Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_ESR1_0004600

Sequence Length

1424 nt

GC Content

0.3764

GAGAAUCACUUGAACCUGGCAGGUGGAGGGGGCAGUGAACUGAGAUGGCGCCACUGCACUCCAGCCUGGGUGAUAGAGUGAGACUCUGUCUCAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAAAUAAAGUAACGGAUUCAUUUAGUGUUUCAGAAGGAUACUGAAGGGAGGGAAGGGCUGAUGAUGGUGCUACCUGCUGAUUGUAAUAGGGAAAAGCCCGUUUCUUUUCUGAAGGAGGUGAAGCUUGGGGUGAUUUAAGGAGAACAAAAUUUCAAUGAAAAGGAAUAGUGAUUUUGCAAAUAGUGGGCAGCUAACCUUUAAAUCAUUCUUACUGGGACGCAGGAGGAAGGAGAGGAAAGACCAAGAAUGGAGAUUAUGAUGAAGACAAGCUUGAUUGUUAACAAGCUUACAGUGACAGGUUUCAUAGUCCCGGGGUCAUAAAUACGCCAGACAGGUUGAGGUUUGGAAUGCAGCAUUUGGAAUAAAUUCUCCUGGUGAAGAGAUGCAAUGUUGAAUUUACGCAUUCUGUGAGCUGUGACUAUGACUAUACAUCUUGAACAUCUGAAAAAGCAGCUUUAAUUCAAAGGGUAAUUAAUUCCAAGAAUUUAACAGCUACAUUCAGAAAAUGACACUUGAGUCAUAUGGAUUAAAUAUUUAAGGAAUUCAUCUUUCUUUGUACUGUUGGAGAAUUAGUCAGGCUUAAUUAAACUUACAAAAUGCGUCUUAAGGUAACUUGGUAAGUGACAGGAAUAUAACAGCUGCAUAAGAAAAGCUUUAUUUGAAACAGUGGAGUCGAGGUUUAAUAUUCUUCUUUGGCGAUUAUAUGUAGGUUAAGCACAGGCUCUUCCAUACAUUCUCCUUGAAAGCUGAAAUAAUCAAGUCAUGAAUAUGUCCAAAACAAUUUUUAAAAUGUGAGGGGUACCCAUGCAUUGACCCCAUUUCAUAAAACCGAUUCUGUUUUUUUUUUUGUAAUUAAUAUCCAGAUACGGUCUGGCUGCAUGAAUAUAAAUUACGCAUUCUCAUUUUUAAUCUAACAAAAAUUCAUAUAUGCAAAGACAUAAUAAAAGUCUCCCCACUGUUUUCUCCUAGGAAUCUAGAUAAUUUGACUGUACACAACAGACUGUGGAUGGCUCCAUACACACUUGCACAUGUAUAUUGAUGACUGUAAAAUAUAUAUCUGUAUUAGUUUUCUAGGGCUGCCAUAAUGAAAUACCACAGGCUGGGUGGCUUAAACAACGGAAAUUAAUUUUCUCCCAAUUCUGGAAGCUGGACAUGCAUAAUCAAAGUGCUGGAAUAUUUGGUUUCUAGUGAGCCCUCCCUUUUUUUUUUUUGAGAGAUGGAGUCUUGCUCUGUUGGCCAGGAUGGAGUGCAGUGGCACUAUCUCAGCUCACUGAAACCUUCACCUCCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-406.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -432.01

Frequency: 0.0000

Diversity: 302.48

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.............)((((.(((((((((...((((((.(((((((((.((((((((((((((.(((((.((((((((((((((((((((((....................................((((..(((((.((........)).))))).))))(((((((((....((((((((((....(((..((((.((((..((.(((....(.(((.((((...(((((((((.(((((...))))).)))))...))))(((((.((((((.(((((((.(.((........)).).))))))).(((((((((((((((..((((....((.((((..(((.....)))..)))).))))))..(((((.....((((((((((((.(((((.(((((((........)))))))((((.....(((((.((.(....((((((.......(((((((((((..(((((((.(((((...))))).))))...))).))))..(((((......((((((((((((((((((.((((((...(((...((((((....((((.((((((((((...(.((((..(((((...(((........)))..)))))....)))).).))))))..(((((......)))))..............(((((((.......)))))))...)))).))))..))))))...)))......)))))).))))))).(((((....)))))...(((.(((...........)))))).......((((((((......))))))))..))))))))))))))))))))))).....(((((((...(((....)))...)).)))))....(((((............)))))....((((.(((.....)))))))....((((((.(((...))).))))))))))))....))).)))))....))))..))))).))))))))....)))).....)))))))))))...............((((....((((((........))))))......))))..((((.........))))..)))))))))))))))..))))).................(((..(((.(((((((((((.((......(((((((.(((((((((...........))))))))).))))..))).......))..))))).........)))))).))).)))............((((.....)))))))).))))....))).))....)))).)))).)))(((((((........)))))))...))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))))).))))).)))))))))))))).))))))))).))))))...))))))))).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.............)((((.(((((((((...((((((.(((((((((.((((((((((((((.(((((.((((((((((((((((((((((...,,,....................................................,,..||||{{{{{({,,,,||}}}}}|||(((((((,,(((((..((((.((((..((.(((..,.(.(({.(((,...,(({(((((.(((((...})))}.))))).,|}},}(((((.((((((,(((((((.{.{{........)).}.))))))).{((((((((((((((..((((,...{{.((((,.(((.....))).,)))},})))))..(((((.....((((((((((((.(((((.(((((((........)))))))((((.,...(((((.{{.{....((((((,......{,(((({{,,,.....||||}|{({{{{{|||||{,|,,....|||{}},,,}..}||||.||}}||||.,||.(((((((.((((((...({{...((((((....((((.((((((((((...(.(((({,(((((...(((........)))..))))),}}.)))).}.))))))..(((((......)))))..............{((((((.......))))))}...)))).))))..)))))).,.}}}......)))))).)))))))..{{((....)))}|,..(((((..((.(((..(((((|{.,{{{,,..((((((((......}))))))).{|||,,,.....,}})))),}}}|,....(((((((...(((....)))...)).)))))||..,,,},.)))))..))).))..)))))..,,.{,{.....,},..,,....{(((((.(((...))).))))))))))))....,,}.)))))..,,))))..}}})}.))}}}}}}.,..}})).....))))))))))}....,,....,,,..((((....{(((((........))))))......))))..((((.........))))..)))))))))))))))..)))))........,,,...{,.(((..(((.(((((((((((.((......(((((((.(((((((((...........))))))))).))))..)))......,))..))))).........)))))).))).))),,.........{((((.....)))))))).}}}|,|,,|||.}}....})}|.}}}}..,}||{{{{{......,,))))))).)))))))))))),,}}},))}},)))))))))))))))))))))).))))).)))))))))))))).))))))))).))))))...))))))))).))))