Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FNDC3B_0015600

Sequence Length

2531 nt

GC Content

0.4966

GUGAUUGAAGAUAGUACUGGAGUCCGCCGGGUGGUGGUCACACCCCAGUCUCCUGAGUGUUAUCCCCCAAGCUACCCCUCAGCCAUGUCUCCAACCCAUCAUCUCCCUCCCUAUCUGACUCACCAUCCACAUUUUAUUCAUAACUCACACACGGCUUACUACCCACCUGUUACCGGACCUGGAGAUAUGCCGCCUCAGUUUUUUCCCCAGCAUCAUCUUCCCCACACAAUAUAUGGUGAGCAAGAAAUUAUACCAUUUUAUGGAAUGUCAACCUACAUCACCCGAGAAGACCAGUACAGCAAGCCUCCGCACAAAAAACUGAAAGACCGCCAGAUCGAUCGCCAGAACCGCCUCAACAGCCCUCCUUCUUCUAUCUACAAAAGCAGCUGCACAACAGUAUACAAUGGCUAUGGGAAGGGCCAUAGUGGUGGAAGUGGCGGAGGCGGCAGCGGUAGUGGUCCCGGAAUUAAGAAAACAGAGCGACGAGCAAGAAGCAGCCCAAAGUCGAAUGAUUCAGACUUGCAAGAAUAUGAGUUGGAAGUAAAGAGGGUGCAAGACAUUCUUUCGGGAAUAGAGAAACCACAGGUUUCUAAUAUUCAGGCAAGAGCAGUUGUGUUGUCCUGGGCUCCCCCUGUUGGACUUUCCUGUGGACCCCACAGUGGUCUUUCCUUCCCCUACAGUUACGAGGUGGCCUUAUCAGACAAAGGACGAGAUGGAAAAUACAAGAUAAUUUACAGUGGAGAAGAAUUAGAAUGUAACCUGAAAGAUCUUAGACCAGCAACAGAUUAUCAUGUGAGGGUGUAUGCCAUGUACAAUUCCGUAAAGGGAUCCUGCUCCGAGCCUGUUAGCUUCACCACCCACAGCUGUGCACCCGAGUGUCCUUUCCCCCCUAAGCUGGCACAUAGGAGCAAAAGUUCACUAACCCUGCAGUGGAAGGCACCAAUUGACAACGGUUCAAAAAUCACCAACUACCUUUUAGAGUGGGAUGAGGGAAAAAGAAAUAGUGGUUUCAGACAGUGCUUCUUCGGGAGCCAGAAGCACUGCAAGUUGACAAAGCUUUGUCCGGCAAUGGGGUACACAUUCAGGCUGGCCGCUCGAAACGACAUUGGUACCAGUGGUUAUAGCCAAGAGGUGGUGUGCUACACAUUAGGAAAUAUCCCUCAGAUGCCUUCUGCACCAAGGCUGGUUCGAGCUGGCAUCACAUGGGUCACGUUGCAGUGGAGUAAGCCAGAAGGCUGUUCACCCGAGGAAGUGAUCACCUACACCUUGGAAAUUCAGGAGGAUGAAAAUGAUAACCUUUUCCACCCAAAAUACACUGGAGAGGAUUUAACCUGUACUGUGAAAAAUCUCAAAAGAAGCACACAGUAUAAAUUCAGGCUGACUGCUUCUAAUACGGAAGGAAAAAGCUGUCCAAGCGAAGUUCUUGUUUGUACGACGAGUCCUGACAGGCCUGGACCUCCUACCAGACCGCUUGUCAAAGGCCCAGUUACAUCUCAUGGCUUUAGUGUCAAAUGGGAUCCCCCUAAGGACAAUGGUGGUUCAGAAAUCCUCAAGUACUUGCUAGAGAUUACUGAUGGAAAUUCUGAAGCGAAUCAGUGGGAAGUGGCCUACAGUGGGUCGGCUACCGAAUACACCUUCACCCACUUGAAACCAGGCACUUUGUACAAACUCCGAGCAUGCUGCAUCAGUACCGGCGGACACAGCCAGUGUUCUGAAAGUCUCCCUGUUCGCACACUAAGCAUUGCACCAGGUCAAUGUCGACCACCGAGGGUUUUGGGUAGACCAAAGCACAAAGAAGUCCACUUAGAGUGGGAUGUUCCUGCAUCGGAAAGUGGCUGUGAGGUCUCAGAGUACAGCGUGGAGAUGACGGAGCCCGAAGACGUAGCCUCGGAAGUGUACCAUGGCCCAGAGCUGGAGUGCACCGUCGGCAACCUGCUUCCUGGAACCGUGUAUCGCUUCCGGGUGAGGGCUCUGAAUGAUGGAGGGUAUGGUCCCUAUUCUGAUGUCUCAGAAAUUACCACUGCUGCAGGGCCUCCUGGACAAUGCAAAGCACCUUGUAUUUCUUGUACACCUGAUGGAUGUGUCUUAGUGGGUUGGGAGAGUCCUGAUAGUUCUGGUGCUGACAUCUCAGAGUACAGGUUGGAAUGGGGAGAAGAUGAAGAAUCCUUAGAACUCAUUUAUCAUGGGACAGACACCCGUUUUGAAAUAAGAGACCUGUUGCCUGCUGCACAGUAUUGCUGUAGACUACAGGCCUUCAAUCAAGCAGGGGCAGGGCCGUACAGUGAACUUGUCCUUUGCCAGACGCCAGCGUCUGCCCCUGACCCCGUCUCCACUCUCUGUGUCCUGGAGGAGGAGCCCCUUGAUGCCUACCCUGAUUCACCUUCUGCGUGCCUUGUACUGAACUGGGAAGAGCCGUGCAAUAACGGAUCUGAAAUCCUUGCUUACACCAUUGAUCUAGGAGACACUAGCAUUACCGUGGGCAACACCACCAUGCAUGUUAUGAAAGAUCUCCUUCCAGAAACCACCUACCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-767.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -816.77

Frequency: 0.0000

Diversity: 674.94

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.((((..((.(..((((.(((((((((..((((....)))).(((((.(((((((.((((((.((...........(((((..(((...........................))).................................((((((((..((((.(((.((..(((((..((.(((((((((((((((((((.....((.(((((.................)))))))))))))))...((((...))))((((((............(((.(..(((((.(((.((..((((((((((......(((...((.((......)).))..)))..(((((......((((((((....((((...........((((.....)))).....))))....))).)))))......)))))..)).))))))))....)).))).))))))))).............(((((.(.(((..(((..((((((.((((....))))...((((.(((.........))).))))......((.((((.((((((((.(..(((((.(((((((...)))))))..)))))..).)))))....))).)))))))))))).((((((((((((..((((((((...)))))).))..((((((((.(((((..(((.(((((((((((........)))).............((((.((((((((....(((..((((.((((........))))....))))...))).....)))))))).)))).((((((((((...(((..(((((.....)))))..)))...((((......))))...........)).))))))))..(((.((((((........((((.((..(((((((....)))).)))....)))))))))))))))...........(((.........)))..))))))).))).)))))..))))))))..(((((....)))))...((((((((((..((...)))))))))))).(((((.....))))).))))))))..))))......)))..))).).))))).....))))))((((((...)))....)))..)))))))))))))........(((....)))....((((((..(((.((((....)))).).))..))))))....)))))..)).)))))))))))))))....))))).....((((((..(((......))).)))))).......)).))))))..........((((((((............))))))))........(((((((((.....(((....)))....))))))))).)))))))..)))))(((((.....)))))......((((....((((..((((..((((((((((..(((((((((((((((((........))))...))))))))((((((.((......))...))))))..((((....(((....)))....)))).(((((.(((((((.((((((.((((((....)))..)))))).)))..))))))).)...((((((((..((((((.((.....)).)))))).(((......))).))))).))).)))))).)))))))))))))...)))).))))....)))).)))))))))...((.(((((..((((((.....)).)))).)))))..))......))))..).)).)))).)))((((((((((((.....)))))))..........(((((...)))))(((((....)))))(((.(((((.((((((.(((((((((((((((((.(((.(.((((((((.........(((.((((((((...(((((.(((((((.((..(((.......))).)).)))..))))..)))))...)))))))))))..))))))))..(((...((((((.(((....(((((((.((.((((....(((((..((((((((((((((..(((..(((.((((((..(((((.....)))))((....))..))).))).))).))).)))).)))))).))))..))))))))).)).)))))))(((((.((((((((((....((((((((.((....))..)).))))))(((((.......)))))(((((...(((.(.(((((.(.((((.(((......))).)))).).)))))))))...)))))(((((((((((((((...(((((.......)))))...)))...)).)))))))))).)))))).))))...)))))(((..((.((.....))))..))))))))))))...))).).))).)))))..))))))...))))))(((.((((......)))).)))..........)))))))))))..)))((((((((.((((((...(((((.........))))).)))))))).....))))))...........)))..))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((..((......))..)))}}))(((..((((((.....((((((,,,((((((((((.{.{(,,(((((....((((...{.((,(((((((({...,.{{{,{..{,{(((((,((,,{{{.....,{{{(({.{{{(((,....{(((,,{{,..{,,.{{{|..,}}}...}))}}.}}{||||{(((.(((((((.....((.(((((.................))))})}..},.......((({...}))).{{({......})}}...(((.{..(((((.(((.((..((((((((,{......{{(...((.(,...,..)}.}},.||}..(((((.{....((((((((....((((...........((((.....)))).....})))....)))}}))))....}.)))))..,))))))))))....)).))).)))))}))).....,)))))).))),}.,,.||.....}}.||...((((({{,...,)}.)))))},..,....)))))))}}}}}),,}||||{{{(((({{{{({.,{{{(((((.(((((((...)))))))..)))))..(((((.({..(((((((((((.(((({(,,((((((((((({.,((((((...)))))).|{,,(((((((((.,((({({{(,{{(((,,((((.,,,,...,,||.,..,.{{.......,,.,,,.,{{{.,,(((((((((.{(((...,.,..((((({..........,,.(((((.{{{..{((((((({({{((((,,...|||..(((((.....)))))..}||({{,{{{,(({{(((..((((((({...{{{(((.((({{({(((,.,,,{{({{{...(((((.{,,(((((((....)))).))).,{,{{{{{(({.,,,..}}..}|}.,,..}}|,,....,{{.{{,.{{,|,,..,,},))))),},,}})},...(((((....))))).{.((((((((((..({...)}))))))))))}{{(((,,,..}})})))))}))),..}))),.,)))}}}.{((((((((((.(..,(.....,,)}.,}))))))},))))}..}.))))))).)))),),,...|||.,,,}))))}.{{{(((,,{{{.{{{|.,,,}))),)})),.))))))}))))))))..))))).(((((...((((....)))).}))))((((((..(((......))).))))))...}))))).,.,}.....}}}}...)))))))}},,........,))),)))).....})))}))))))},...,,,}....(((((((..((((..........))))..))))))).....)))))}}}}..||{({.{{(((({...,,))))))).}}},,}})))),||||||{(((({{{{{...,|||.{{||||,||.{(((((.{(......}},..))))))..((((....(((....)))....)))).,((((((((((((.(((((,{((((((....)))..)))))).)))..)))))),(((((.(((,((((((({{(((.{((((((({((...)}},..........})))))),}.....))))))))),},,..,,{{.({(({(((((..{|,||,...}),}}..}}))..)))))).}}.....,}})))))))).......((((((,,,...}})))))).,)))))),...(((((((.....))))))).}........(((((...)))))(((((....)))))})})))))))))})))))).))).,..((((((((.{{{..((((((((.........(((.((((((((,,.(((((.(((((((.((..(((.,....,))).)).)))..))))..))))),,.)))))))))))..))))))))........((((......)))).((((((....)))))),}}.)))).))))..)))))),,.))))))))))).}}..}))))...})))))}}.))))),))),))))))),))))))))))),)...))))))))).,)).).))))).)))))((((((((,{(((((((((...,(((((({,.,,....,,..)),)))})}(((((.......))))){((((...{{(.(.(((((.(.((((.(((......))).)))).).)))))})))...))))|((((((((((({(({...({{{,.,,,,,,}})))..,}))...}),)))))))))).)))))).)))}..,.,,|,|,,.,||||({{{..,.}},,||,,}...,...|..,||||.,,.,,}})})}})))))},)))))).(((.((((......)))).)))....,,..,{.......,,..},|,,(((((((,,((((((.,.,((((......}}}),,)).))))))})...,.))))))...,},.))))))..)))