Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FNDC3B_0013200

Sequence Length

2821 nt

GC Content

0.4942

GACCUGCUGAAGUUCCCAUGAUGUCACCCAAUGGAUCCAUUCCUCCCAUUCAUGUGCCUCCAGGUUAUAUCUCACAGGUGAUUGAAGAUAGUACUGGAGUCCGCCGGGUGGUGGUCACACCCCAGUCUCCUGAGUGUUAUCCCCCAAGCUACCCCUCAGCCAUGUCUCCAACCCAUCAUCUCCCUCCCUAUCUGACUCACCAUCCACAUUUUAUUCAUAACUCACACACGGCUUACUACCCACCUGUUACCGGACCUGGAGAUAUGCCGCCUCAGUUUUUUCCCCAGCAUCAUCUUCCCCACACAAUAUAUGGUGAGCAAGAAAUUAUACCAUUUUAUGGAAUGUCAACCUACAUCACCCGAGAAGACCAGUACAGCAAGCCUCCGCACAAAAAACUGAAAGACCGCCAGAUCGAUCGCCAGAACCGCCUCAACAGCCCUCCUUCUUCUAUCUACAAAAGCAGCUGCACAACAGUAUACAAUGGCUAUGGGAAGGGCCAUAGUGGUGGAAGUGGCGGAGGCGGCAGCGGUAGUGGUCCCGGAAUUAAGAAAACAGAGCGACGAGCAAGAAGCAGCCCAAAGUCGAAUGAUUCAGACUUGCAAGAAUAUGAGUUGGAAGUAAAGAGGGUGCAAGACAUUCUUUCGGGAAUAGAGAAACCACAGGUUUCUAAUAUUCAGGCAAGAGCAGUUGUGUUGUCCUGGGCUCCCCCUGUUGGACUUUCCUGUGGACCCCACAGUGGUCUUUCCUUCCCCUACAGUUACGAGGUGGCCUUAUCAGACAAAGGACGAGAUGGAAAAUACAAGAUAAUUUACAGUGGAGAAGAAUUAGAAUGUAACCUGAAAGAUCUUAGACCAGCAACAGAUUAUCAUGUGAGGGUGUAUGCCAUGUACAAUUCCGUAAAGGGAUCCUGCUCCGAGCCUGUUAGCUUCACCACCCACAGCUGUGCACCCGAGUGUCCUUUCCCCCCUAAGCUGGCACAUAGGAGCAAAAGUUCACUAACCCUGCAGUGGAAGGCACCAAUUGACAACGGUUCAAAAAUCACCAACUACCUUUUAGAGUGGGAUGAGGGAAAAAGAAAUAGUGGUUUCAGACAGUGCUUCUUCGGGAGCCAGAAGCACUGCAAGUUGACAAAGCUUUGUCCGGCAAUGGGGUACACAUUCAGGCUGGCCGCUCGAAACGACAUUGGUACCAGUGGUUAUAGCCAAGAGGUGGUGUGCUACACAUUAGGAAAUAUCCCUCAGAUGCCUUCUGCACCAAGGCUGGUUCGAGCUGGCAUCACAUGGGUCACGUUGCAGUGGAGUAAGCCAGAAGGCUGUUCACCCGAGGAAGUGAUCACCUACACCUUGGAAAUUCAGGAGGAUGAAAAUGAUAACCUUUUCCACCCAAAAUACACUGGAGAGGAUUUAACCUGUACUGUGAAAAAUCUCAAAAGAAGCACACAGUAUAAAUUCAGGCUGACUGCUUCUAAUACGGAAGGAAAAAGCUGUCCAAGCGAAGUUCUUGUUUGUACGACGAGUCCUGACAGGCCUGGACCUCCUACCAGACCGCUUGUCAAAGGCCCAGUUACAUCUCAUGGCUUUAGUGUCAAAUGGGAUCCCCCUAAGGACAAUGGUGGUUCAGAAAUCCUCAAGUACUUGCUAGAGAUUACUGAUGGAAAUUCUGAAGCGAAUCAGUGGGAAGUGGCCUACAGUGGGUCGGCUACCGAAUACACCUUCACCCACUUGAAACCAGGCACUUUGUACAAACUCCGAGCAUGCUGCAUCAGUACCGGCGGACACAGCCAGUGUUCUGAAAGUCUCCCUGUUCGCACACUAAGCAUUGCACCAGGUCAAUGUCGACCACCGAGGGUUUUGGGUAGACCAAAGCACAAAGAAGUCCACUUAGAGUGGGAUGUUCCUGCAUCGGAAAGUGGCUGUGAGGUCUCAGAGUACAGCGUGGAGAUGACGGAGCCCGAAGACGUAGCCUCGGAAGUGUACCAUGGCCCAGAGCUGGAGUGCACCGUCGGCAACCUGCUUCCUGGAACCGUGUAUCGCUUCCGGGUGAGGGCUCUGAAUGAUGGAGGGUAUGGUCCCUAUUCUGAUGUCUCAGAAAUUACCACUGCUGCAGGGCCUCCUGGACAAUGCAAAGCACCUUGUAUUUCUUGUACACCUGAUGGAUGUGUCUUAGUGGGUUGGGAGAGUCCUGAUAGUUCUGGUGCUGACAUCUCAGAGUACAGGUUGGAAUGGGGAGAAGAUGAAGAAUCCUUAGAACUCAUUUAUCAUGGGACAGACACCCGUUUUGAAAUAAGAGACCUGUUGCCUGCUGCACAGUAUUGCUGUAGACUACAGGCCUUCAAUCAAGCAGGGGCAGGGCCGUACAGUGAACUUGUCCUUUGCCAGACGCCAGCGUCUGCCCCUGACCCCGUCUCCACUCUCUGUGUCCUGGAGGAGGAGCCCCUUGAUGCCUACCCUGAUUCACCUUCUGCGUGCCUUGUACUGAACUGGGAAGAGCCGUGCAAUAACGGAUCUGAAAUCCUUGCUUACACCAUUGAUCUAGGAGACACUAGCAUUACCGUGGGCAACACCACCAUGCAUGUUAUGAAAGAUCUCCUUCCAGAAACCACCUACCGGAUCAGAAUUCAGGCUAUAAAUGAAAUUGGAGCUGGACCAUUUAGUCAGUUCAUUAAAGCAAAAACUCGGCCAUUACCACCCUUGCCUCCUAGGCUAGAAUGUGCUGCUGCUGGUCCUCAGAGCCUGAAGCUAAAAUGGGGAGACAGUAACUCCAAGACACAUGCUGCUGAGGACAUUGUGUACACACUACAGCUGGAGGACAGAAACAAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-849.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -903.54

Frequency: 0.0000

Diversity: 808.39

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((..((.((...(((((........((((....))))........))))).)).)))))))((((((((.(((((..(((..(((((....(((((..((((((((((((((((((..(((....))).))))..........(((.......))).................................))).))))))))........................)))..))).))...)))))..))))))))))))))))...)(((.((((((((((((((............(((((((....(((((...((....(((.((((...)))).))).....))...))))).........(((((((((((((((..............((..((.(....).))..))((((...(((((......((((((((....((((...........((((.....)))).....))))....))).)))))......)))))...))))((((((((..(.((((((((((.................(((((.(.(((..(((..((((((.((((....))))...((((.(((.........))).))))......((.((((.((((((((.(..(((((.(((((((...)))))))..)))))..).)))))....))).)))))))))))).((((((((((((..((((((((...)))))).))..((((((((.(((((..(((.(((((((((((........)))).............((((.((((((((....(((..((((.((((........))))....))))...))).....)))))))).)))).((((((((((...(((..(((((.....)))))..)))...((((......))))...........)).))))))))..(((.((((((........((((.((..(((((((....)))).)))....)))))))))))))))...........(((.........)))..))))))).))).)))))..))))))))..(((((....)))))...((((((((((..((...)))))))))))).(((((.....))))).))))))))..))))......)))..))).).)))))(((..(((..((((.(((((..((((((((...((((((((((...)))....(((....)))((((((((((..(((.((((....)))).).))..))))))...))))........((((((.(((((((((((((.((.....((((((..(((......))).))))))....((((((((.............(((((((((........((((.((((((.....((((((((((.(((...........(((((((..((((..........))))..)))))))....(((((((((...(((.....)))....)))))((((((((((..(((((((((((((((((........))))...))))))))((((((.((......))...))))))..((((....(((....)))....)))).(((((.(((((((.((((((.((((((....)))..)))))).)))..))))))).)...((((((((..((((((.((.....)).)))))).(((......))).))))).))).)))))).))))))))))))))))).(((...))).((((((((((.((((((.....))))))....(.((((((....(.(.(((((((((((.((.(((((...(.(((.....))).)(((((((.....))))))).......((.((((((.((((((((...)))))).))...))))))))..(((((((.......((((((((.(((..((((((((.........(((.((((((((...(((((.(((((((.((..(((.......))).)).)))..))))..)))))...)))))))))))..))))))))........((((......)))).((((((....))))))))).)))).))))..)))))))..(((.(((((((......)))))))))).....))))).)).).))).)))))))))..)))))).)..........))))))))))....))).))))))))))(((((((((....((((((((.((....))..)).))))))(((((.......)))))(((((...(((.(.(((((.(.((((.(((......))).)))).).)))))))))...)))))(((((((((((((((...(((((.......)))))...)))...)).)))))))))).)))))).))).))))))))))..)))))))))............)))..)))))..))))))))).((((...))))......(((((((.((((......)))).)))....)))).)))))).)))))).(((((((((((.((((((...(((((.........))))).)))))))).....))))))...))).)))))))...((((....)))).))))))))...........)))))))))....)))..)))................)))))))))).)..)))))))).)))))......))))).)))))(((((((((((.((...((....(((((.........)))))))...)).))).)))))))))))))))..........))))).))).))))))..)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((..{,..,..|.{,({{({........}},})),.,,,.))(((...{({.(((.(((((((,{,,{{{{{(.{{(((,.{((..(((((,,{{((((,..({,((((((((,,,,|||}}|,|.},,),}})))}}},}...,,,{{|},,{{{{|||,{{{{.,,...........{,..,,..,,.,,{|,|{||||||,,.......................,|||..||,..},,.}})},..})}}},}||||||||||,,{{{{,{,..,,,,..{{||||.||||||,...........,}|||||}..}|,...,,,.((({...}))).|||,......,},),,,}.{{(..((((((((((((((((((.............,{,..{{.{....}.,)..}}((((...(((((.{....((((((((....((((........,..((((.....)))).....})))....)))}}))))....}.)))))...))))((((((((..(.(((((((({{{{({.............((((({(..,,......{((((((((((({{,...,)}.))))}((,,(((..((((((((..{{{..{((((,((({.{{{{{{{|,{..(((((.(((((((...)))))))..))))).,|,|}}}|,...}}).))}}}},(((((((.(((.(.((((....(({,(((((.((((((.(.((((((.....(((.(((((.(((((((((((.........|{({(..{.{{.......,,,(({..((({{{(((((((((.,(((...,.,..{((((,....,,,...,,.(((((.{{{..{((((((({({{(({(,,,..|||,.(((((.....))))},,}||({{,{{{{(({{(((..((((((({...{{{(((.((({{({(((,.,,,{{({{{...(((((.{{,(((((((....)))).))).{(,{{{{{(((..,,..}}..}}}.,,..}}|,,....,{{.{{,.({.|,,..,,},))))),},,}})},...(((((....))))).,.((((((((((..({...)}))))))))))}{{(((,,,..}})})))))})))...}))),.,)))}}}.{((((((((((.(..,(.....,,)}.,}))))))},))))}..}.))))))).)))),),,...|||.,,,}))))}.{{{(((,,{{{.{{{|.,,,}))),)})),.))))))}))))))))..))))).(((({...((((....)))).}))))((((((..(((......))).))))))...}}}}}}.,.,},....}}}}...|}}}}|||,{{,........)))|}|||......})),||||}||},..}}}}....(((((((..((((.,........))))..)))))))..,,{{||{((({...(((.....}))....)))))|}})}}}|,,,..}}}}|(((((((((((........))))...))))))),}}))}|..,....})))).})))).)}}((((....(((....)))....)))).,((((((((((((.(((((,{((((((....)))..)))))).)))..)))))),(((({.{((,((((((({{(((.{((((((({((...)}},..........})))))),}.....))))))))),}},..,,{{.({(({{((((..{|,||,..,}},}}..}}))..)))))),)}...,,,}}}))))))).......((((((,,,...}|)))))).,)))))),.,,(((((((.....))))))).|........(((((...)))))(((((....)))))))))))).)))))).))))}))},,.((((.(((((((((.((((((((.........(((.((((((((,,.(((((.(((((((.((..(((.,....,))).)).)))..))))..))))),,.)))))))))))..))))))))........,((({..,{(((((((((((((((((({({..,(({((,.((((((((((((((({{{{{{((({(,{{{,.,|||||,....}}|||((....)).,))).)}}.}}),})}))))).)))))).))))..))))).}}}.,)})},))).}}}.}}))))))))))}...((((({{..||....,..,)),)))}))(((((.......))))).((((...,{(,(.(((((.(.((((.(((......))).)))).).)))))))))...)))}{((((((((((,,((,...,||..}}})}})))))){{{{||....)))))),})),,})}})))))))))...)))))))).).))).)))))))}}}..})},}.,,)}))))))..))))))|,(({{.||.{{{{.{{{(,.(((.((((......)))).)))....,,..||..........,|,|{{(((((((,,((((((.,.,((((......}}}),,)).))))))})...,.))))))...}},.........)))).)))).}}..}))).......,...,})).)})),........))).)))).............,},)))))))))).)..}))))))).)))))......))))).))))))))})).,(((..,..))}....})))))),.,|........,)}.,}}))}})))))))....,|||,...,,,.,,},)))))))))))}}....)))