Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_FNDC3B_0006900
Sequence Length
2392 nt
GC Content
0.4929
GAAGCCAGUUGAGGGAAGUUCUCCAUGAAUGUACGUCACAAUGAUGAUGACCGACCAAAUCCCUCUGGAACUGCCACCAUUGCUGAACGGAGAGGUAGCCAUGAUGCCCCACUUGGUGAAUGGAGAUGCAGCUCAGCAGGUUAUUCUCGUUCAAGUUAAUCCAGGUGAGACUUUCACAAUAAGAGCAGAGGAUGGAACACUUCAGUGCAUUCAAGGACCUGCUGAAGUUCCCAUGAUGUCACCCAAUGGAUCCAUUCCUCCCAUUCAUGUGCCUCCAGGUUAUAUCUCACAGGUGAUUGAAGAUAGUACUGGAGUCCGCCGGGUGGUGGUCACACCCCAGUCUCCUGAGUGUUAUCCCCCAAGCUACCCCUCAGCCAUGUCUCCAACCCAUCAUCUCCCUCCCUAUCUGACUCACCAUCCACAUUUUAUUCAUAACUCACACACGGCUUACUACCCACCUGUUACCGGACCUGGAGAUAUGCCGCCUCAGUUUUUUCCCCAGCAUCAUCUUCCCCACACAAUAUAUGGUGAGCAAGAAAUUAUACCAUUUUAUGGAAUGUCAACCUACAUCACCCGAGAAGACCAGUACAGCAAGCCUCCGCACAAAAAACUGAAAGACCGCCAGAUCGAUCGCCAGAACCGCCUCAACAGCCCUCCUUCUUCUAUCUACAAAAGCAGCUGCACAACAGUAUACAAUGGCUAUGGGAAGGGCCAUAGUGGUGGAAGUGGCGGAGGCGGCAGCGGUAGUGGUCCCGGAAUUAAGAAAACAGAGCGACGAGCAAGAAGCAGCCCAAAGUCGAAUGAUUCAGACUUGCAAGAAUAUGAGUUGGAAGUAAAGAGGGUGCAAGACAUUCUUUCGGGAAUAGAGAAACCACAGGUUUCUAAUAUUCAGGCAAGAGCAGUUGUGUUGUCCUGGGCUCCCCCUGUUGGACUUUCCUGUGGACCCCACAGUGGUCUUUCCUUCCCCUACAGUUACGAGGUGGCCUUAUCAGACAAAGGACGAGAUGGAAAAUACAAGAUAAUUUACAGUGGAGAAGAAUUAGAAUGUAACCUGAAAGAUCUUAGACCAGCAACAGAUUAUCAUGUGAGGGUGUAUGCCAUGUACAAUUCCGUAAAGGGAUCCUGCUCCGAGCCUGUUAGCUUCACCACCCACAGCUGUGCACCCGAGUGUCCUUUCCCCCCUAAGCUGGCACAUAGGAGCAAAAGUUCACUAACCCUGCAGUGGAAGGCACCAAUUGACAACGGUUCAAAAAUCACCAACUACCUUUUAGAGUGGGAUGAGGGAAAAAGAAAUAGUGGUUUCAGACAGUGCUUCUUCGGGAGCCAGAAGCACUGCAAGUUGACAAAGCUUUGUCCGGCAAUGGGGUACACAUUCAGGCUGGCCGCUCGAAACGACAUUGGUACCAGUGGUUAUAGCCAAGAGGUGGUGUGCUACACAUUAGGAAAUAUCCCUCAGAUGCCUUCUGCACCAAGGCUGGUUCGAGCUGGCAUCACAUGGGUCACGUUGCAGUGGAGUAAGCCAGAAGGCUGUUCACCCGAGGAAGUGAUCACCUACACCUUGGAAAUUCAGGAGGAUGAAAAUGAUAACCUUUUCCACCCAAAAUACACUGGAGAGGAUUUAACCUGUACUGUGAAAAAUCUCAAAAGAAGCACACAGUAUAAAUUCAGGCUGACUGCUUCUAAUACGGAAGGAAAAAGCUGUCCAAGCGAAGUUCUUGUUUGUACGACGAGUCCUGACAGGCCUGGACCUCCUACCAGACCGCUUGUCAAAGGCCCAGUUACAUCUCAUGGCUUUAGUGUCAAAUGGGAUCCCCCUAAGGACAAUGGUGGUUCAGAAAUCCUCAAGUACUUGCUAGAGAUUACUGAUGGAAAUUCUGAAGCGAAUCAGUGGGAAGUGGCCUACAGUGGGUCGGCUACCGAAUACACCUUCACCCACUUGAAACCAGGCACUUUGUACAAACUCCGAGCAUGCUGCAUCAGUACCGGCGGACACAGCCAGUGUUCUGAAAGUCUCCCUGUUCGCACACUAAGCAUUGCACCAGGUCAAUGUCGACCACCGAGGGUUUUGGGUAGACCAAAGCACAAAGAAGUCCACUUAGAGUGGGAUGUUCCUGCAUCGGAAAGUGGCUGUGAGGUCUCAGAGUACAGCGUGGAGAUGACGGAGCCCGAAGACGUAGCCUCGGAAGUGUACCAUGGCCCAGAGCUGGAGUGCACCGUCGGCAACCUGCUUCCUGGAACCGUGUAUCGCUUCCGGGUGAGGGCUCUGAAUGAUGGAGGGUAUGGUCCCUAUUCUGAUGUCUCAGAAAUUACCACUGCUGCAGGGCCUCCUGGACAAUGCAAAGCACCUUGUAUUUCUUGUACACCUGAUGGAUGUGUCUUAGUGGGUUGGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-717.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -764.12
Frequency: 0.0000
Diversity: 697.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((...((((((.((((.....))))((.(((((......)))))))........)))))))))..((.(((((...((((((((.((((.(((((.(((.((..(((((........))).))..)))))...)))))))))))))).))).....((((.((((((((((......(((((..((.((......((((((((.(((((..(((((.(((.........(((((.(((...((((..(((.............)))..))))))).)))))))))))))..)))))....))))))))(((((((((..((((....)))).(((((.(((((((.((((((.((...........(((((..(((...........................))).................................((((((((..((((.(((.((..(((((..((.(((((((((((((((((((.....((.(((((.................)))))))))))))))...((((...))))((((((............(((.(..(((((.(((.((..((((((((((......(((...((.((......)).))..)))..(((((......((((((((....((((...........((((.....)))).....))))....))).)))))......)))))..)).))))))))....)).))).))))))))).............(((((.(.(((..(((..((((((.((((....))))...((((.(((.........))).))))......((.((((.((((((((.(..(((((.(((((((...)))))))..)))))..).)))))....))).)))))))))))).((((((((((((..((((((((...)))))).))..((((((((.(((((..(((.(((((((((((........)))).............((((.((((((((....(((..((((.((((........))))....))))...))).....)))))))).)))).((((((((((...(((..(((((.....)))))..)))...((((......))))...........)).))))))))..(((.((((((........((((.((..(((((((....)))).)))....)))))))))))))))...........(((.........)))..))))))).))).)))))..))))))))..(((((....)))))...((((((((((..((...)))))))))))).(((((.....))))).))))))))..))))......)))..))).).))))).....))))))((((((...)))....)))..)))))))))))))........(((....)))....((((((..(((.((((....)))).).))..))))))....)))))..)).)))))))))))))))....))))).....((((((..(((......))).)))))).......)).))))))..........((((((((............))))))))........(((((((((.....(((....)))....))))))))).)))))))..)))))(((((.....)))))......((((....((((..((((..((((((((((..(((((((((((((((((........))))...))))))))((((((.((......))...))))))..((((....(((....)))....)))).(((((.(((((((.((((((.((((((....)))..)))))).)))..))))))).)...((((((((..((((((.((.....)).)))))).(((......))).))))).))).)))))).)))))))))))))...)))).))))....)))).))))))))).)).))..)))))))))))))))))))......(((((((((((.((.(((((...(.(((.....))).)(((((((.....))))))).......((.((((((.((((((((...)))))).))...))))))))..(((((((.......((((((((.(((..((((((((.........(((.((((((((...(((((.(((((((.((..(((.......))).)).)))..))))..)))))...)))))))))))..))))))))........((((......)))).((((((....))))))))).)))).))))..)))))))..(((.(((((((......)))))))))).....))))).)).).))).))))))))).))).))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{..,.{{(((((((({.((((.....))}}{,.(((((,.....)),))}}........})}}}},||}}}}}|,..(((.(((((,.((,{.((((((..,{,.(({{(((((((((,{{((|{,,|.,{{(((((((({{|{{{{|{{{{..{{{......,((((,...}))))}}}..)))).)}||||{((.(((....|||..}}}...})}})))))}})))}||||,..,.,,,..,}}|}.,,},,,}}}},}}))}..},|.((((((.,..(((((({........)),}))))..,)))))).,}})}}}}}|}.}}}.{{{{..(((....))).)))}.......,..)))}})))))))).}}),,,,,.........,(((((..((((.((((,.(({{((({{..,((((((,.(((((({....{(((,{,{,..{{,.{{(,,..||},,.})),}.}},||||{(((.(((((((.....((.(((((.................))))})}..|,.......((({...}))).{{({......}}}}...(((.{..(((((.(((.((..((((((((,{......{{(...((.(,...,..)}.}},,||}..(((((.{....((((((((....((((...........((((.....)))).....})))....)))}}))))....}.)))))..,))))))))))....)).))).)))))}))).....,}))))).))},,.,..||.....}}.||...((((({{,...,)}.))))),,.......))))))),,)))))),(((((((((((...,,,..,..(((((.(((((((...)))))))..)))))..(((((.{{..(((((((((((.((({{(,,((((((((((({.,((((((...)))))).|{,,(((((((((.{((({{{{(,{{(((,,((((.,,,,...,,||.,..,.{{.......,,.{,,.,{{{.,.(((((((((.{(((...,.,..{((((,....,,....,,.(((((.{{{,.{((((((({({{(({(,,...|||..(((((.....)))))..}||({{,{{{,(({{(((..((((((({...{{{(((.{(({{({(((,.,,,{{({{{...(((((.{,,(((((((....)))).))).,{,{{{||{({.,,,..}}..}||.,,..}}|,,....,{{.{{,.{{,|,,..,,},))))),},,}})},...(((((....))))).{.((((((((((..({...)}))))))))))}{{(((.....}))})))))}))),..}))),.,)))}}}.{((((((((((.{..,(.....,,)}.,}))))))},})))}..}.))))))).)))),),,...|||.,,,}))))}.{{{(((,,{{{.{{{|..,,}))),)})),.))))))}))))))))..))))).(((({...((((....)))).}))))((((((..(((......))).))))))...}})))).,.,},....}}}}...}))))))}},,........,))),)))).....,)))|)}))))},...,|||....(((((((..((((..........))))..))))))).....)))))}}},..||{({.{{(((({..,,,))})))),}|},,}})))),||||||{(((({{{{{...}|||.{{||||,||.{(((((.{(......}},..))))))..((((....(((....)))....)))).,((((((((((((.(((((,{((((((....)))..)))))).)))..)))))),(((({.(((,((((((({{(((.{((((((({((...)}},..........})))))),}.....))))))))),}},..,,{{.({({{{((((..{|,||...,)),)}..}}))..}))))),)}...,,,)})))))))).......((((((,,,...}|)))))).,)))))),...(((((((.....))))))).}........(((((...)))))(((((....)))))}),)))))))))})})))),))).,..((((((((.{{{..((((((((.........(((.((((((((,,.(((((.(((((((.((..(((.,....,))).)).)))..))))..))))),,.)))))))))))..))))))))........((((......)))).((((((....)))))),}}.)))).))))..)))))),,.))))))))))).}}..)))))...)))))))).)))}.)))))))),,))))))))..)))))
Back