Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_FNDC3B_0019700

Sequence Length

555 nt

GC Content

0.3838

ACACCCCAGUGGCUGCCCGUCGAACGUAAACAUGUGAACUUAAGUAAACAAGUAAAAACAAGUAAAUAAACAAGUAAAAAUACAGCUCAAAGAUUUGAGCUCACAGCCCUGAAUGGAAUAACCAUUGUCUCUUCAACCACAUCUUAUUACUCUCAGUUUCCAGGUACAUUGGUCCCUCCACUUGCCCUUCUUAGGACCCUUUAUUCUCUGUUGCCUGUUAAAUUAUUAAAUGUUAAAUGGAACCCCGUGUUAAUCUCCUUAACAUCGCGAACACUUAAAACUAUACAGUGACAAGUCAGUGAACCAUAGUGAAACUCCAUUCCCCAAUGACACCUUCAUUCCUGAUUUUCCUGGUAACAUUUGUAAUAUCAAAAAUUCAUGAUAACAGGCAACUGAUUUAAUGAUAACUCCAGUUAAAAGGCCUUGGGGAAGGAACUUGACAACCUUACUGCCUUCUAAUGGUAUUGUUUUUCCUUUUUUCUUUUUCGCAAUGCAGAAUAUGAGUUGGAAGUAAAGAGGGUGCAAGACAUUCUUUCGGGAAUAGAGAAACCACAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-108.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -120.34

Frequency: 0.0000

Diversity: 107.75

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.....(((.(((((..(((...)))...((.(((..((((........))))....))).))..........(((....)))(((((((....)))))))..))))))))(((((.....)))))...............)((......((((.((((((.((((...(((.....)))..))))..((((.(.(((((((....((.(((((((((((.(((((.((((((((...(((...(((((((((.....)))))).)).)..((((...........))))..(((((((.((......(((((....((((....)))).....)))))))))))))))))...))))))))))))).(((........)))))))))))))).))......(((((..(((.(((.(((((..(((((..(........)..)))))..))))).))))))..)))))(((((....(((...(((........)))...)))..)))))...))))))).))))).........)))))).))))......))

Thermodynamic Ensemble Prediction

{.....(((.(((((..{{{...}}}...{{.(((..(({{..,...,,)}))....}},.||..........(({....}))(((((((....)))))))..)))))))){((((.....)))))||,,....................((({.{(((((,((,{,..{{|,...,}}}{{||||{{((((.{,{,,{{{{..,.((.((((((((((,.(((({{((((((((...(((,..,{(((((((.....)))))).}).}..((((,..........))))..,((((((.(({.....(((,,....{{{{....,})).,,,.,)}})))))))))))))...))))))))))))),(((........)))))))))))))).)}......(((((..(({.(((.(((((..(((((..(........)..)))))..))))).))))))..))))),((((....(((...(((,{...,}.)))...)))..))))}..})))))),})))),.........)))))).))))......}}