Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_GCN1L1_0011800
Sequence Length
2659 nt
GC Content
0.5754
GCUCGGAAGGAAAACUAACUGUUGUAGCCCAGAAGAUGAGCGUCCUCUCAGGGAUUGGGAGCGUCAGUCAUCACGUGGUGUCUGGACCUUCCAGUCAGGUCCUGAAUGGGAUCGUGGCUGAGCUGUUCAUCCCGUUCCUUCAGCAGGAAGUUCAUGAAGGGACCUUGGUACACGCUGUCUCAGUCCUGGCUCUCUGGUGUAACCGAUUCACUAUGGAAGUGCCCAAGAAGCUCACUGAAUGGUUCAAAAAAGCUUUCAGCCUUAAAACCUCCACAUCUGCGGUGAGGCAUGCCUACCUGCAGUGCAUGUUGGCCUCUUACCGGGGUGACACGCUGUUGCAGGCCCUGGACUUACUGCCCUUGCUCAUCCAGACAGUGGAGAAGGCAGCCUCCCAAAGCACUCAGGUUCCCACCAUCACUGAAGGGGUUGCCGCAGCCUUGUUGCUCUUAAAGUUGUCAGUGGCUGACUCACAGGCUGAGGCCAAACUGAGCAGUUUCUGGCAGUUGAUUGUGGAUGAGAAAAAGCAGGUUUUCACUUCUGAGAAAUUCCUGGUCAUGGCUUCAGAGGAUGCCCUGUGUACUGUGUUGCAUCUGACAGAGAGACUUUUCCUUGACCACCCGCAUAGACUCACUGGCAACAAAGUUCAGCAGUACCACCGGGCUCUGGUGGCGGUGCUCCUGAGCCGCACCUGGCACGUCCGCAGGCAGGCUCAGCAGACAGUUCGGAAGCUGCUGUCCUCUCUUGGGGGCUUUAAGCUGGCGCACGGACUCUUGGAGGAGCUGAAGACUGUCCUCAGUUCUCACAAGGUGCUGCCCUUAGAGGCUUUGGUGACUGAUGCUGGAGAGGUGACUGAGGCAGGCAAGGCCUACGUGCCUCCACGGGUCCUGCAGGAGGCUCUGUGUGUCAUCUCCGGUGUGCCAGGGCUCAAGGGUGAUGUCACCGACACUGAACAACUGGCCCAGGAAAUGCUGAUCAUCUCCCACCACCCAUCCUUAGUUGCCGUGCAGUCUGGACUUUGGCCAGCACUUCUUGCCAGGAUGAAGAUCGAUCCUGAAGCCUUUAUCACCAGGCACCUGGAUCAGAUCAUUCCCAGGAUGACCACACAGAGUCCCCUAAACCAGUCCUCCAUGAAUGCCAUGGGCUCCCUUUCCGUCCUGUCGCCGGACCGGGUCCUCCCACAGCUCAUCAGCACCAUCACUGCCUCCGUGCAGAACCCUGCACUGCGCCUGGUGACGCGGGAGGAGUUUGCCAUUAUGCAGACCCCUGCUGGGGAGCUGUAUGACAAAUCCAUCAUUCAGAGUGCCCAGCAGGACAGCAUAAAAAAGGCCAACAUGAAGCGAGAGAACAAAGCUUAUUCCUUCAAAGAGCAGAUCAUCGAGCUGGAGCUGAAGGAGGAGAUAAAGAAGAAGAAAGGCAUCAAAGAGGAGGUGCAGCUGACCAGCAAGCAGAAGGAGAUGCUGCAGGCCCAGCUAGACAGGGAGGCGCAGGUCCGGAGGCGGCUGCAGGAGCUGGAUGGGGAGCUGGAGGCGGCGCUUGGACUGCUGGACAUCAUCCUGGCCAAGAACCCGUCCGGCCUGACCCAGUACAUCCCUGUUUUGGUCGACUCUUUUCUGCCCUUGCUGAAGUCUCCCCUGGCUGCUCCCAGGAUCAAGAACCCCUUCUUGUCCUUGGCUGCCUGUGUCAUGCCCUCUAGGCUCAAGGCUUUGGGCACUUUGGUGAGCCACGUGACCCUGCGCCUGCUGAAGCCAGAGUGUGUCCUGGAUAAGUCCUGGUGCCAGGAAGAGCUGUCGGUGGCUGUGAAGAGGGCGGUGAUGCUGCUGCACACCCACACCAUCACCAGCAGGGUGGGCAAGGGGGAGCCAGGUGCUGCGCCCUUGUCCGCGCCAGCCUUCUCCUUAGUCUUCCCGUUUCUGAAGAUGGUGCUGACGGAGAUGCCCCACCACAGUGAGGAGGAGGAGGAGUGGAUGGCCCAGAUUCUUCAGAUCCUCACUGUCCAAGCCCAGCUGAGGGCCUCCCCCAACACCCCACCCGGGCGGGUGGACGAGAAUGGCCCGGAGUUGCUGCCUCGCGUGGCCAUGCUGCGUCUUCUGACUUGGGUGAUCGGGACGGGCUCGCCUCGCUUACAGGUUCUGGCUUCAGACACCCUGACCACCCUGUGUGCCAGCAGCAGUGGUGAUGAUGGCUGUGCCUUUGCAGAGCAGGAGGAGGUGGACGUGCUGCUCUGUGCCUUGCAGUCCCCGUGUGCCAGCGUGCGGGAAACCGUGCUCCGGGGGCUGAUGGAACUCCACAUGGUAUUGCCAGCACCUGAUACUGAUGAGAAGAAUGGCCUGAACCUUCUGCGGAGACUCUGGGUGGUCAAGUUUGACAAGGAGGAGGAGAUCCGGAAGCUGGCUGAGAGGCUCUGGUCAAUGAUGGGCCUAGACCUGCAGCCAGACCUCUGCUCCUUGCUGAUUGACGACGUGAUCUAUCAUGAGGCGGCUGUAAGGCAGGCAGGGGCCGAAGCCCUCUCCCAAGCAGUGGCACGUUACCAGCGGCAGGCGGCGGAGGUUAUGGGCAGGCUCAUGGAGAUUUACCAGGAAAAGCUCUACCGGCCGCCCCCAGUGCUGGAUGCUUUGGGACGAGUUAUUUCAGAAUCUCCUCCAGAUCAGUGGGAAGCCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1070.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1115.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 793.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((((((((...(((((((.(((((((....(((((((((.((((((((((((((.(((((.((((....)))).)).))))))))))))....)))))..)))))((.((((((((.((....((.(((((((((............)))))))))...)).....)).).))))))).))))))))))).)).))..((((((.....((.((((..(((((((.........(((((.....((((.((((((......((((((.((((.((((((((((((((......)).)))))).(((......(((((((.....((....))..))))))).......)))....))))))))))..))))))..(((((((((.........((((.............)))).)))))))))(((((...))))).......((.(((((...)))))..)))))))))))).....)))))))))))))))).))....)))))).......))))))))))).))))))))....((((.((((.(((.((....)).)))..((.(.((.((((......)))).))).)).....((((((((((((...((.((((((........)))..((((.(.(((((((...))))))).).))))..((((((...((((.........))))..))))))(((((..((((((..(((...((((((....)))))).....((((((((((((.....((((((.(((((.(((((....))))).)))..((((((........(((((..(((((.((((((((((.((((.(((((..(((((....(((..((((....))))))))))))(((.(((((((((((((((((.((((((.....((((((....))).)))....)))))).....(((((..(((((.(((((.(((..(((.(((((.((........))..)))..))..)))...))).))))).))))))))))...((((((((((((.(..((((........))))..).))))).)))).)))...)))))).))))))))))).)))....))))).((((((.....))))))..(((..((((.(.....).))))..))).)))).).))))..)))))))))).....))))).((((((....)))))).)))))).((((((((((.((.(((.(((.((((((.(...(((((((((.(.(((.((((........)))).)))..).))))))))).).))))))....))).))).(((((.(((((.......)))..)))))))..((((((.((.((.(((....)))))(((.((((((..............(((((........)))))(((((.((.(((.(((........)))))).))..)))))...(((.((((.(((((...((((.((((((((((.(.((..((((..((((((.(.((..(((((.((...(((.....))).)))))))..))).))))))....))))...)).))))))...))))).))))..))))))))).)))..)))))))))))))))))(((((..((((((....))))))..))))))).))))))))))))))))))((((((((((...((((((.......((((((((.(((((((...(((((..((..((((.(((((((......(((((....)))))...((((..(((((.((((........((((.(((....))))))))))))))))..)))).(((((.....(((((((...((((..(((.(.(((((.((((((..((((....................)))).)))))).))))).).)))..))))((((((((((...((((((.(((.....)))..))))))...))))))))))....((((......)))))))))))..)))))((((((((((((.(((((((.(((((((((((.......))).)).)))))).)).))))))))).))))))))..))))))).))))))...((.((((((...(((..((((.....))))))).)))))).))))))))))).))).))).)))))))))))..(((((((((.(.(.......).).))))))))))))))).)))).))))))))))))((((((....))))))..((((.((((..(.((..((....))..)).))))).)))).................)))))))))..))))).))).)).))))))))))))..)))).))))(((((((((((.(((((((((((..(((.(((((((.......)))).)))))).))))))((((((((((.(((((((..(((((.(((((....)))))..((.(((((..((.((...(((((....))))))).))..))))).)).)))))....))))))).))))))))))..((((.((((..(((((.(((........))))))))..))))))))(((....)))..))))).))..(((....)))...))))))))).......(((....))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((((...(((({{{.(((((((....(((((((((.((((((((((((((.(((((.((((....)))).))}})))))))))))....)))))..))))){{.((((((((.((....((.(((((((((...,....},..)))))))))...)).....)}.).))))))).}}))))))))).)).,}..((((((.{{.,({.((((..(((((((.........(((((.....(({{{((((((......((((((.((((.(((((((((.{((..(((((((.((.((((,{((({.....)))})}))).))..)))))))....))......})))....})))))))))..))))))..((((((({(,...,,...,,,({,....,}}....)),,.)))))))))(((((,..|}}}}.......||.{{{{{.,,)))})..,,)))))))))).....)))))))))))))))).)).},.)))))).......))))))))))).)))))))).....)(({(({,.(((.{(,.,,|}.}}),}|||,.((.((((,.....)))).)),.,|...,,((((((((((({...((.{{{.{{{||.....,||{{(((({(,(((((((...}}}}))).||))}}.|{(((((...((({{{......|))))..)))))}|(((,.,(((((,..{{{|||((((((....)))))).....((((((((((((||,((((..((((((((.({...}}.))))))))..)))))}{|{((,....{((((|,{(({{{{,{,,{{{(((({((,({{(({,((((((,.{(((,.((((....))))||||||||(((.(((((((((((((((((,(((,{(({{{,(({{{{,,((((.,|||,,,,}}},}}.....|{((|..,(((,,(({{{.,||,.|||..,|,..||||||..,.,||,,})}}}.}})),...||||}|}}}.,,)),)))))|,,|{,(((((((((.{..((((........))))..}.))))).)))).}}},..))))))},)))))))))).)))..,{|}}||{{({{((..,,,|}}}||..,}}},||||||{.|||}}}|}||.||||{{{|||,((((,(,{(({(,{{{,..(((({{{,((((((....)))))),{{(,{,,,,|,|||||||||.(((.(((.((((((.{...(((((((((.{.(((.((((........)))).)))..}.))))))))).}.)))))}....))).))).{{(((,{{{,{......,})}.,))))))}..||||,|....,,..)))|||||}}.,||,|||{{,.............,|||||,..,,,,.)))))|{{{|,||.((,,(((........)))))).))..})))|...{{(,((((,(((((...((((.((((((((((.(.((..((((..((((((.(.((..(((((.((,..(((.....))).)))))))..))).)))))),,..))))...)).))))))...))))).))))..))))))))).)})..)))))))))}}}})}}}{{((((.((((({....})))))))))})}}}|)))))}))},{{|{||}||{({|,,|||}},|||||{...{{{,(((({({(,{{{{{({||{|((({..{((((,{{,,{{{||||...,||..,|}}||}}|}..,,{{{|||{||||||{{{..{.{{{{((((,(({{{.,|}}}}},}})},)}))}})}||.((((((((((((({{(((.....))).).))))))))))),)}.}},,(((({{{{({{..{(((({,..,.}))))),),|)}.}}}}}.}}||},..((((((((((...{(((((.(((.....)))..))))))...))))))))))...}|||,.}}}},})))}}},,,,..,,||,((((((((((((.(((((((.(((((((((((.......))).)).)))))).)).)))))}))).))))))))...)))}}))))}}}}}||||,,||||{}|||||}.||||,...,)))}}}}|})))})}},,}))))))),)))}.)),)))))}}}},...(((((((((.(.(.......).).)))))))))}}}}}}||||,,||))))))))))((((((....)))))).,||||,||||..(,,,..{{....)),.)},})))).)}}}...||.,..}}.,,..,))))))))),.)})))}))).}}.))))))))))))..,}}},}}}}((((((((({{.((({(((((((..(((.(((((((.......)))).)))))).))))))|(((((((((.(((((((.{((,,({((((,....,},,)..((.(((((..((.((,..(((((....))))))).))..))))).)),)))),.}}}))))))).))))))))),..{(((.((((..(((((.(((.......})}.)))))..)))))))|(((,.{{.,...)),)))))........,))).}.}))))))))...,,.,}||,,.)))))
Back