Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FAM120A_0007400

Sequence Length

1244 nt

GC Content

0.5796

CAGCCAGACCCGGUCCGUUUGGAAUGCCUGGGAUGGUGCCGCCGCAUGUUCCUCCUCAGAUGCUCAACAUUCCGCAGACCUCUCUGCAAGCAAAGCCCGUGGCCCCACAGGUGCCCAGCCCAGGGGGCGCCCCGGGCCAGGGUCCAUACCCGUACAGCCUCUCUGAGCCAGCACCUCUCACUUUGGACACGAGCGGGAAGAAUCUGACGGAGCAGAACAGCUACAGCAACAUUCCUCACGAAGGGAAGCACACGCCGCUGUAUGAGCGGUCCUCGCCCAUCAACCCGGCCCAGAGCGGCAGCCCCAACCACGUGGAUUCCGCCUACUUCCCUGGCUCUUCUACAUCGUCAUCUUCCGACAACGACGAGGGCAGCGGAGGGGCGACAAACCAUAUCAGCGGGAACAAGAUUGGCUGGGAGAAGACGGGAAGCCACUCAGAGCCUCAGGCACGAGGAGACCCAGGAGACCAAACAAAGGCAGAAGGCUCGUCCACUGCCUCUUCAGGAAGCCAACUAGCCGAAGGCAAGGGAAGCCAGAUGGGCACUGUCCAGCCAAUCCCGUGCCUCCUGUCGAUGCCCACCAGGAACCACAUGGACAUCACCACACCUCCCCUGCCCCCCGUCGCACCUGAGGUGCUGAGAGUGGCCGAGCACAGGCACAAGAAGGGGCUGAUGUACCCCUACAUCUUCCAUGUCCUGACGAAGGGUGAAAUCAAAAUUGCUGUUUCUAUUGAAGAUGAAGCCAACAAGGACCUGCCUCCGGCCGCUCUGCUCUAUAGGCCAGUUCGUCAGUAUGUUUACGGAGUCCUGUUUAGUUUGGCAGAAAGCAGAAAGAAAACUGAGAGACUUGCUUUUAGAAAGAACAGACUUCCACCAGAAUUUUCACCAGUGAUCAUUAAAGAAUGGGCAGCUUACAAAGGAAAGUCUCCUCAAACCCCGGAACUGGUUGAAGCUCUUGCCUUCAGGGAGUGGACCUGCCCCAACCUGAAGAGGCUGUGGUUGGGUAAGGCGGUAGAGGACAAGAACCGCAGGAUGAGGGCCUUCCUGGCCUGCAUGAGGUCGGACACCCCAGCCAUGCUCAACCCUGCCAACGUGCCCACUCACCUCAUGGUGCUCUGCUGCGUCUUACGGUACAUGGUGCAGUGGCCGGGAGCACGCAUCCUUCGGCGUCAGGAGCUAGAUGCCUUCCUGGCUCAGGCGCUGUCCCCCAAACUCUACGAGCCUGAUCAGCUCCAGGAGCUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-430.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -452.99

Frequency: 0.0000

Diversity: 360.56

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((..((((...(((((......((((((.((.((........)).))))).)))..(((...(((((.(((((....))))).......((((.((((((....(((((((........)))))))..)))))))))).(((((.((.((.((((....(((((((((((((.....(((....)))(..((((((...((((((.(.((((.((((...................(((((((.....((((((.....))))))....(((.........)))..((.((((...((.(......).))...)))))).))))))))))).)))).).))))))))))))..)..(((((.((((((.(((((((.((....((((....(.((........((((.((((....(((((((.((.((.....((((..(((....((....((.(((((.........(((((..((.....)).)))))))))).))...)).....)))..))))..((((.((....(((((...)))))))...)))))))).)))))))....))))))))...)).)))))...)).))...))))).))))))..))))).....)))))))))((((((((((((..((((.......(((((........))))).(((((((.(((((((.....)))).(((((((....))..)))))))).)))))))...((.....)).)))).)).))))))))))))))...))))..)).))...))))).....((((((.(((((.((((......))))..........(((((((.....)))))))...)))))))))))(((..(........)..))).........)))))...)))......((((.....))))))))).))))..))))))).((((((((.(((((((..(.((......)))..)))))))((((((((((((((....(((((...........)))))((((((.(((((.....)))))(((((.(.(.((....)).).))))))....(((.((((.(.((((((...(((....(((((......)))))....)))...))).)))))))).)))......)))))).(((((((..(((((((........))))))).)))))))...)))))...)))).))))).........))))))))....

Thermodynamic Ensemble Prediction

((,(((({{,,,,...||||||..}|{,,(((({((((({{{,|{|{{{,|||{|{|,|,{{{,...,,,,..(((((....))))).......((((.((((((....(((((((........)))))))..)))))))))}.,.((({(({(({((((,,..{{{{(((((((((...,,(((....)))}.,((((((...((((((.(.((((.((((..........,,.....,.{((((((.....(((({(,.,,,}|||}}...,||{,,,.....,)))..{(.((((.,.{({(......).)).,.)))))).))))))))))).)))).).)))))))))))).....(((((.((((((.(((((((.({....{{{{..,.(,(({,.{..,,(((({((((....{{{(({,.{{|,{,,...((((..(((..,.((....({.((((,........,(((((..({.....)}.)))))))))).))...))..,..)))..))))..{{|{.{{|...{{|||.,,}))))))}}}))}}))},.)))))),,,,.}||}}}}),..,}.}})))...)).))...))))).))))))..))))).....)))))))))(((((((((({(..((((,......(((((........))))).(((((((.{{{,(((.....)))|,(({{,{,....,}.,}))))}}}.)))))))...{{.....)}.)))).))})))))))))),,||{{.||((.{(((,.{{{((,,.,,{.,,{,,{.(((((,..,,,}}}}}.,..|.|.,,....})))}..}}}).)))).))))..|,,}|||||||,{{,,{....,{{...,{|}.{{{{,....}}))}|,.}}},....{{{{,,,..)))),,,,,.,,}),,)))))})}||{|||,|.{{(((((..(.((......)))..)))))))})}}}|}|,,||||}}.||{{({.|,|,,.....}}|||((({((.((({{..,,.|||||{{{{{,|||,||....})},,}},|||{...{({.(((,.{.(((({{...(((....|||{{...,..)))}}....)))...})).)))})))).)))}}},.,)))))}.||||(((.,(((({{{..,,....)))))}}.)))))))}}}}.....{{||,,{{||,,.....}}}},,))))}}...}