Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_GCN1L1_0016200

Sequence Length

1200 nt

GC Content

0.5517

CUAUUUCUAGUCUGCUGGCAUCAGUGACGCUUGACCUCAGCCAGUAUGCCAUGGACAUCGUGAAAGGACUGGCUGGUCACCUGAAAUCCAACAGUCCCCGCCUGAUGGAUGAAGCUGUGCUGGCACUGCGGAACCUGGCACGCCAGUGCAGUGACUCUUCGGCCAUGGAAUCCCUGACCAAGCACCUAUUUGCUAUCCUCGGAGGCUCGGAAGGAAAACUAACUGUUGUAGCCCAGAAGAUGAGCGUCCUCUCAGGGAUUGGGAGCGUCAGUCAUCACGUGGUGUCUGGACCUUCCAGUCAGGUCCUGAAUGGGAUCGUGGCUGAGCUGUUCAUCCCGUUCCUUCAGCAGGAAGUUCAUGAAGGGACCUUGGUACACGCUGUCUCAGUCCUGGCUCUCUGGUGUAACCGAUUCACUAUGGAAGUGCCCAAGAAGCUCACUGAAUGGUUCAAAAAAGCUUUCAGCCUUAAAACCUCCACAUCUGCGGUGAGGCAUGCCUACCUGCAGUGCAUGUUGGCCUCUUACCGGGGUGACACGCUGUUGCAGGCCCUGGACUUACUGCCCUUGCUCAUCCAGACAGUGGAGAAGGCAGCCUCCCAAAGCACUCAGGUUCCCACCAUCACUGAAGGGGUUGCCGCAGCCUUGUUGCUCUUAAAGUUGUCAGUGGCUGACUCACAGGCUGAGGCCAAACUGAGCAGUUUCUGGCAGUUGAUUGUGGAUGAGAAAAAGCAGGUUUUCACUUCUGAGAAAUUCCUGGUCAUGGCUUCAGAGGAUGCCCUGUGUACUGUGUUGCAUCUGACAGAGAGACUUUUCCUUGACCACCCGCAUAGACUCACUGGCAACAAAGUUCAGCAGUACCACCGGGCUCUGGUGGCGGUGCUCCUGAGCCGCACCUGGCACGUCCGCAGGCAGGCUCAGCAGACAGUUCGGAAGCUGCUGUCCUCUCUUGGGGGCUUUAAGCUGGCGCACGGACUCUUGGAGGAGCUGAAGACUGUCCUCAGUUCUCACAAGGUGCUGCCCUUAGAGGCUUUGGUGACUGAUGCUGGAGAGGUGACUGAGGCAGGCAAGGCCUACGUGCCUCCACGGGUCCUGCAGGAGGCUCUGUGUGUCAUCUCCGGUGUGCCAGGGCUCAAGGGUGAUGUCACCGACACUGAACAACUGGCCCAGGAAAUGCUGAUCAUCUCCCACCACCCAUCCUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-439.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -459.57

Frequency: 0.0000

Diversity: 312.03

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.((((((.....(((((..((((((.((..((((..((((((((....((((.....)))).....))))))))(((((((...(((((.(((.......))).)))))...(((((((((((..(((........))).)))))))))))..((((..((((((((....)).(((((((((......))))......((((.((((((((((((((...(((((((.(((((((....(((((((((.((((((((((((((.(((((.((((....)))).)).))))))))))))....)))))..)))))((.((((((((.((....((.(((((((((............)))))))))...)).....)).).))))))).))))))))))).)).))..((((((.....((.((((..(((((((.........(((((.....((((.((((((......((((((.((((.((((((((((((((......)).)))))).(((......(((((((.....((....))..))))))).......)))....))))))))))..))))))..(((((((((.........((((.............)))).)))))))))(((((...))))).......((.(((((...)))))..)))))))))))).....)))))))))))))))).))....)))))).......))))))))))).))))))))...)))))))))))))))..))))((.((((((.((((..((((((......(((.(((.((...................)).))).)))))))))...(((((((....((((((.((((((.((((((((..(((((((...((((.........))))..))))))).....((((((...((((((((((((....))))))....))).)))...))))))((((..((((((((.((...)).))))))))..)))))))))))).)))))).))..)))).....)))))))((((((((.(((((((((...)))....))))))((((((.(((.....))).)))))).))))))))....))))))))))))..))))))))))).)).))))))....)))))...)))))))((((....................))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.((((((.{...(((((..((((((.{{..((((,.{(((((((.,..((((,...,)))).....))))))))||||,,,...(((((.(((.......))).)))))...(((((((((((..(((........))).)))))))))))..{(((.,((((({({...,||,(({{,((((......))))......((({,((((((((((((((...(((({{{.{((((((....(((({((({.((((((((((((((.(((((.((((....)))).))}})))))))))))....)))))..)))))|{.((((((((.{(....{{.(((((((((..,,....,...)))))))))...)).,.,.}}.}.))))))).,}))))))))).}).,}..((((((.{{.,({.((((..(((((((.........(((((.....(({{{((((((......((((((.((((.(((((((((.{((..(((((((.((.((((,{((({.....)))})}))).))..)))))))....))......}))}....})))))))))..))))))..((((((({(,...,,...,,,({,....,}}....)),,.)))))))))(((((,..}}}}}.......||.{{{{{.,,)))})..,,)))))))))).....)))))))))))))))).)).},.))))))..,....})))))))))).))))))))...}))))))))))))))..}))){{.((((.((((((((((((((......(((.(((.,,..,{..{{.......,,,.}),))).)))))))),..,,...}||}}}|||}.||}|||{(({((((,((({{{((((({...{((((({{{.{{||,},..,))||||{{..{(((((,{{{(((,{{((((((....)))))).,,,||}.{||{{{||,||,((((..((((((((.({...}).))))))))..))))))))})))}})))})))))),),))))).)))))},((((((((.(((((((((...))),...})))))((((((.(((.....))).}))))).))))))))})))))))))))))))}.))))),)))))})).))))))....))))).,.)))))))((((....................))))