Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GCN1L1_0006800

Sequence Length

1848 nt

GC Content

0.5812

GUUCUGGCUUCAGACACCCUGACCACCCUGUGUGCCAGCAGCAGUGGUGAUGAUGGCUGUGCCUUUGCAGAGCAGGAGGAGGUGGACGUGCUGCUCUGUGCCUUGCAGUCCCCGUGUGCCAGCGUGCGGGAAACCGUGCUCCGGGGGCUGAUGGAACUCCACAUGGUAUUGCCAGCACCUGAUACUGAUGAGAAGAAUGGCCUGAACCUUCUGCGGAGACUCUGGGUGGUCAAGUUUGACAAGGAGGAGGAGAUCCGGAAGCUGGCUGAGAGGCUCUGGUCAAUGAUGGGCCUAGACCUGCAGCCAGACCUCUGCUCCUUGCUGAUUGACGACGUGAUCUAUCAUGAGGCGGCUGUAAGGCAGGCAGGGGCCGAAGCCCUCUCCCAAGCAGUGGCACGUUACCAGCGGCAGGCGGCGGAGGUUAUGGGCAGGCUCAUGGAGAUUUACCAGGAAAAGCUCUACCGGCCGCCCCCAGUGCUGGAUGCUUUGGGACGAGUUAUUUCAGAAUCUCCUCCAGAUCAGUGGGAAGCCAGGUGUGGCUUGGCGUUGGCCCUCAACAAGCUCUCCCAGUAUUUGGACAGCUCUCAGGUGAAGCCACUCUUUCAGUUUUUUGUCCCUGAUGCCCUCAAUGACCGACACCCAGAUGUCCGGAAGUGCAUGUUGGAUGCAGCCCUCGCAACGCUCAACACUCAUGGGAAGGAGAACGUCAACUCGCUGUUGCCAGUAUUCGAGGAGUUCCUGAAGAACGCGCCCAAUGAUGCCAGCUAUGAUGCUGUGCGACAGAGUGUGGUGGUCCUGAUGGGCUCUCUGGCCAAGCACCUGGACAAGAGUGACCCCAAAGUGAAGCCCAUUGUUGCCAAGCUCAUCGCUGCCCUCUCCACCCCCUCCCAGCAGGUCCAGGAGUCCGUAGCCAGCUGCUUGCCACCCCUUGUGCCAGCCAUCAAGGAGGAUGCUGGAGGGAUGAUCCAGAGGCUUAUGCAGCAGCUGCUGGAGUCAGACAAGUACGCAGAGCGCAAAGGGGCCGCCUAUGGCCUGGCGGGCCUGGUGAAGGGCCUGGGCAUCCUCUCGCUGAAGCAACAGGAGAUGAUGGCGGCACUGACUGAUGCCAUCCAAGAUAAGAAGAACUUCCGCCGGCGAGAGGGAGCCCUCUUUGCCUUCGAGAUGCUCUGCACCAUGCUGGGGAAACUUUUUGAGCCGUAUGUGGUUCACGUGCUGCCCCAUCUGCUCCUGUGCUUUGGGGAUGGAAACCAGUAUGUGCGUGAGGCUGCAGAUGACUGUGCCAAGGCUGUGAUGAGCAACUUGAGUGCUCACGGGGUGAAGCUGGUGCUCCCCUCCUUACUGGCUGCCCUGGAGGAGGAAUCGUGGCGGACCAAAGCUGGGUCAGUGGAGCUUCUUGGGGCAAUGGCGUACUGUGCUCCUAAGCAGCUGUCAUCCUGUCUACCCAACAUUGUGCCCAAGCUUACGGAGGUGCUGACCGACUCCCAUGUCAAAGUCCAGAAGGCUGGACAGCAGGCGCUCAGGCAGAUCGGCUCCGUUAUCAGGAACCCGGAGAUCCUGGCCAUUGCUCCAGUCCUCCUGGAUGCCCUGACGGAUCCCUCCAGGAAGACCCAGAAGUGCUUGCAGACCCUGCUGGACACCAAGUUUGUCCACUUCAUUGAUGCCCCAUCCCUGGCCCUCAUCAUGCCCAUUGUCCAGAGAGCCUUCCAGGACCGUUCCACGGACACGCGGAAGAUGGCAGCCCAGAUUAUUGGCAACAUGUACUCCCUGACAGACCAGAAGGACUUGGCUCCGUACCUGCCCAGCGUGACGCCUGGCCUGAAAGCAUCGCUUUUGGACCCUGUGCCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-721.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -752.25

Frequency: 0.0000

Diversity: 427.10

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((.((((((((.....)))).((((((((((....))).))).)))).((.((((.(((((...(((((((((.(.(.......).).)))))))))......(((((((((.(.((......((((....)))))).)))))))))).(((....)))...))))).)))).)).((.((....)).))......)))).))))(((..(((.((..((((((((((((...((((...((.(((((((((((.(((((((((((..(((.(((((((.......)))).)))))).))))))((((((((((.(((((((..(((((.(((((....)))))..((.(((((..((.((...(((((....))))))).))..))))).)).)))))....))))))).))))))))))..((((.((((..(((((.(((........))))))))..))))))))(((....)))..))))).))..(((....)))...)))))))))..(((((.(((((((.(((.(((((((.((((((.....)))).((((.(((........))).)))).....)).))))))).)))...)))))....))))))).)).)))))))))...))))))).(((((((((((.(((((.....(((.((..((.(((((..........(((.(((.....(((((.(((((((((((((((.((..((.(((((.......(((((....((.(((((((......)))).))).))..)))))..(((((((..(((((((((((.((((((..(((.(((.((((................)))).)))))).(((((((((.(((...((((.((((.....(((((..(((((.((((((((..(((((..(((.(((((((((.....)).))))).))...(((((.......))))).)))....))))).))))).))).))..........((((((((((..(((.(((((........))))).)))..)).(((((..((((.(((((((((((..((....((((..(((((((.((.....)).)))))))...............))))))))))))))))).)))).....))))).....)))))))).......(((((........((((((......)))))).......))))).)))..))))).....)))).)))).((((.....)).))..(((.((((....)))))))..))).)))))))))....((((.((.((.((((((..((((((.(.(((((((((...((...))...)))))))......)).).)))).(((.(((((.((((.((((((((((((((((((((((....(((((((((....(.(((..(((.......)))..))))....))))).)))))))).....(((......)))...((((((....))))))(((....)))((((....((((.(((.......)))..))))....))))))))))))))))(((.(((((((.(.((....))...).))))))).)))..))))))..)))).))))).)))(((((.......)))))...........))..)))))))))).))))...)))...))).)))))))))))..))))))).((((.((....)).))))...)).))))).)).))))))))))).)).....(((......)))...)).)))))......))).))))))))...))..)).)))..)))))))))))))))).)).)))..)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((.((((((((.....)))).((((((((((....))},))).)))).{(.((((.(((((..,(((((((((.(.(.......).).))))))))),.....(((((((((.(.,,..{,,,((((....)))))).)))))))))).{({....}},...))))).)))).)}.((.{{....}}.))......)))).))))(((..(((.((..((((((((((((...((((...((.((((((((({{.((({(((((((..(((.(((((((.......)))).)))))).))))))|(((((((((.(((((((.{((,,({((((,....,},,)..((.(((((..((.((,..(((((....))))))).))..))))).)),)))),.}}}))))))).))))))))),..{(((.((((..(((((.(((.......})}.)))))..)))))))|(((,.((.....)).)))))........,))).}.}))))))))..(((((.(((((((.(((.(((((((.((((((,...,)))).((((.(((........))).)))).....)).))))))).)))...))))}...,))))))).}),))))))))}..,))))))).(((((((((((.(((((.....(((,({.{({.(((({.........,(((.{((,,...((((,.,,{((((((((((((.((..((.(((((.......(((({,,..((.(((((((......)))).))).))..}}|||,{(((((((..(((((((((((.(((((({{(((.{,{,.,(,{{{{{...{{(,,(({{{,,(||||,..(((((((((.(((...{{((.((({.,,,,(((((,.{{{((.((((((((..(((((..(((.(((((({,,,,,,.}|,|}}}}.}),,,||||{.,.....})))).)))....))))).))))).))).))..........((((((((({,,(((,(((((....,,,.}}}||,|||..|{,{||||,.((((.(((((((((((..((....{{{{..(((((((.((.....}).)))))))...............))))))))))))))))).)))).}}}}))},,.....,))))))),,,.}}}|||||........{(((((,....,)))))},{{{,,,}}|||.}}},.}}}}}.....)))).)))}...||||||,|{{,,..{{{.|||{,,..)))})}}..))).)))))))))}}}.||.}.)))))}))))),,,{||{|||||{{(((((((.,.((...,)}.,)))))))....,,||,|,,|||.||||((((({((({,((({({((((((((((((,,,{.,||{{||{{||{||,,{.{{,.,||{.......,))..)})},...))}}},||||||||,,,||(((......)))...((((((....)))))){((,|,.)}}{{||,|,.{||{,{{{,....,,|||.,},}}.,.,))))))))))))))))(((.(((((((.{.({....))...}.))))))).))),,)))})),}},||{|,,})}))|(((((.......)))))}...,,.{{{{{,.|||,,..)))}.,,))}},}),...})).)))))))))))..)))))))},{||,||....)),)}},...)).))))).)).))))))))))).)}..,,,{({......}})..})}.}))))....,.))).))))))))..}),..)).)))..)))))))))))))))).)).)))..)))