Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FGD4_0003300

Sequence Length

1028 nt

GC Content

0.4416

UGCCUCCAAAGCCAUUACACCUGCAGAAUUCACCUUCGUCCAAUAUACACCAAACCCCCAGGCAUAAAGCUUUACCUAGUGCAAAACCAAGGAUGGAGGAAAUUAAACCUGCCUCUGCUUCUUGUGUCUCAAAAGAAAAACCCAGUAAGGUAUCAGAUCUCAUCAGUCGCUUUGAAGGAGGCAGCUCAUUAUCAAAUUAUAGUGAUUUGAAGAAAGAGUCUGCUGUGAACCUAAAUGCUCCUAGAACCCCAGGAAGGCAUGGAUUGACAACCACACCUCAACAAAAACUCCUCUCCCAGCACUUGCCACAGAGGCAGGGAAAUGAUACAGAUAAGACUCAGGGUGCACAGACUUGUGUGGCCAACGGUGUAAUGGCAGCACAAAACCAGAUGGAAUGUGAGGAGGAGAAAGCUGCCACUCUUAGCUCAGAUACUUCUAUUCAAGCUUCUGAACCCUUGCUUGAUACGCACAUAGUGAAUGGAGAAAGAGAUGAAACUGCCACAGCUCCUGCAUCACCCACAACAGACAGCUGUGAUGGAAAUGCUUCUGACAGUAGCUACAGGACUCCAGGCAUAGGCCCAGUGCUCCCCCUAGAAGAAAGAGGGGCAGAAACAGAAACCAAGGUACAAGAGAGGGAAAAUGGGGAAAGCCCUCUGGAACUGGAGCAGCUGGACCAGCACCAUGAGAUGAAGGAGACUAAUGAGCAAAAACUUCACAAAAUAGCCAAUGAACUUUUGCUUACUGAAAGAGCUUAUGUCAACCGACUUGACCUCUUAGAUCAGAAAAUAGAGUGGAGGUGAAUUUAGAAAAUUAACAACCAUCUGGACAUUAUGAAGGAAUAGACCUCCUUCUGCCUACAUGUAACAGAAUGGCAAUUAAGAGGUAUUUUAUUGCAAACUGUUGGAAGAAGCAAACCGAGGCUCGUUUCCAGCAGAGAUGGUGAAUAAAAUCUUUUCUAAUAUUUCAUCAAUAAAUGCCUUCCAUAGUAAAUUCCUCUUGCCAGAGCUGGAGAAACGAAUGCAAGAAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-268.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -285.71

Frequency: 0.0000

Diversity: 157.83

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((....(((((((((((...........(((((((((.........((.......((((.....)))).......)).........)))))))))........((((((((((.(((((.........)))))..(((......))).............(((.(((..((((((((((((((.((.((((((((...))))))))..)).))).))))(((.((((...((((((((........))))..)))))).)).)))..................))))).))..)))))).....))))))))))......................((.((((((....)))))).))...))))))))))).........((((((((.((.((((.(((((..........)))))..)))).))((((((((((.(..((((((...(((.(((.((.(((.....))).)).))).)))........(((...)))(((((.((((..(((..((((....))))..)))...((((.....((((.(((.(((...(((.(((....)))..(((((((((((.......)).))))................)))))...((((((.............))))))))).))).))).))))....))))......)))).))))).....(((((((((..((((............)))).)))))))))....(((((.(((.(((....))).))).)))))...))))))..).))))))))))...................)))))))).......((((((.......))))))((((....((...))....)))).....))))))(....(((((..((((((((((.(((........)))..))))))))))...(((((((..................))))))).....(((........))).....((((.((....)).)))).......)))))....)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((....(((((((((((...........(((((((((.........{{.......{(((.....)))}.......)).........)))))))))..,,,...((((((((((.(((((.{{...,,.})))}..(((......))}....,{,....,,(((.(((..((((((((((((((.((.((((((((...))))))))..)}.))).))))(((.(({(...((((((((.{....,.)))}.,)))))).)).)))..................))))).))..)))))}.,...))))))))))....,,,............}}.((.((((((....)))))).))...))))))))))).........((((((((.,(,((((.{((((.......,..)))}}..)}}}.||((((((((((.{..((((((.,.(({.(((.((.(((.....))).)).))).,)).}......{{,...,||(((((.((((..(((..((((....))))..)))...((((.....((((.(({.(((...(((,(((....)))..{(,(({(((((.......,,,)))).},...,....,{....}}.....{(((((.............))))))))}.))).})).))))...,)))}......)))).))))).,}..(((((((((..((((............)))).))))))))),{,.(((((.(((.(((....))).))).)))))...))))))..}.))))))))))..,,|,......,,.....)))))))).......((((((.......))))))((((....{,...,}....)))).....))))))(.{,.(((((..((((((((((.(((........)))..))))))))))...(((((((..................))))))).....{{,........},,..,,.((((.((....)).)))).......)))))..,.)