Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ERBB2IP_0021800

Sequence Length

861 nt

GC Content

0.3391

ACCUCAGAAAGUACUACUACAGUAAAAAGCAAAGUUGAUGAAAGAGAAAAAUAUAUGAUAGGAAACUCUGUACAGAAGAUCAGUGAACCUGAAGCUGAGAUUAGUCCUGGGAGUUUACCAGUGACUGCAAAUAUGAAAGCCUCUGAGAACUUGAAGCAUAUUGUUAACCAUGAUGAUGUUUUUGAGGAAUCUGAAGAACUUUCUUCUGAUGAAGAGAUGAAAAUGGCGGAGAUGCGACCACCAUUAAUUGAAACCUCUAUUAACCAGCCAAAAGUCGUAGCACUUAGUAAUAACAAAAAAGAUGAUACAAAGGAAACAGAUUCUUUAUCAGAUGAAGUUACACACAAUAGCAAUCAGAAUAACAGCAAUUGUUCUUCUCCAUCUCGGAUGUCUGAUUCAGUUUCUCUUAAUACUGAUAGUAGUCAAGACACCUCACUCUGCUCUCCAGUGAAACAAACUCAUAUUGAUAUUAAUUCCAAAAUCAGGCAAGAAGAUGAAAAUUUUAACAGCCUUUUACAAAAUGGAGAUAUUUUAAACAGUUCAACAGAGGAAAAGUUCAAAGCUCAUGAUAAAAAAGAUUUUAACUUACCUGAAUAUGAUUUGAAUGUUGAAGAGCGAUUAGUUCUAAUUGAGAAAAGUGUUGACUCAACAGCCACAGCUGAUGACACUCACAAAUUAGAUCAUAUCAAUAUGAAUCUUAAUAAACUUAUAACUAAUGAUACAUUUCAACCAGAGAUCAUGGAAAGAUCAAAAACACAGGAUAUUGUGCUUGGAACAAGCUUUUUAAGCAUUAAUUCUAAAGAGGAAACUGAGCACUUGGAAAAUGGAAACAAGUAUCCUAAUUUGGAAUCCGUAAAUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-161.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -179.60

Frequency: 0.0000

Diversity: 213.82

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..(((((...(.((((((((((((..(((..(((((((....(((.(........(((((((....))))).)).((..(((((.........)))))..))((((((((.......)))).))))((..........)).(((((((....((((.((((((((....((..((((((((((.((....)).)))))).(((.(((((((((((......(((((.((........)).)))))............................(((((..(.(((.(((.((.(......).)).))).))))..)).)))))))))))))).)))((((.......)))).))))..))...))))).))).))))....)))))))).)))...)))))))..)))..))))).))))))))......((((.(((((.((((((((((((...........((((.((......)).))))(((...(((((....)))))....)))))))))....)))))).................)))))...(((((.((((.((...........)))))))))))..((...((((((((....(((((((.(..(((((((.(((((((((...(((((((.(((.((((....)))).)))...((........)).....)))))))...))))))).....)).)))))))....).)))))))...))))))))...))...........(((((...((((((((((......))))))))))..)))))...))))...)))))..((((....(((((..(((((......)))))...)))))...))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

..(((((...{.((((((((((((...,,,...,,|,....{((((({,......,{(((({....})))).}}..,..(((({......,..})))}..,{((((((((.......)))).))))}......,,...{{.(((((((....((((.((((((((....,{,,({{{((({((,{{....}}.}}}|||{(((.(((((((((((,.,,..,{(((.((........)).)))}|.,,.{,....}}.,}}.....,,,....{{{{{..{.(((.(({.,,.{......}.}}.))).})),...}.,,)))))))))))).)))|||.....,,,,}}}.})))..},...}))})}})).))))....))))))).)}}}..}))),))))))))..))))).))))))),......((((.{((((.((((((((({.......||||.,{(({.,,......,,.,,,((((...(((((....)))))....)))),,,......))))))............,,,..}}}||,..{((((.{({,,{,.,........,),}))}))))).,||...{{||{{||,...(((((((.{,.{((((((,((((({{{{...((({{{,.(((.((((....)))).)))..,||.,...,,,}|{{|||}}}})))},.)))}}},.....}}.})))))),...,.}))))))...)}}}}}}}...}),,,........{(((,...((((((((((......))))))))))..}})))...))))...)))))..((((....(((((..(((((......)))))...)))))...))))