Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FGD4_0010600

Sequence Length

880 nt

GC Content

0.4261

AAAACCUUUCUCAUUACAGAAACAGAAAAUCUGUGGGAGCUUAACUUUGCAGCAUCACAUGCUAGAACCUGUUCAGCGGAUUCCCCGGUAUGAGAUGCUCCUUAAGGACUAUCUAAGGAAAUUGCCUCCUGAUUCCCUGGACUGGAAUGAUGCUAAAAAAUCACUUGAAAUUAUAUCUACAGCAGCAAGCCAUUCUAAUAGUGCAAUAAGGAAAAUGGAGAACCUAAAGAAACUCUUAGAGAUUUAUGAAAUGUUGGGAGAAGAAGAAGACAUUGUAAACCCUUCAAAUGAACUAAUAAAAGAAGGACAGAUCCUCAAACUAGCUGCUCGGAACACUUCAGCACAAGAACGCUACCUUUUCUUAUUCAACAACAUGUUGCUGUACUGUGUGCCCAAAUUCAGCUUGGUAGGCUCUAAAUUCACAGUUCGAACCAGGGUUGGCAUUGAUGGAAUGAAAAUUGUAGAGACUCAAAAUGAAGAAUAUCCACAUACUUUCCAGGUGUCUGGGAAAGAGAGAACACUGGAACUGCAGGCCAGUUCUGCGCAAGACAAAGAAGAAUGGAUCAAGAGACGAGGUUUUGCCAUGCUGCCCAGGCUGAUCUCGAACUCCUGAGCUCAAGCGAUCUGCCUGCCUCGGUCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCCCUUCAAGAAACCAUCGAUGCUUUUCAUCAAAGGCAUGAAACCUUCAGAAAUGCAAUUGCAAAGGAUAAUGACAUUCACUCAGAGGUUUCUACUGCUGAGCUAGGGAAAAGAGCCCCAAGAUGGAUCCGAGAUAAUGAAGUGACAAUGUGUAUGAAAUGUAAAGAACCUUUCAAUGCACUGACACGAAGGAGGCAUCAUUGUCGAGCAUGUGGAUAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-211.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -229.21

Frequency: 0.0000

Diversity: 200.08

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.........(((.(((((((.........)))))))))).....((((((((((((.((((((.(((.((((...)))).)))...)))))).)))))((((((.(......)))))))...(((((((((.(((...(((((((((((((........)))...............(((((((((.......(((((.(((......(((...........)))......))).)))))..........((((((...(((.(((((((..........(((((................)))))..............((((((((.(((....))))))).......))))..))))))).)))..)))))))))))))))..((.((((............)))).)).....)))).))))))))).)))))..))))................)))))))..............((((((((((...((((((((.(((.......)))..)).)))))).((((((.....))))))...................(((.(((.(((((((..(((.((.....))))).)))))))..))).)))((((..(((((.(((((((((.(...(((((......)))))...)))))(((((......(((((.((((((((....))))))))....((((......(((....))))))).............(((((.(((....))).)))))...(((........)))..)))))...............(((.((..((((((((((.((.....)).)))).)))))))).)))))))))))))..))))).))))))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

........,(((.{((((((.........))))))}))|,....{{{{{|{(((((.((((((.(((.((((...)))).)))...)))))).)))))((((({,(,....,))))))}...(((({((((.(((...(((((((((((((........)))...............(((((((((,...,,{((({{.({{......{{{.....,,....}}}......}}).))))),.........,(((((,{{{((((((({(...,,,,....{{(((................)}}||,....,,,,,....{{((((((.(({....))))))).......)))}..))))))).))),,))})}))))))))))..((.(({{,{,.......}})))).)).....)))).))))))))).))))}..)))),|..,,.,,,....,,)}))}})..{{....,},.,.((((((((((..,((((((,{.{||.,,,.....},,.}.}}|}}}.,({{{,.,,,,}))}},...,.,,..,..,..||,.(((.(((.(((((((..(((.{(.....}}))).)))))))..))).)))((((..{((({.((((({(((,(,,,(((((......)))))...}}))){((((......(((((.((((((({....}))))))){,,.{{{|,.....(((....))}..||,,..,...}})}.(((((.{((....))).)))))...(((........)))..))))).|,............{({.{,..((((((((((.((.....)).))))}})))))}).)})))))))))))..})))).))))))))))))))