Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FNDC3B_0010300

Sequence Length

2684 nt

GC Content

0.4940

GUUAUUCUCGUUCAAGUUAAUCCAGGUGAGACUUUCACAAUAAGAGCAGAGGAUGGAACACUUCAGUGCAUUCAAGGACCUGCUGAAGUUCCCAUGAUGUCACCCAAUGGAUCCAUUCCUCCCAUUCAUGUGCCUCCAGGUUAUAUCUCACAGGUGAUUGAAGAUAGUACUGGAGUCCGCCGGGUGGUGGUCACACCCCAGUCUCCUGAGUGUUAUCCCCCAAGCUACCCCUCAGCCAUGUCUCCAACCCAUCAUCUCCCUCCCUAUCUGACUCACCAUCCACAUUUUAUUCAUAACUCACACACGGCUUACUACCCACCUGUUACCGGACCUGGAGAUAUGCCGCCUCAGUUUUUUCCCCAGCAUCAUCUUCCCCACACAAUAUAUGGUGAGCAAGAAAUUAUACCAUUUUAUGGAAUGUCAACCUACAUCACCCGAGAAGACCAGUACAGCAAGCCUCCGCACAAAAAACUGAAAGACCGCCAGAUCGAUCGCCAGAACCGCCUCAACAGCCCUCCUUCUUCUAUCUACAAAAGCAGCUGCACAACAGUAUACAAUGGCUAUGGGAAGGGCCAUAGUGGUGGAAGUGGCGGAGGCGGCAGCGGUAGUGGUCCCGGAAUUAAGAAAACAGAGCGACGAGCAAGAAGCAGCCCAAAGUCGAAUGAUUCAGACUUGCAAGAAUAUGAGUUGGAAGUAAAGAGGGUGCAAGACAUUCUUUCGGGAAUAGAGAAACCACAGGUUUCUAAUAUUCAGGCAAGAGCAGUUGUGUUGUCCUGGGCUCCCCCUGUUGGACUUUCCUGUGGACCCCACAGUGGUCUUUCCUUCCCCUACAGUUACGAGGUGGCCUUAUCAGACAAAGGACGAGAUGGAAAAUACAAGAUAAUUUACAGUGGAGAAGAAUUAGAAUGUAACCUGAAAGAUCUUAGACCAGCAACAGAUUAUCAUGUGAGGGUGUAUGCCAUGUACAAUUCCGUAAAGGGAUCCUGCUCCGAGCCUGUUAGCUUCACCACCCACAGCUGUGCACCCGAGUGUCCUUUCCCCCCUAAGCUGGCACAUAGGAGCAAAAGUUCACUAACCCUGCAGUGGAAGGCACCAAUUGACAACGGUUCAAAAAUCACCAACUACCUUUUAGAGUGGGAUGAGGGAAAAAGAAAUAGUGGUUUCAGACAGUGCUUCUUCGGGAGCCAGAAGCACUGCAAGUUGACAAAGCUUUGUCCGGCAAUGGGGUACACAUUCAGGCUGGCCGCUCGAAACGACAUUGGUACCAGUGGUUAUAGCCAAGAGGUGGUGUGCUACACAUUAGGAAAUAUCCCUCAGAUGCCUUCUGCACCAAGGCUGGUUCGAGCUGGCAUCACAUGGGUCACGUUGCAGUGGAGUAAGCCAGAAGGCUGUUCACCCGAGGAAGUGAUCACCUACACCUUGGAAAUUCAGGAGGAUGAAAAUGAUAACCUUUUCCACCCAAAAUACACUGGAGAGGAUUUAACCUGUACUGUGAAAAAUCUCAAAAGAAGCACACAGUAUAAAUUCAGGCUGACUGCUUCUAAUACGGAAGGAAAAAGCUGUCCAAGCGAAGUUCUUGUUUGUACGACGAGUCCUGACAGGCCUGGACCUCCUACCAGACCGCUUGUCAAAGGCCCAGUUACAUCUCAUGGCUUUAGUGUCAAAUGGGAUCCCCCUAAGGACAAUGGUGGUUCAGAAAUCCUCAAGUACUUGCUAGAGAUUACUGAUGGAAAUUCUGAAGCGAAUCAGUGGGAAGUGGCCUACAGUGGGUCGGCUACCGAAUACACCUUCACCCACUUGAAACCAGGCACUUUGUACAAACUCCGAGCAUGCUGCAUCAGUACCGGCGGACACAGCCAGUGUUCUGAAAGUCUCCCUGUUCGCACACUAAGCAUUGCACCAGGUCAAUGUCGACCACCGAGGGUUUUGGGUAGACCAAAGCACAAAGAAGUCCACUUAGAGUGGGAUGUUCCUGCAUCGGAAAGUGGCUGUGAGGUCUCAGAGUACAGCGUGGAGAUGACGGAGCCCGAAGACGUAGCCUCGGAAGUGUACCAUGGCCCAGAGCUGGAGUGCACCGUCGGCAACCUGCUUCCUGGAACCGUGUAUCGCUUCCGGGUGAGGGCUCUGAAUGAUGGAGGGUAUGGUCCCUAUUCUGAUGUCUCAGAAAUUACCACUGCUGCAGGGCCUCCUGGACAAUGCAAAGCACCUUGUAUUUCUUGUACACCUGAUGGAUGUGUCUUAGUGGGUUGGGAGAGUCCUGAUAGUUCUGGUGCUGACAUCUCAGAGUACAGGUUGGAAUGGGGAGAAGAUGAAGAAUCCUUAGAACUCAUUUAUCAUGGGACAGACACCCGUUUUGAAAUAAGAGACCUGUUGCCUGCUGCACAGUAUUGCUGUAGACUACAGGCCUUCAAUCAAGCAGGGGCAGGGCCGUACAGUGAACUUGUCCUUUGCCAGACGCCAGCGUCUGCCCCUGACCCCGUCUCCACUCUCUGUGUCCUGGAGGAGGAGCCCCUUGAUGCCUACCCUGAUUCACCUUCUGCGUGCCUUGUACUGAACUGGGAAGAGCCGUGCAAUAACGGAUCUGAAAUCCUUGCUUACACCAUUGAUCUAGGAGACACUAGCAUUACCGUGGGCAACACCACCAUGCAUGUUAUGAAAGAUCUCCUUCCAGAAACCACCUACCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-814.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -863.35

Frequency: 0.0000

Diversity: 758.00

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((..(((((............((((.((((((((((......(((((..((.((......((((((((.(((((..(((((.(((.........(((((.(((...((((..(((.............)))..))))))).)))))))))))))..)))))....))))))))(((((((((..((((....)))).(((((.(((((((.((((((.((...........(((((..(((...........................))).................................((((((((..((((.(((.((..(((((..((.(((((((((((((((((((.....((.(((((.................)))))))))))))))...((((...))))((((((............(((.(..(((((.(((.((..((((((((((......(((...((.((......)).))..)))..(((((......((((((((....((((...........((((.....)))).....))))....))).)))))......)))))..)).))))))))....)).))).))))))))).............(((((.(.(((..(((..((((((.((((....))))...((((.(((.........))).))))......((.((((.((((((((.(..(((((.(((((((...)))))))..)))))..).)))))....))).)))))))))))).((((((((((((..((((((((...)))))).))..((((((((.(((((..(((.(((((((((((........)))).............((((.((((((((....(((..((((.((((........))))....))))...))).....)))))))).)))).((((((((((...(((..(((((.....)))))..)))...((((......))))...........)).))))))))..(((.((((((........((((.((..(((((((....)))).)))....)))))))))))))))...........(((.........)))..))))))).))).)))))..))))))))..(((((....)))))...((((((((((..((...)))))))))))).(((((.....))))).))))))))..))))......)))..))).).))))).....))))))((((((...)))....)))..)))))))))))))........(((....)))....((((((..(((.((((....)))).).))..))))))....)))))..)).)))))))))))))))....))))).....((((((..(((......))).)))))).......)).))))))..........((((((((............))))))))........(((((((((.....(((....)))....))))))))).)))))))..)))))(((((.....)))))......((((....((((..((((..((((((((((..(((((((((((((((((........))))...))))))))((((((.((......))...))))))..((((....(((....)))....)))).(((((.(((((((.((((((.((((((....)))..)))))).)))..))))))).)...((((((((..((((((.((.....)).)))))).(((......))).))))).))).)))))).)))))))))))))...)))).))))....)))).))))))))).)).))..)))))))))))))))))))...(((..........)))....((((......))))..)))))(((((((.....)))))))..........(((((...)))))(((((....)))))(((.(((((.((((((.(((((((((((((((((.(((.(.((((((((.........(((.((((((((...(((((.(((((((.((..(((.......))).)).)))..))))..)))))...)))))))))))..))))))))..(((...((((((.(((....(((((((.((.((((....(((((..((((((((((((((..(((..(((.((((((..(((((.....)))))((....))..))).))).))).))).)))).)))))).))))..))))))))).)).)))))))(((((.((((((((((....((((((((.((....))..)).))))))(((((.......)))))(((((...(((.(.(((((.(.((((.(((......))).)))).).)))))))))...)))))(((((((((((((((...(((((.......)))))...)))...)).)))))))))).)))))).))))...)))))(((..((.((.....))))..))))))))))))...))).).))).)))))..))))))...))))))(((.((((......)))).)))..........)))))))))))..)))((((((((.((((((...(((((.........))))).)))))))).....))))))......)))(.......)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({.{((((((((,.{,.....((((.((((((((((.{{{{.,.((.(((((((((.,,,{{,,(((({{{,..{{{.{{,,,,,)),}}|,.||}}}.}}}...,}}}.))))}})))).{{{....}}}.,(((((.,..((((({{,,......)),}))))..,))))){((((((((,.((((....)))),(((((.(((((((,((((({.{{..{{({{{{{.,|{{{.,{{{,..,,,,,,{,,(({.,,(({,,,{{({(,,,..{,,{,....,,,,,,..,,,,,,......((({((({..(({.{(({..,|||{{{||}||.{{{((((((((.((({(({.....((.(((((,,...............))))})}.,},...,.,.((({...}))).{(((......,}}}...(((.{..(((((.(((.((..((((((((,{......{((...((.({...,..)}.))..||}..(((((.{....((((((((....((((...........((((.....)))).....})))....)))}}))))....}.)))))..,))))))))))....)).))).)))))})))......,,,,,}.|||{|.{.,{{..{,.,,,{{{,.,((((,,....}}}.}||||,|,......}}}}))),})}}},||{{{{|{,{{.{|||||||.{..(((((.(((((((...)))))))..))))).,|.|||||,,.,|||{||||||||||||,{(({{((,(({{...|((((((...)))))).)}},|{{{{{{{,{(({{..{{,.||||{||{{{{..,.....}))),.},,,,}}....{(((.((((((((....(((..((((.((((........))))....))))...))).....)))))))).)))}.{(((({{{||...(({..(((((.....)))))..)))...{(((.,....||||.........,.}}.}})}|}}},.(((,{{{{,,,.......{{{||||,.{((((((....)))).)))..|,,})})|))},))},)},.,,|,,,..||{,.........,}..}}}}}},.,}),))})),,}))))),...||{{{...,)))}}.|.((((((((((..({...)})))))))))),{((((.....))))),)))}))),..)))),,.,,.}}}.{|||{|{{({{,{..,{.....},}}..,))))))..,})))..}|}}}}||||}}}.},,....|{,....)))}},.((((((..(({.((((....)))).).))..))))))...,)))}},|},.}},)))||}}}||||...,)))),,}}..((((((..(((......)}).)))))).....,,)).))})))....,,,..,((((((((............))))))))........(((((((((.....(((....)))....))))))))).)))))))..)))))(((((.....)))))......((((....((({..((((..((((((((({.{(((((((((((((((((........))))...))))))),((((((.{(......}}...))))))..((((....(((....)))....)))).,{{((.(((((((.(((((,{((((((....)))..)))))).)))..))))))).)...{{{(((((..{{{{{{,||.,,,,||.||}}}).|{,......,}}.)))))},},..,}))).)))))))))))))...)))).))))....)))).)))))))))...})...)))).))))))))))))))...,,.......(({..({{{,,((((......))))...((((((((,(({{{{.||,,,||,,...,...,(((((...}))))({{{{,,..})|}},,.,{{|(({(,({,,.{(,(((,{(((((,(((((((((.((((((((.........(((.((((((((,,.(((((.(((((((.((..(((.,....,))).)).)))..))))..))))),,.)))))))))))..))))))))..,,,...{((((..{{({(((((((((({(({(({({..,(((((..((((((((((((((({{{{,{((({(,{{{{.,|||||,....}}|||((....))..))).}},.,}}.}))))))).)))))).))))..))))),}}}.,),)},))),}}|,|}||||||||||}...((((({{,.{{....,,..)),)))}))(((((.......))))).((((...{{(,(.(((((.(.((((.(((......))).)))).).)))))})))...)))}{((((((((((,,((,...,||..}}}}}}}))))){{{|||...,)}))))}}))}},)))))))))))).,,))))),,})))},{,|,,,}}})))},})))))))).,,..,)})))))),))))..)))}}))))).))))|,|}|((,{{{{..,,||{|,,...}}))}}})...,....,,,.||{(((((((,,((((((.,.,((((......}}}),,)).))))))})...,.))))))...}}}...,......})