Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GCN1L1_0014900

Sequence Length

1150 nt

GC Content

0.5565

UUCAUGAAGGGACCUUGGUACACGCUGUCUCAGUCCUGGCUCUCUGGUGUAACCGAUUCACUAUGGAAGUGCCCAAGAAGCUCACUGAAUGGUUCAAAAAAGCUUUCAGCCUUAAAACCUCCACAUCUGCGGUGAGGCAUGCCUACCUGCAGUGCAUGUUGGCCUCUUACCGGGGUGACACGCUGUUGCAGGCCCUGGACUUACUGCCCUUGCUCAUCCAGACAGUGGAGAAGGCAGCCUCCCAAAGCACUCAGGUUCCCACCAUCACUGAAGGGGUUGCCGCAGCCUUGUUGCUCUUAAAGUUGUCAGUGGCUGACUCACAGGCUGAGGCCAAACUGAGCAGUUUCUGGCAGUUGAUUGUGGAUGAGAAAAAGCAGGUUUUCACUUCUGAGAAAUUCCUGGUCAUGGCUUCAGAGGAUGCCCUGUGUACUGUGUUGCAUCUGACAGAGAGACUUUUCCUUGACCACCCGCAUAGACUCACUGGCAACAAAGUUCAGCAGUACCACCGGGCUCUGGUGGCGGUGCUCCUGAGCCGCACCUGGCACGUCCGCAGGCAGGCUCAGCAGACAGUUCGGAAGCUGCUGUCCUCUCUUGGGGGCUUUAAGCUGGCGCACGGACUCUUGGAGGAGCUGAAGACUGUCCUCAGUUCUCACAAGGUGCUGCCCUUAGAGGCUUUGGUGACUGAUGCUGGAGAGGUGACUGAGGCAGGCAAGGCCUACGUGCCUCCACGGGUCCUGCAGGAGGCUCUGUGUGUCAUCUCCGGUGUGCCAGGGCUCAAGGGUGAUGUCACCGACACUGAACAACUGGCCCAGGAAAUGCUGAUCAUCUCCCACCACCCAUCCUUAGUUGCCGUGCAGUCUGGACUUUGGCCAGCACUUCUUGCCAGGAUGAAGAUCGAUCCUGAAGCCUUUAUCACCAGGCACCUGGAUCAGAUCAUUCCCAGGAUGACCACACAGAGUCCCCUAAACCAGUCCUCCAUGAAUGCCAUGGGCUCCCUUUCCGUCCUGUCGCCGGACCGGGUCCUCCCACAGCUCAUCAGCACCAUCACUGCCUCCGUGCAGAACCCUGCACUGCGCCUGGUGACGCGGGAGGAGUUUGCCAUUAUGCAGACCCCUGCUGGGGAGCUGUAUGACAAAUCCAUCAUUCAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-417.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -439.92

Frequency: 0.0000

Diversity: 302.25

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((..(((((..((((.....(((((((((((..(.(((((((((((.....((((((.....((.((((..(((((((.........(((((.....((((.((((((......((((((.((((.((((((((((((((......)).)))))).(((......(((((((.....((....))..))))))).......)))....))))))))))..))))))..(((((((((.........((((.............)))).)))))))))(((((...))))).......((.(((((...)))))..)))))))))))).....)))))))))))))))).))....)))))).......(.((((((((((....))))))...)))).)((.(((.((....)).))).))((.(((.((((((......(((.(((.((...................)).))).))))))))).))).)).((((((((..((.((((((.((((((((..(((((((...((((.........))))..))))))).....((((((...((((((((((((....))))))....))).)))...))))))((((..((((((((.((...)).))))))))..)))))))))))).)))))).)).)))).))))))))))))))).))))))))))))(((.((((..((((....)))))))).)))(((.(((((((((((((((((.((((((.....((((((....))).)))....)))))).....(((((..(((((.(((((.(((..(((.(((((.((........))..)))..))..)))...))).))))).))))))))))...((((((((((((.(..((((........))))..).))))).)))).)))...)))))).))))))))))).)))..))))))))).))))))((((...))).(((..((((.(.....).))))..)))(((((((...(((((((((..........((....((((((....))))))...))))))))).)))))))))(((((...((((((((.((((....))))..)))))))))))))............)

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((..(((((..((((.....(((((((((((..{.(((((((((((..,..((((((.{{.{({.((((..(((((((.........(((({.....(({{{((((((......((((((.((((.(((((((((.{((..(((((((.((.(((({{((({.....)))})}))).))..)))))))....))......}))}....})))))))))..))))))..((((((({(,...,,...,,,({,....,}}....)),,.)))))))))(((((...}}})}.......||.(((((.,,))),}..,,)))))))))).....)))))))))))))))).)).},.)))))),.|....,.((((,((((,....,}}))),..)))).|{{.(((.{(,.,,}}.}})||||{.{((.((((({......{{(.({{.,,..,|..||.......,},.,),))).))))))))}.})}.}}|(({(,{(({{((.((((((.((((((((,.(((((((...((((,{......}))))..)))))))..,..((((((...((((((((((((....))))))....))).)))...))))))((((..((((((((.({...}).))))))))..)))))))))))).)))))).)).)))))}))}))))))))))).})))))))))))(((.((((..((((....)))))))).)))(((.(((((((((((((((((,(((,{(({{{,((({{{,,((((.,|||,,,,}}},}}.....|{((|..,(((,,(({{{.,||,.|||..,|,..||||||..,.,||.,})}},.}})),...||||}|}}}.,,)),)))))|,,|{,(((((((((.{..((((........))))..}.))))).)))).}}},..))))))},)))))))))).)))..))))))))).))))))({{{..,||}.(((..((((,{,....,.})))..)))(((((((...(((((((((,.........((....((((((....)))))).).))))))))).)})))))))((((({..,,,,||||}|(((....))))..|||}||||,,......}}},.,,}.)