))))))))))))))))))))))).)))),,.},.))))){{{{.,,,........,|,.}))).....))))}.,.)))))..)))))))..))))}}).})})),,}))}..},))).....))}}})))))))))))))))))).)).....((((((....(((((((((.,............(((((.,,.({.(((((..(((((((((.....,(.{(({......,,}|}}|,,|.,.((((.((((.,.(((((....))))).,.))))))))}}||{,.,.{(((((.((({{{{.....|||,,...({((((((..(((...)))..))))))})}...||||{{..{{{({{((((({....}))))).................,,}|}}|}....})}))}.,..,,,{(({{{{{({,||{{{{,,,..,,.......}|}|||,((({.{{{.||,{((((,....,,,}})})){|||||||{|||{,...........}}.})))))))))))})))}}})}}........}}|}.}})))}..,,....(((((((.......))).))))..)))))))))..))))).})...,.))))).,.....,{{.{((,(..(({.....}})..)).))).}||(((.{(((((.....))))))...)))},..,,.....,,.(((((..((..((((((...((.(((({{((.(((..{{{{{..,...((((({.{(((,,..{(,,.((({{(((.{{{,...,)))}...|||..,,,...)))...,,),))..,...}}|}))))},}..,,}})))).,...))).))))))).))...))))))..))..)))))..)))))))))...,))))))..........)).))))))))))}.}.}}}|,,,.}}}})}})}.,,}..,,.
Back