Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FGD4_0007100

Sequence Length

942 nt

GC Content

0.3938

GAGACUAAUGAGCAAAAACUUCACAAAAUAGCCAAUGAACUUUUGCUUACUGAAAGAGCUUAUGUCAACCGACUUGACCUCUUAGAUCAGGUAUUUUAUUGCAAACUGUUGGAAGAAGCAAACCGAGGCUCGUUUCCAGCAGAGAUGGUGAAUAAAAUCUUUUCUAAUAUUUCAUCAAUAAAUGCCUUCCAUAGUAAAUUCCUCUUGCCAGAGCUGGAGAAACGAAUGCAAGAAUGGGAAACUACUCCUAGAAUUGGAGACAUCCUUCAGAAAUUGGCACCAUUCCUUAAGAUGUAUGGAGAAUAUGUGAAAGGAUUUGAUAAUGCAAUGGAAUUGGUUAAAAACAUGACAGAACGUAUUCCCCAGUUCAAAUCAGUGGUUGAAGAAAUUCAGAAACAGAAAAUCUGUGGGAGCUUAACUUUGCAGCAUCACAUGCUAGAACCUGUUCAGCGGAUUCCCCGGUAUGAGAUGCUCCUUAAGGACUAUCUAAGGAAAUUGCCUCCUGAUUCCCUGGACUGGAAUGAUGCUAAAAAAUCACUUGAAAUUAUAUCUACAGCAGCAAGCCAUUCUAAUAGUGCAAUAAGGAAAAUGGAGAACCUAAAGAAACUCUUAGAGAUUUAUGAAAUGUUGGGAGAAGAAGAAGACAUUGUAAACCCUUCAAAUGAACUAAUAAAAGAAGGACAGAUCCUCAAACUAGCUGCUCGGAACACUUCAGCACAAGAACGCUACCUUUUCUUAUUCAACAACAUGUUGCUGUACUGUGUGCCCAAAUUCAGCUUGGUAGGCUCUAAAUUCACAGUUCGAACCAGGGUUGGCAUUGAUGGAAUGAAAAUUGUAGAGACUCAAAAUGAAGAAUAUCCACAUACUUUCCAGGUGUCUGGGAAAGAGAGAACACUGGAACUGCAGGCCAGUUCUGCGCAAGACAAAGAAGAAUGGAUCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-214.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -233.07

Frequency: 0.0000

Diversity: 212.12

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.......(((((((((..((((............)))).)))))))))(((((((((.(((.(((....))).))).)))))...))))(((......)))...((((((((((.(((........)))..))))))))))...(((((((..................))))))).......)(((((((......((..(((((((((((((((.........((((....(((((......)))))....(((((.....)))))....((((((.((((((...........((.((((((((.....(((((.((......)).))))).((((......))))...)))))))).))((((((((((((.(((((((....))))...(((((...)))))....((........)).(((((.((((((.(((.((((...)))).)))...)))))).)))))((((((.(......)))))))....)))..))))))...)))))))))))).)))))).....................(((((((((.......(((((.(((......(((...........)))......))).)))))..........((((((...(((.(((((((..........(((((................)))))..............((((((((.(((....))))))).......))))..))))))).)))..))))))))))))))).((((((......((((..((((....(((((..((((((((.(.(((....))).).)))).))))..........)))))..))))..)))).......))))))..((((((((.(((.......)))..)).)))))).))))..))))))))).))))))..)).....)))))...))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.......(((((((((..((((............)))).)))))))))(((((((((.(((.(((....))).))).)))))...))))(((......}))...((((((((((.(((........)))..))))))))))...(((((((..................))))))).......)({(((((..,...((..(((((((((((((((.........((((....(((((......))))}....{|{{|...,})}}}|,...{(((((,(({(((,....,,,,,{{{.{{||||{|..,,|||{{({,,.,,.,,,.,{{||}.{{{|......,..,...))}}))))}|{((((((((((((.(((((((....))))...(((((...)))))....((........)),(((((.((((((.(((.((((...)))).)))...)))))).)))))|(((({,(,....,))))))}....)))..))))))...)))))))),}||,|}}}},...,}}....,..........(((((((((,..,,,(((({{.({{......{{{.....,,....}}}......}}).))))),.........,(((((,{{{(({(((({(...,,,,....{{(((................}}}||,....,,,,,....{{((((((.(({....))))))).......)))}..))))))).))),,))})})))))))))).{|{|||......{{((.,((({,.,,{{(({..{{{,,||{{{.{,|||,,,}},),|})}.,,}},)}...,,|.})}}}.,}}}}..}))}......,))))}}..((((((,{,(((.........),,,}.)))))}.})))..))))))))).))))))..}}..,..)))))...))