Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_FAT3_0006100
Sequence Length
2334 nt
GC Content
0.4066
CGGAUGUUUUCCUGUCUCAGAUAAUUCUCCUGCCUGUUGAUAUUACACUAUUCAAUAGAAAUGUGUGUUUCAAAAGAACAGACCACAUACUCUUUCAGGUUUGGAUUGGAUGCUUUUAUUUAAAUACUUCCCAAAGAAUAAUUCUUCAGUUUUUUGUCAAAUACCACUUUUAAUGUUGUAACUUGACUAUCACUUGAAUGUCACUUCGAAUUUAACUCUUAAUUUUGGUGGCUUGCUAUUUAGUAGUUUCAUAUUGCUGAGAGCCUAAACAUUAAUAGGUAAUUUUUUUCUAUUUUUUGAUAAGAAAAUAUUCAGUUUCCAUUUAUUCAGUUUUUAUGGUCUGCAAAAUUAGAGAAGAUGUCUGGUUCUGUAUUAGGAGGUUUUAAUUUGUUGUUUAAAUAUCUAUUGAGCCUCUUUCAGUCUGUUUGUGCAGUGAUCUAAGCUUGCAUAAGGCAUCUGAAUUAUUUUUUCAGCUUCCCCCUGUUUUAUUGGCAAGUGACCGUGUGUAUGGUAAUUGAGCAAUUGUGUGCUUACAUGGAUUUAUGAAAUUUGCAUGAGCAACUUUUAGAGAUCUUACAUUUUUGUCUCUAAGCAGACUUGAAGAGGAAGCUUUCUGAAAUAUUGUCUUUUGCUUAAAAUUAUAUUUUUGCUUUUUAUUGAGAGACAAUCGACCUCAAAACAUUGAAGAUUUGUUUCCCUUUCCUCUUGGCUAUAUCUUCUGUUUUUGUUCUCUUGAGGACUGAGUCAACUCUCCGUCUCUAAGUGGGGUAGGUGAAAUGCUAAGGCAAGGGAUAGGUCAUGGGCUCAGCCCCAGGUAGAGGAACAGGCAGCGAGCUGAGCCCUCAUAGCUCCUCCUGAUGCUCAGCUGCUAUUUUUUCCUCCCUGUUUGACAAAUGAAGACACUGACAUUUAGACAGUGAGAGAUCCUUUGUCUGAAUCAGCCAACAAGUGUGAUGGAACAAAGUUGCGAACGCAGGUCUGACUGGCAUUACAGGCUGUGAGCUGUACCUGGUGCCCCUUUGUCUGUAAGUGAGCAAACCUUUAAGUAAUGUAUUACUGGGCUCUCUGGUCAACUUUUUUUGACUGUGCCAUCAGGGAGACGCACAUGUCUCAGGGAGUUUCCUUUGCCUAUACUCCACAAGUCUUUGGAGUACAUCUAGUUCUCCUUCCAAUGACCAGUGAGAAAGACAAGUUUGCUUUCUUUAUUUCACAACCUCUUUCCACAACAAUUUUUCUCCUUGUUCAAGUUCCAACUCACUUAUUCCUGAAAUGGGCUCUACUAGCCCCUGGAUGUUUUGCCUGCCACUUCAAAUUCUAUUUCUGCCCCUGUUUCUUGCUCAUACUUCGCUGAGCCUCCUUCACUUUUUCAGUGCCUGGAGCAACUUUUGAUGGAAAAGUGCUUGUGUUGAACUUGGGCCCCUCUAGGUUGAGCCAAACUCCAUCUUGAAGCUAUAGUUCCUUUUCAGUAACUGACAGCAUCUGUGAAGGCCCUAUGAAGGGAAUGGGGUUAAAGGGCCUUUGAAGAGGAGAACUGUGGCAGGGCACAUAGGAUGGAGGAGACAGGAGAGAGUUCUUUCAAAGGAGGUGAGUGCUUGACCAGAGGCUGAGGGCAGGAAGCAAGGGUGUAUAAGUGUCUAUAAAUGUUGUGUUGGGUGUAGAAGGGGGUGUAGUAAGAGGAACAAAAGGCUGAAAAGAAGGCUGAAGGUGGGAUGUAGAGCCUGGAAUGUGAACAUGGCUUUGGACUUUCUUCUUUUUUUCAGCAAAGAGCUGCUGGGACUUGGUGGCAGGGAAGACUUUGCCUUGUAUUGUGGCUGGCACAGUCUAUCAGUAGAUAUUCGUUGCAUGGCUAGUGGUCAAAUCAGUUGUCUUGCAAGGGACGUUGACCAGACUAGAGGUAAAUGACUGGAGGCAGCAUCACUGAAUAGGAUAUUAGUGUUAUUCAUUCUUCCCCCUUCUCUAUGUCUGUCACUCAAAGGAAACUUGAGAUUCACUAAAGGACAAUGGCUCUGGAAUCAUAUUUCUAUUUGAUGUGUUUACACUAAAAGCAUUUCAUUUAUAUUUAGGAGAAAUAAUAGCAAAGACUGUAUGGAGUAUAGGCAGAGGAAAAUCUCUGAGACAUGCCUAUCUCUCUUCCUCUCUUCCUGUCUUUAGUGUGUCCUGAGACAAUAAUCAGCAAAAUACACUGGACAGCCAUGGAUUCCUCCAAGUCAGUACUUUGCAAGCUGAGUUAUGACCCUAUACACGGAUCAUGCCAUGAAGUUAGUCGGUUGCAAAGAGCAUUGGAAAUGACACAUAAUAAAAUAUAAAACAGCUCAUUGCAUUGCCAUCAUAAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-682.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -729.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 491.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((.((((..(((((.......(((((((((((..(((((..(((....)))..))))).(((....)))((((((.............))))))....(((.(..(((....)))..).))).............(((((......(((((.(((.((.......)).)))..)))))......))))).((((((..(((((........))))).))))))..(((.(((((((((.....))))))))))))......))))))))))).........)))))...)))).)))))))))).)(((((((.............))))..((((.(((((((.......))))))).))))...((((((((.....((((.....))))......))))))))(((((..((((((((((((.......)).))))))).))).)))))...................(((.(((..(((((..((((((((((((.(((((((.(((..(((((((((.((.((((((((((....((((....)))).(((((((((.((..(.((((.((((......))))..)))).)..)).))))))))).(((((((((((..(((((.............))))).))))))))))).(((((...((((.........))))((((((...(((((((.((.((.((((......((((((((.((((.(((......))).)))).)))).)))))))).)).))))))))).)))))).)))))..((((...))))((((..((((((.(((.(((.((((((((..(((..........))).))))))))))).))).))))))))))..........(((((..((((..(((((((((.((....))..))))))))))))).......((((..((.(((...))).)).))))((((.((.((.((.((((((((...(((..((((...))))..))).)))))))))).)))).))))...(((((....))))).(((.(...((((((......))))))).)))...(((((((....(((((((((((((.((((((((((((((((((((..((((((((..((.....((.(((((((.(((.((.((((((((.....(((((((.((((...................................(((((((((((((((((.(((......(((......)))((((((((((((((........((((((.(((..((.....(((((.((((((((((((((((((.((((((..((((((((((((.(((((((((...)))))(((.(((((.....))))))))(((.(((.(((((((......))))))).)))))).((((((((((..((((((((((((((((........((((...))))(((((((((.(((...........))).)))))))))))))))))..))))))))........)))))))))).......(((((....))))))))))))).))).)))))....)))).)).))))))))))).)))).))).)))))........))..))).)))))).....)))))).)))).)))).........(((((((((((((..(((((.....(.(((((((((.........)).))))))).)))))).)))))))))))))...)))....))))))))))..)))))))(((((.((((..((......)).)))).)))))(((....))).(((.(((((.(((.(.((((...)))).).))).))))).)))...((((.((((((((((...(((.(((....))))))...(((((((.((....)).)))))))...........)))))).))))))))...)))).)))))))...))))))...)).)).)))...(((((......)))))..(((.((((((.......)))))).))).........))))))).))))..))))))))...)))))))))))))))))))).)))))))))))))....))))))).....)))))((((((..(((((((.((((........))))....))))))))))))).))))))....)))).)).)))))...))))))).))))...))).))))))))).))))))))..))).)))..((((((((.((((..((..........................)))))).)))))..)))......)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((({({{{{{,(({{..(((({,.,,...(((((((((({..{((((..(((....)))..))))).,{|....}},((((((.............)))})),.{{(((.{..{{{....}},..,.},}.,|{{{{...,}}|{((({.....(((((.(((.((.......)).)))..)))))....},}}))}.((((((..(((((........))))).))))))..(((.(((((((((.....))))))))))))......})))))))))}.........}}}},...)))).)))))))))).}{,,{{{{..,.......,..})))..{(((.(((((((.,...,.))))))).)))}..,((((((((,{{,.((((.....))))...,},))))))))|{{{{..{{{(((((((((.......))}})))))))})}.}}))}.........}}|,..,,..{{{,(((,.(((({.,((((((((((((.(((((((.(((..{((((((((.((.((((((({((..,.((((....))}|,{{(((((((,{{..,.,,,,.||||},,,,.}}|}..|}||{{{{||.}}}}}},...(((((((((({..{((((..,......,}..))),}.,)))))))))).{{{{({{{,,,,,}},.,,,,||,,((((((.,,({{((((.,{.((.{(({......,((.((((.((((.(((......))).)))).)))).))))}))).)).,,))))))).)))))).)))))..((((...))))((((..((((((.(((.(((.((((((((..(((..,.......))).))))))))))).))).))))))))))..,.......,,,,...((((..(((((((((.((,...}},.))))))))))))),{,.{..,,,|}.||},,|..,)}}||..,,))||||,(({,({(({((((((((...(((..((((...))))..))).)))))))||,{|||,.,||....((((,....}))))}|||}}.}}((((((......)))))))})))}}}||(((((....(((((((((((((.{(((((((((((((((((((..((((((((..({.....{{.(((((((,(((.,(.(((((((((((({,{,{..,,}}}}}},...,,,,,..,.,,,,||,.............(((((((((((((((((.{,(.{{{..{((......))}((((((((((((((.....,,.{(((({.(((..((..,..(((((.((((((((((((((((((.(((((({,{{{(((((((((,(((({((({...}}|||((,,(((((.....))))))))|((.(((.((((((({....,))))))).))))),.((((((((((..(((((((((((((((({.....,.((((...)))),{(((((((.(({...........))).)))))))))))))))))..))))))))........}))))))))).......(((((....))))),))))))),})).))}}.....)))).)).)))))))))))},))).))).)))))...,,...))..))).}))))}.},..)))))).)))),,))).........(((((((((((((..(((((,....{.((((((({{.........)}.))))))).)))))).)))))))))))))...))).,,.)))))))))}..)))))))(((((.((((..((......)).)))).))))){{{....}}}.(((.(((((.(((.(.((((...)))).).))).))))).))).,.{((,{((((((((((...,,(.{{({,,,}}},,,,,,((((({{.{{...,)),})))))}..,,,,.....)))))).)))))))}((({{{(....))))))..,|.,....)),,,.))),..||||{......}}}||..(((.((((((.......)))))).)))..,,.....))))))).}}})..))))))))...)))))))))))))))))))}.)))))))))))))....))))))),,,}}},.,.((((({.,(((((((.((((........))))....))))))))))))).}}}))}....)))).)).)))))...)))}))).)))),..))).))))))))).))))))))..))}.}}}..||{(((((.((((..{{..........................,,)))).)))))..)))...,,,)))
Back