Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FAT3_0005700

Sequence Length

1057 nt

GC Content

0.4333

GUUGCAGUAAGCAGAGAUCGUGCCACUGUGCUCCAGCUUGGACAACAGAGCAGGACUCUGUACACCCCUCCCUGCCCCGCAAAUGGAGGCUUUAAGCCCAAAGAGCUCUCAUCACUUCAUUCAUUCCCAUGCAGCAUAAUAGCUAGGUGAUGAUUGUAAUGAAGUUGGGAUCAUUGUCAAGGCCCAGGUUCCCUAGAAAACAGAACCUAAAGGAAAAGUUACAGUACAUGCUAAUGUUUUACUAAUCACAGGGGAGCAAGAGUGAGGAAAAAGAAGUCAUAUGGGAUGAAAUGGAGACCACAUAUAAAUUCGUGUGUUUUUAAGUUGGUCACAGCUUCACAACAAUACUCAGCCUGUUUUCAGUUGCUCUGCCUGUCUCCAGAGAGGGCACUGAGAACCACUCUAUUUUGGACCAUUUACCUGGAGUUGGAAGGAAGGGUAAGCAGUUUCUCUGCUGCCUCCUGCCCAUUUCUGGCCUUUUAUUGGUCAAAUCUGCCACAUAGACCAUUAAGUCACAAAACUUCUGGGAAGUACUAGUGGGAAGCUAGUACUUCUGUGGGUACCAUCUGGUCAGUGUUCACAUUACUAUCUGUCUUUUAUCAAUGAGUACUGGAUUGGGGGGCUUCCUUAUUCUGUGGUAGGAACAGAGAGUUCUUAUCAGGGAGUAGGGUGAACAGUCGAUGUUUAGGUGUCUGUGGUACAGGUUGGCCUGAGCAGAUCUCGGUGUUGCACAAACUGGACCUGGAAAGAGAAUUGUAAUGCACUUUGGAAAGAUUUUUUAAAUCAAAAAUAGAAAAUUAAAAAAACAAAACAAAGCCCAUAAAAUUAUGAUGACCAUCUGACAGGCUGCUCAACUACUUGGAAAACUGAAGUGUGCAAAAUGACACAUUUCCCAAGGGUUCUGGUUUAUCAAGGUUUUGUGAUCCCUCUGUCUCUGGAACCUGGACUGCUUAGAACUACAAAGAGGAAAAGUAGCAGCACUUUGCGUUCUUUGAUUGACAUGGGCAAACAAUUUUUUUUUUUUCUGAGACGGAAUCUCACUCUGUCACCCAGGCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-314.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -333.99

Frequency: 0.0000

Diversity: 170.70

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.((((((..(((.......))).))))))..)((((((((...((((((..(((.(((((.....(((((.(((...)))...)))))......(((((......(((((..((((((((((.((.(((..(((......)))..)))..)).)).)))))))))))))....((((((((((((((((((..(((..(((((..((((((.....((((((((((((....))))....(((((..((((((..(((((..(((......(((...(((((((............)).)))))...)))(((((((...((((((....))))))...))).)))).......(((((((((.(((((..(((....)))..))))))))))))))..)))..)))))..)).....))))..))))).((((..((((.((((.....))))))))))))((((((...(((((.......)))))..((((.....))))(((..((((......)))).)))(((((((((((.....))))))))))).)))))).(((((((((..((((..(((((...(((((.(((...(((((..(((((......(((.(((.(((((((((.((((((((((.....)))))))))).)))))))))((((((.....))))))))).)))..)))))..)))))...))))))))...))))).))))..))))))..))).......))))))))...))))))...(((((((((.........)))))))))...........((((((((((((....)))).........(((.((((((...((((.(((((......((((((((((...)).))))))))))))))))).)))))).))).))))))))......))))).))))))))))))...)))).......(((((((..(((((......)))))...)))))))..)))))))))).......................))))).)))..))))))...))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.{(((((..(((.......))).))))))..)((((((((...((((((..(((.(((((.,...(((((.(((...)))...)))))......(((((..,.,.(((((..((((((((((.((.(((..(((......)))..)))..)).)).))))))))))))).}..{(((((((((((((((((..(((..(((({.{{....}}....{{,..{{,((((....)))).,,}}}......{((((.((((((.(((.{((..((((.{,..((((..((((((((((..,{{{{........|||||{,...((((((....))))))...,,,..,,,.......((((((((,{(((((..(((....)))..))))))))))))))..))))))))))..))))...{(,((((.(((.((({.,(((,{((((.....))))))))))))..))),)))})).........(((({{,(((((((((.(.(((...,{{{......}|}|,..((((((((((((.....))))))))))))..}|||.((.{((((((((((((((.......................))))))))}}))))))})}},.(((((((((.((((((((((.....)))))))))).)))))))))((((((.....))))))))).).))))),.})))))))))(((((((.,,,((((.........))))),((((...(((..(((((((((..(((((....,.((((((((.((.......))...)))))))).,....)))))..)},...,})))))).....)))..))))))))))).,..(((((......(((((((({,...,).)))))))))))))),))))..))}.))}.,.))))))..))))))))),)}})))))))))...)))}.......(((((((,.(((((......))))).,.))))))).,))))})))))....................}.,))))).)))..))))))...))))))))