Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FAM120A_0006300

Sequence Length

2241 nt

GC Content

0.5663

GUCCGGGCCCACCAGCUGGUCUUGCCACCUUGCGACGUAGUGAUCAAAGCCGUUGCUGACUAUGUACGCAACAUUCAGGACACCUCUGACUUGGAUGCCAUAGCUAAAGAUGUUUUCCAGCAUUCACAGUCUAGAACAGAUGACAAAGUUAUUCGAUUUAAGAGAGCAAUUGGAUAUUAUUCAGCGACUAGUAAGCCUAUGUCAUUUCAUCCACCACAUUACUUAGCAGCCAGACCCGGUCCGUUUGGAAUGCCUGGGAUGGUGCCGCCGCAUGUUCCUCCUCAGAUGCUCAACAUUCCGCAGACCUCUCUGCAAGCAAAGCCCGUGGCCCCACAGGUGCCCAGCCCAGGGGGCGCCCCGGGCCAGGGUCCAUACCCGUACAGCCUCUCUGAGCCAGCACCUCUCACUUUGGACACGAGCGGGAAGAAUCUGACGGAGCAGAACAGCUACAGCAACAUUCCUCACGAAGGGAAGCACACGCCGCUGUAUGAGCGGUCCUCGCCCAUCAACCCGGCCCAGAGCGGCAGCCCCAACCACGUGGAUUCCGCCUACUUCCCUGGCUCUUCUACAUCGUCAUCUUCCGACAACGACGAGGGCAGCGGAGGGGCGACAAACCAUAUCAGCGGGAACAAGAUUGGCUGGGAGAAGACGGGAAGCCACUCAGAGCCUCAGGCACGAGGAGACCCAGGAGACCAAACAAAGGCAGAAGGCUCGUCCACUGCCUCUUCAGGAAGCCAACUAGCCGAAGGCAAGGGAAGCCAGAUGGGCACUGUCCAGCCAAUCCCGUGCCUCCUGUCGAUGCCCACCAGGAACCACAUGGACAUCACCACACCUCCCCUGCCCCCCGUCGCACCUGAGGUGCUGAGAGUGGCCGAGCACAGGCACAAGAAGGGGCUGAUGUACCCCUACAUCUUCCAUGUCCUGACGAAGGGUGAAAUCAAAAUUGCUGUUUCUAUUGAAGAUGAAGCCAACAAGGACCUGCCUCCGGCCGCUCUGCUCUAUAGGCCAGUUCGUCAGUAUGUUUACGGAGUCCUGUUUAGUUUGGCAGAAAGCAGAAAGAAAACUGAGAGACUUGCUUUUAGAAAGAACAGACUUCCACCAGAAUUUUCACCAGUGAUCAUUAAAGAAUGGGCAGCUUACAAAGGAAAGUCUCCUCAAACCCCGGAACUGGUUGAAGCUCUUGCCUUCAGGGAGUGGACCUGCCCCAACCUGAAGAGGCUGUGGUUGGGUAAGGCGGUAGAGGACAAGAACCGCAGGAUGAGGGCCUUCCUGGCCUGCAUGAGGUCGGACACCCCAGCCAUGCUCAACCCUGCCAACGUGCCCACUCACCUCAUGGUGCUCUGCUGCGUCUUACGGUACAUGGUGCAGUGGCCGGGAGCACGCAUCCUUCGGCGUCAGGAGCUAGAUGCCUUCCUGGCUCAGGCGCUGUCCCCCAAACUCUACGAGCCUGAUCAGCUCCAGGAGCUCAAGAUUGAGAACCUAGAUCCCCGAGGAAUUCAGCUAUCAGCUCUCUUCAUGAGUGGAGUAGACAUGGCCUUGUUUGCAAAUGAUGCAUGCGGACAGCCAAUCCCCUGGGAACACUGUUGUCCUUGGAUGUAUUUUGAUGGGAAGCUCUUCCAAUCCAAACUCCUCAAAGCCAGCCGGGAAAAGACCCCACUCAUUGACCUCUGUGAUGGUCAGGCUGAUCAGGCUGCCAAGGUAGAGAAGAUGCGCCAGAGCGUCCUCGAGGGGCUCAGCUUCUCCAGGCAGAGCCACACGCUCCCUUUCCCGCCGCCACCUGCCCUGCCCUUCUACCCUGCCUCUGCGUACCCCCGGCACUUUGGGCCUGUCCCACCCUCUCAGGGCAGGGGCAGAGGCUUUGCAGGCGUCUGUGGCUUUGGAGGCCCCUAUGGGGAAACGGUAGCAACAGGCCCUUACCGUGCCUUCCGUGUGGCGGCAGCAUCGGGACACUGCGGAGCCUUCUCAGGCAGUGACAGCAGCAGGACUAGCAAGUCCCAGGGCGGAGUCCAACCUAUACCUUCUCAGGGAGGCAAACUAGAAAUAGCUGGCACUGUGGUUGGCCAUUGGGCUGGGAGCAGGCGGGGCCGUGGGGGCCGGGGGCCUUUCCCCCUGCAGGUGGUUUCUGUCGGAGGACCAGCUAGAGGGCGUCCAAGAGGAGUUAUUUCCACCCCAGUGAUUAGAACAUUUGGAAGAGGUGGAAGGUACUAUGGCAGAGGUUACAAAAACCAGGCAGCAAUUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-814.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -855.11

Frequency: 0.0000

Diversity: 604.28

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.(((((.(.....((((((((((.....((((((((((((.(.(((.....))).).))))))).)))))....))))))...((((((((((((((...(((.......))).....))))))).)))).)))..((((((((.((.(((((((((.........))))))))).......((.........)))).))))))))...................))))..).))))).)(........(((((((...(((((((((.(((((((.(((((...((((.........(((((....))))).......((((.((((((....(((((((........)))))))..))))))))))...((((((((((((((((......(((((((((.....(((....)))(..((((((...((((((.(.((((.((((...................(((((((.....((((((.....))))))....(((.........)))..((.((((...((.(......).))...)))))).))))))))))).)))).).))))))))))))..)..(((((.((((((.(((((((.((....((((....(.((........((((.((((....(((((((.((.((.....((((..(((....((....((.(((((.........(((((..((.....)).)))))))))).))...)).....)))..))))..((((.((....(((((...)))))))...)))))))).)))))))....))))))))...)).)))))...)).))...))))).))))))..))))).....)))))))))((((((((((((..((((.......(((((........))))).(((((((.(((((((.....)))).(((((((....))..)))))))).)))))))...((.....)).)))).)).))))))))))..((((.((((.((((..(((((...(((.(......(((((......)))))......).)))...)))))..)))).)))).))))......(((((((.(((((...((((...(((..(((((....)))))...))).....((((.....))))........))))))))).)))).))).....(((((..(.((......)))..)))))))))))))))..)))))).))))...)))))...)))).(((((.(.(((.....))).))))))))).)).))).))))..(((...))).((((((((((..(((((......((((..(((((((((.((((((((..((...(((((((...(((((((((...(((((((((.......))))...))))).)))))))))...)))))))...))...((((((((((((((((((((..(((..((((....))))..)))........(((((....((((...)))).)))))((((((((.(((((((......)))))))....(((((((.((((((((...(((....))).....)))))))..).)))))))..(((.((((....)))).))).....((((...........)))).......))))))))(((((........)))))))))))))))))).)....)))))))))))))).))))))).))..))))(((((.((((....)))).)))))....((((((((...(((((((((((((...((((((...((((((((..((.....((((((.((...((((((((((.((((...))))..))))))((((((((((((..((((...(((......(((.(((((.((((((((((((.....))...))))))...)))).))))).))))))....)))).)))))))))))).....((((((.((((....(((((....))))).(((..((...))..)))...(((((....))))).............)))).))))))....))))...)))))))).))))))))))....)))))).(((((.....))))).)))))))))((((((.((....)).)).))))))))...))).)))))...(((((((((((((.......)).))))....))))))))))))..)))))).)))).......)))))))........)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.(((((.,.....((((((((((.....((((((((((((.(.(((.....))).).))))))).)))))....))))))...((((((((((((((...(((.......))).....))))))).)))).)))..{(((((((.{{.(((((((({.........})))))))}.......{{...,,|,..,,)).)))))))}................,,,)})}..}.))))).)(...,,...(((((((..{{,,((({({{,..,,.,((((((.(((((((....,{((((((({{.,|{((({.{.{{{((((.(((((((.{.((,((((.((((.((((...)))|))))..)))}}}...,}(((((((({{{((((..,(((,,,{((((.({({(....)))).)))},}...})).})),|.}),...((....}}....{((((......))))}({....}|.))))))}}.{((({((,((((......((((((((((.,.((,....{((((((({{(((((((({{,...,,{({((,.({{{{{..{(((,.{{....}}..}})},((((((((.(((((((((.............(((((({...({{({((((((((((,.,{((({(,{.,{({(.(((({{((,.(({{(.,..,({((.(,.........(((((..(({{..{{{.|,||||,,,|,}},,}}}..}}.))){.{((((.((({.((..,.(((({...)))))})...)))),)))})|||||,{{{{.{{{.,,|,.....).))).}}}}.,,...,|}},}))),...,).)))..}}}))))),)))|((((((((({(..((((,......(((((........))))).(((((((.{{{,(((.....)))|,(({{,{,....,}.,}))))}}}.)))))))...{{.....)}.)))).))})))))))))}..((((.((((.((((..(((((.,.(((.{.,..{.(((((......)))))....}.,,))....)))))..)))).)))).))))..,....|.}}}}}.,..,..}}}}}.}}}}},}}|......{{.||{{{{|{{,....,{{{..,..)))},...,{..,,..}})))}}},||,...))||||(((,.(,((....,|}}}..))))))),(({.{,(((((((({.((((({,{.{(....,,.,,(((((.({,(((,,.,||,|||||,},,.,})))||...}))},})).)))))},)))})))..,.)))))).,}.((((..(((((((((.((((((((..((...({(((((..,(((((((((...((((({({{,,,....}}}),..))))).))))))))),..))))))).,,},...((((((((((((((((((((,.(((..((((....))))..))).}......(((((....((((...)))).)))))((((((((.(((((((......)))))))....{((((((.((((((((...(((....))).....)))))))..).))))))},,(((.((({....)))).})).,,..{{{{...........)))}.......))))))))(((((........)))))))))))))))))).)....)))))))))))))).))))))).))..))))(((((.(((|....}))).)))))....},,,.,,))))))))))).))).)}))))))}}....(((((..((({........(((((...(((((((((((.((((...))))..))){((((.((({...|))).))))).(((,{,,...((((...))))...),).))).)))))))).....))))){{(({||||||,,.,))}.))))}((((((.(((....)))..)))))).},)..)))))..})).)))..))))))))))))))).,.....(((((....)))))....((((......))))...})))))))))).)))))))))).,..)))))))))))}))))))).))),.}}},}.},}))))).)),.}))).})))),.....,,...)))))))...))))))...{(((((((((((((.......))}})))....)))))))),.},..})))...))).,)}....))))))).,......)