Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GCN1L1_0010000

Sequence Length

432 nt

GC Content

0.5625

CGGCCGCCCCCAGUGCUGGAUGCUUUGGGACGAGUUAUUUCAGAAUCUCCUCCAGAUCAGUGGGAAGCCAGGUGUGGCUUGGCGUUGGCCCUCAACAAGCUCUCCCAGUAUUUGGACAGCUCUCAGGUGAAGCCACUCUUUCAGUUUUUUGUCCCUGAUGCCCUCAAUGACCGACACCCAGAUGUCCGGAAGUGCAUGUUGGAUGCAGCCCUCGCAACGCUCAACACUCAUGGGAAGGAGAACGUCAACUCGCUGUUGCCAGUAUUCGAGGAGUUCCUGAAGAACGCGCCCAAUGAUGCCAGCUAUGAUGCUGUGCGACAGAGUGUGGUGGUCCUGAUGGGCUCUCUGGCCAAGCACCUGGACAAGAGUGACCCCAAAGUGAAGCCCAUUGUUGCCAAGCUCAUCGCUGCCCUCUCCACCCCCUCCCAGCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-130.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -139.89

Frequency: 0.0000

Diversity: 92.09

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((......))..((((((.....(((((.((.(((.((((((...((((((..((..(.(((..(((.(((.(((((((.((((((.....)))).((((.(((........))).)))).....)).))))))).)))...(((((((.((((((((((.....((..((((((......))).)))..)))))((((((.((..((....))..)).)))))).))).)))).)))))))........)))....))).)..))))))))...))))))))).))))))).((.(.((((.((((.(((..((((((..(((.(((..((((...((((.((((.((((......))).).)))).).)))...)).)).))))))))))))..))))))).)))).).))...........)))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

.((......))..((((((...,.(((((.((.(((.((((((,,.((((((..((..(.(((,,{((,(((.{{{|||{,(((((({...,}}}}.((((.(((........))).))))....,)).))))))).}},...(((((((.((((((({{{......,..((((((......)))},))..}||}}{(((((.{(|.((....))..,),}))))}.})).)))).)))))))..,,,|,.}}}},},))).)..}})))))).}.))))))))).))))))).|{.{.((((.((((.(((,.((((((..(((.(((..((((...((((.((((,,(((......))).).)))).).)))...)).)).)))))))))))),.))))))).)))),,.,,...........)))))).