Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_FNDC3B_0020000
Sequence Length
2005 nt
GC Content
0.4943
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-630.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -669.41
Frequency: 0.0000
Diversity: 486.44
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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