Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GCN1L1_0001100

Sequence Length

1008 nt

GC Content

0.5903

AAGCUGGAUGCUGGCAACCAGUUGGCACUCAUUGAAGAGCUGCACAAGGAAAUCCGGCUCAUAGGGAACGAGAGCAAAGGCGAGCAUGUGCCAGGAUUCUGCCUCCCGAAGAAGGGAGUGACCUCCAUCCUUCCAGUGUUGCGGGAAGGAGUCCUGACUGGCAGCCCUGAGCAGAAGGAGGAGGCAGCCAAAGCCUUAGGCUUGGUAAUCCGCCUGACCUCGGCUGACGCCCUGAGGCCCUCCGUGGUCAGCAUCACUGGCCCUCUGAUCCGCAUCCUGGGGGACAGGUUCAGCUGGAAUGUGAAGGCGGCUCUGCUCGAGACACUCAGCCUCUUGUUGGCUAAGGUUGGGAUUGCCCUGAAGCCCUUCCUGCCCCAGCUGCAGACCACUUUCACCAAAGCCCUGCAGGACUCCAACCGGGGGGUGCGCCUGAAGGCCGCAGAUGCUCUGGGGAAGCUCAUUUCCAUCCACAUUAAGGUGGACCCCCUCUUCACAGAGCUGCUCAAUGGCAUCCGCGCCAUGGAGGACCCAGGUGUCAGGGACACCAUGCUGCAGGCCCUGAGGUUUGUGAUUCAGGGAGCAGGGGCCAAAGUGGAUGCCGUCAUCCGGAAAAACAUCGUCUCACUCCUGCUGAGCAUGCUGGGACACGAUGAGGACAACACUCGCAUCUCCUCAGCCGGGUGCCUAGGGGAACUGUGUGCCUUUUUGACUGAAGAGGAGCUUAGUGCCGUUCUACAGCAGUGCUUGCUGGCGGACGUGUCCGGCAUUGACUGGAUGGUUCGGCACGGGCGGAGCCUGGCACUUUCCGUGGCUGUGAAUGUGGCUCCUGGCAGACUUUGUGCCGGCAGAUAUAGCAGUGAUGUUCAGGAAAUGAUCCUGAGCAGUGCCACGGCGGACAGGAUCCCCAUUGCGGUGAGCGGGGUCCGGGGCAUGGGCUUUCUCAUGAGACACCACAUCGAGACAGGCGGAGGGCAGUUGCCGGCCAAACUUUCCAGCCUGUUCGUUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-412.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -429.47

Frequency: 0.0000

Diversity: 254.34

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.((((((((((((...)))))((((((((......))).))).)).....))))))))(.(((.((((.((.((...((.(((..((.(((.((...(((((((((......)))).((.(((((.(((((((((.(((((.((.(((...)))..)).))))).)))....)))))))))))))(((((.(((...))))))))..((((((((..(((((.((..((((((.((((((((((((((((.....))))))((((((..((((.(((.((((.(((......)))....(((((((.((.(((((..(((.(.....).)))..(((((...(((..(((.((......)).)))..)))...))))).))))))).)))))))......(((((((.(((((....)))).(((.(((....))))))....((((((..((((......((((((........))))))......)))).))))))(.(((.(((((......))))).))).)....((((((...)))))).).))))))))))).)))..))))..))))))((((((((........(((((((.....))).....))))......))))))))..(((((((((((...(.((((.......)))))...))).))))...))))...(((((.((((.(.(((((((....))))))).((((.((((((..(((...((((...((((((((....)).))))))...))))..)))..))))))))))...((((((((((....((.(((((...((((.((.((((((.......)))))).)).))))))))).))((((((((.....))))))))))))))).)))).))))..)))))...)))).....)))))))))))).(((..((((....))))..)))))))))).)))))))).)))))...)))))))..))).)).)))))))).))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

,{((((((((((((...)))))((((((((......))).))).)).....))))))))(.(((.((((.((.((...((.(((..((.(((.((...(((((((((......)))}.((.(((((.(((((((((.(((((.((.(((...)))..)).))))).)))....)))))))))))))((({{{(((...))))))))..((((((((..(((((.{,..((((((.((((((((({(({{,((((({{((((((,(((.{{(((({((({{{{{.,,{((((.((.({...(((((((.((.(((((..(((.,.,,..|.|}}..(((((...(((..(((.{(......)}.)))..)))...))))).))))))).))))))).....,||,||,|}}||||..}},}))}}|||{((,.|.||||||{{..((((((.,((((......((((((........))))))......}}}}.)))))){.(((.{((((......))))}.))).,.,|.((((((...)))))).,.)))),))||{|{||,,.,,...,}))))),,)))))))),..))}})))),},|}}|}}}}.......{(.{((({{{{,((|{{|,|{|{|{{|,..,|.{({(,......}}}}},}.}})))))),)))}||...(((((.((((.(,(((((((....})))))).(({,.((((((..(({,,,((((...((((((({....}).))))))...))))..)))..)))))),)))...{{{(((((((....((.(((((..,(((,.((.((((((.,...,.)))))).)),))),))))).))((((((((.....))))))))))))))).)))).))))..)))))...))))))))))))))))))))).|{|,.((((....))))..))}},})))).)))))))),)))))...)))))))..))).)).)))))))).))).)