Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_ESR1_0004100
Sequence Length
1979 nt
GC Content
0.3876
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-463.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -503.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 435.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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