Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GCN1L1_0003900

Sequence Length

898 nt

GC Content

0.5657

GUUCAGCUCUGUUCAGCUCCUUGGGGAUCUCCUGUUUCACAUCUCAGGAGUCACUGGGAAGAUGACCACAGAAACUGCCUCUGAGGAUGAUAACUUUGGAACUGCCCAGUCCAACAAGGCGAUCAUCACUGCCCUGGGGGUAGAGCGGCGGAACCGGGUGUUGGCAGGGCUGUACAUGGGCCGCUCAGACACCCAGCUGGUGGUGCGGCAGGCGUCCCUGCAUGUCUGGAAGAUUGUUGUCUCCAAUACCCCCCGCACCUUGCGUGAGAUCCUACCCACUCUCUUUGGGCUCCUGCUGGGUUUCCUGGCCAGCACGUGUGCAGAUAAGAGAACGAUUGCAGCGAGAACAUUGGGAGAUCUUGUGCGGAAGUUAGGGGAGAAAAUCCUCCCCGAGAUCAUCCCCAUCCUUGAGGAAGGCCUGAGGUCUCAGAAGAGCGAUGAGAGGCAGGGUGUGUGCAUUGGCCUAAGUGAGAUCAUGAAGUCCACCAGCCGGGAUGCCGUGCUGUAUUUCUCUGAAUCCCUCGUGCCCACGGCAAGGAAGGCUUUGUGUGACCCACUGGAGGAGGUCAGAGAGGCGGCAGCCAAGACUUUCGAGCAGCUGCAUUCCACCAUCGGCCACCAGGCUCUGGAGGACAUUCUCCCAUUUUUACUAAAGCAGCUGGAUGACGAGGAGGUGUCAGAGUUUGCCUUGGAUGGUCUGAAGCAAGUCAUGGCUAUUAAGAGUCGUGUGGUGCUGCCCUACCUUGUGCCCAAGCUGACAACGCCACCUGUCAACACCCGGGUGCUGGCUUUCCUUUCGUCAGUGGCUGGUGAUGCCCUCACCCGUCAUCUUGGCGUGAUCCUCCCAGCGGUCAUGCUGGCCCUGAAGGAAAAGCUUGGGACCCCAGAUGAGCAGCUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-336.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -355.93

Frequency: 0.0000

Diversity: 265.66

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((((.......((((.((((((.((((((((.((((.((((((......)))))).).)))..))))...(((((.((...((((((..(((((..(((....)))....)))))..)))))).((((((...)))))))).)))))..((((((((((((((((((((.(((((((.((..((.((((.....))))((((((((((((((((.((.....((((.(((....)))))))........((((((((((.(...(((((.....((((.((((.((.(.((((((.(.....).)))))).).)).))))..))))(((..(((((.(((((.(.......).))))))))))..))).((((((......))))))((((((.((.((.(((....))).))...)))))))).....)).)))...).)))))))))).....(((.((..(((....)))..)).)))...)).)))))))).)))))))).(((((((.(((((((((..((((.(((((....)))))))))...)))..)))).)))))))))(((((((.(((.((((((((..(((((((...........((((....))))..(((((....))))).............)))))))..)))....((((((........)))))).((((((((((......))).)))))))..))))).)).).)))))))....)).)))))))...)))))..))..))))))))))))))).....(((((((((....((((.(((((((((((........)))))))..(((((((((((...)).)))))))))))))))))))).)))))).))))))))))..)))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

...(((({.,{{{{{,{({.,(((((.((((((((.((((.((((((......)))))).).)))..))))...((((({((,{{((((((..((((((,{((....)))))),.,))}..)))))).||,{{{.}})))))),,{||||,..((((((((((((((((((((.{,(((((((,.{{,.(({(,.,||}}}|((((((((((((((((,((.,,..((({,(((....)))))))........((((((((((.(,.,((({{.,.,.{((({((((.((.(.((((((.(.....).)))))).).)).))},..))))|{{..,{{{,.{{{{{.,...,,,.),))))))))}}..}}}.((((((......))))))((({{{.{{.((.(((....))).))...))))))))....,)).))),..}.)))))))))),}...,||,||..(((,{{,,,,..|}|)))|||)).)))))))).))))))},.(((((((.(((((((((..(((,{(((((....)))))))))...)))..)))).}}))))))){(((((,|({,.({,,,{,.,||,|||||.,{{,,{{{,,{({{..,,||||||||.||||.,|||||,.,||,,.,,...,|||||}|.,}{{{{|||||,||||||,|,}}|,.,.}},)})}})}|||{...{{{{|||.....,))))})).,.))))})),,.}}}}))))))).},))})}..))}.})))))))))))))).,}}}|(((((((({,.,((((,((({(((((,{...,}}}}})))))}..((((((((({,...}}.))))))))))))}}}))))))))))),.)))))))))).})))))))))